佐助挑明了告訴鳴人自己想擁有更強大的力量，而鳴人則是想把自己視為至親好友的佐助給帶回去，一段得不到共識的對話就此打住，並立刻展開一場激烈的生死對決…。

卡卡西在帕克的帶領下一路狂追…而鳴人和佐助則是彼此打得難分難解，雙方甚至都使出最極致的奧義，想替這場從過去一直持續到現在，甚至會延續到未來的戰鬥做最後的註解…當卡卡西趕到時，只看到鳴人倒地不起，面對他們兩人這種無解的命運，卡卡西也只能選擇趕快把鳴人送回木葉忍者村治療了…

鳴人被送回木葉治療後，得知除了佐助之外，其他出任務的人都回來了，雖然丁次和寧次身受重傷，但也總算是不幸中的大幸。而小櫻則是在得知佐助已離去後，心中另有打算。鳴人則是為了無法實現約定而自責不已，即使自來也打算正式收他為徒，花三年時間進行訓練，鳴人也一心只想趕快把佐助帶回來…

小櫻決心自行去尋找佐助的下落，知道小櫻會這麼做的鳴人，當然也不可能坐視不管。於是自來也為了保護鳴人和小櫻，決定向綱手請求，由他帶著他們兩人一起出Ｓ級任務，沒想到才剛出任務自來也好色的老毛病就犯了，也因此給鳴人和小櫻帶來一堆麻煩…。

自來也以蒐集情報為由，前往煙花柳巷，卻遇到專門打劫的盜賊，也意外得到大蛇丸的消息。另一方面，鳴人和小櫻則是決定自行尋找大蛇丸的消息，卻巧遇遭到音忍襲擊的莎莎，因而得知莎莎的表哥嵐前往音忍者村之後，便音訊全無，於是決定幫助莎莎，沒想到追殺莎莎音忍早已掌握他們的行蹤…

鳴人和小櫻為了保護莎莎，在自來也的幫助下終於擊退音之忍者，沒想到後來莎莎竟然背叛鳴人他們，在達成任務後，莎莎也發現自己原來也受騙，在鳴人與自來也合力的攻守之下，三名音忍自然不是對手。回到音忍者村之後，地蜘蛛和神切向大蛇丸求情，希望大蛇丸能救蜉蝣，沒想到大蛇丸竟然…

在自來也的帶領下，鳴人和小櫻他們終於進入大蛇丸的宅第裡，沒想到才剛進去不久就得兵分三路，他們也因此各自遇到自己必須克服的陷阱…

小櫻在落單之後，走到了一扇門前，本來想打退堂鼓，卻因為聽到兜的聲音而繼續前進，就在小櫻飽受兜與大蛇丸的威脅，即將面臨死亡的時刻，鳴人及時出現，但是鳴人沒多久後也陷入眼前這個兜的陷阱裡，後來莎莎救了鳴人一命，而眼前的兜也在此時露出真面目…

眼看著小櫻就要被阿嵐他們給殺了，還好鳴人及時相救，並給小櫻加油打氣，然而眼看著鳴人陷入困境，小櫻卻還是無法幫上忙，後來事情雖然平安落幕，但是小櫻也因為這一連串的事件，悄悄地在心中下定決心…

木葉忍者村裡有一處專門看管重罪犯人的監獄，這次的故事就是從那裡發展出來的。當綱手在調閱過去的檔案時，懷疑當年誘騙鳴人竊取重要卷軸的水木，與大蛇丸之間有非比尋常的關係，於是命令阿斯瑪與紅前往監獄內調查，沒想到當兩名上忍抵達時，水木早已做好逃獄的準備…

鳴人發現阿斯瑪與紅倒在監獄裡之後，就知道又出事了，再加上本來和靜音一起去追擊水木他們的咚咚突然跑回來，表明靜音出事，鳴人於是帶著咚咚立刻出動打算解救靜音，沒想到卻在過程中中了水木設下的陷阱，也因此必須面對和風神雷神兄弟對決的結果…

隨著水木與伊魯卡的交戰，昔日的恩怨情仇也逐一浮現。至於對付風神與雷神兄弟的鳴人，似乎絞盡腦汁也找不出可以對付他們的好辦法，最後甚至是救兵趕到，才能暫時免除風神雷神兄弟的威脅…

就在鳴人陷入危機的時候，鹿丸、井野和丁次即時出現，化解了危機。但是，力大無窮的風神雷神兄弟也不是好惹的，還好在鹿丸他們三人合作無間，總算暫時控制住風神雷神，讓鳴人得以追蹤水木和伊魯卡老師的下落…。而伊魯卡則是身陷於水木所設下的陷阱中，不知道鳴人他們是否能即時趕上…

在鳴人和帕克即時趕到後，將伊魯卡救出，後來水木的未婚妻－小樁要求同行，但伊魯卡不肯答應，於是小樁表示自己一定可以帶他們找到水木，伊魯卡才勉為其難地答應。另一方面，綱手則是查明水木手中的藥方是怎麼回事，再加上得知風神雷神兄弟也隨水木一起逃獄後，立刻出動…

水木喝下了紅色藥水後，變成了力大無窮的怪物，鳴人和伊魯卡老師都不是他的對手。另一方面，對付風神雷神兄弟的鹿丸他們，也差不多快撐不下去，還好綱手即時現身。至於水木的怪力則是維持不了多久，就變成一個退化的老人，原來水木也是大蛇丸的棄子，大蛇丸的線索又再次斷了線…

大蛇丸的線索再次斷了線，然而在志乃的提議之下，幾乎又露出了一線矚光，也就是尋找相當難得一見的微香蟲。在取得綱手的同意後，小組隨即在志乃的帶領下啟程，雖然過程中有些狀況，但總能解決。就在他們快找到微香蟲線索的時候，卻出現了意料之外的發展…

在志乃的帶領下，鳴人他們仍然持續進行微香蟲的搜尋工作，而志乃、牙和雛田都在搜尋過程中察覺到另外有三個人的存在。雖然在尋找的過程中，鳴人屢屢出錯，但後來在雛田的白眼協助之下，鳴人終於抓到微香蟲。然而，另外那三個人也在此時悄悄地展開行動…

得知雛田已被上水流一族的人擄走之後，鳴人他們也下定決心要把雛田平安救出，同時也堅持保護雛田到底。剛開始，救援情況看起來似乎還算順利，但其實對手也早已想好因應對策，鳴人他們想好的對策也因此以失敗收場，於是一場蟲蟲大戰就此而起…

經過一番激戰後，由志乃率領的小隊看似已全被上水流一族的人所控制，但後來雛田憑藉著一股不放棄的決心，終於掙脫蜂蠟的束縛，更獨力用全新練就的絕招打敗上水流一族的三個人…。雖然如此，任務卻還是在鳴人的失誤下，功虧一簣…