為了見傳說的寶可夢索爾迦雷歐，小智等人來到了位於波尼島的日輪祭壇。但索爾迦雷歐卻不在那裡，只看到卡璞・鳴鳴等阿羅拉地區的守護神在日輪祭壇齊聚一堂。在吃驚的小智等人面前，卡璞・鳴鳴牠們會採取什麼行動呢…！？

小智等人借助索爾迦雷歐的力量，終於穿越了究極之洞，來到了究極異獸所居住的世界。雖然小智等人試著將露莎米奈救回來，但遭到究極異獸控制的寶可夢卻擋在他們面前！

為了拯救露莎米奈，小智等人不斷應戰。好不容易追上了露莎米奈，但受到究極異獸控制的她卻不斷抵抗。而且露莎米奈的寶可夢被打倒之後又重新站了起來，讓小智等人陷入危機！最後的結果究竟會如何呢！？

寶可夢學校的大家和傳說的寶可夢索爾迦雷歐同心協力，終於解決了和究極異獸有關的一連串事件。阿羅拉也恢復了以往和平安穩的日子。某天，庫庫伊博士突然向小智宣布一個重大消息…。

小智等人在寶可夢學校做對戰練習時，樹枕尾熊突然出現在一旁。正當眾人聽大木校長敘述他和樹枕尾熊的邂逅時，胖丁卻突然出現。胖丁唱歌讓眾人睡著後，原想在樹枕尾熊臉上塗鴉卻塗不到，因此非常氣憤。小智等人只好開始思考讓胖丁和樹枕尾熊和睦相處的方法。

今天是寶可夢學校放假的日子。小智要和庫庫伊還有芭內特出門，因此叫洛托姆看家。雖然洛托姆充滿幹勁要好好看家，卻因為一場意外形態變化成清洗洛托姆。不只這樣，牠還變化成旋轉洛托姆跟加熱洛托姆等形態…。洛托姆究竟能不能順利變回原本的形態呢！？

火箭隊外出購物時，偶遇了好壞星以前仰慕的前輩！雖然現在的好壞星眼中只有小次郎一人，但前輩說即使如此牠還是喜歡好壞星。為了贏得好壞星的芳心，小次郎和前輩開始了激烈對戰。這場戀情究竟會如何發展呢！？

某天，詩婷和詩涵在森林中迷路時，被謎樣的巨大寶可夢給救了。得知這件事之後，瑪奧和水蓮也想起自己小時候在森林迷路時，被她們稱為「森林爺爺」的巨大寶可夢給救了。因此，小智等人為了向牠道謝，決定到森林裡去。他們能否順利見到「森林爺爺」呢…？

小智等人來到了拉納基拉山。看到一面雪白世界，大家都很興奮。在那裡，小智等人遇見了知名的寶可雪橇跳躍選手－莎拉，在莎拉的邀請下，小智等人決定參加寶可雪橇跳躍大賽，最後奪冠的會是誰呢？

究極異獸突然出現在美樂美樂花園！在露莎米奈的指示之下，小智等人以究極防衛隊隊員的身分出動。他們的目的是捕捉究極異獸，並讓牠回到原來的世界！小智等人的第一次任務有辦法順利成功嗎…！？

喵喵珍藏的冰淇淋被武藏吃掉了，因此牠傷心欲絕地離開了秘密基地。就在這時，牠偶然遇見了阿羅拉喵喵。阿羅拉喵喵非常機靈，因此武藏和小次郎都希望牠能加入火箭隊，但喵喵卻非常反對…。

小智在電視上看到阿羅拉傳統的4人混戰－皇家對戰後，非常感興趣，因此前往了會場。在那裡，小智和火斑喵將挑戰在皇家對戰中全勝無敗的皇家蒙面人，最後贏家會是誰呢！

小智和皮卡丘到市場買東西時，遇見了爭吵中的投擲猴群。看來似乎是阿卡拉島和美樂美樂島的投擲猴在爭奪老大地位，而且美樂美樂島的投擲猴輸了。小智看到美樂美樂島的投擲猴這麼消沉，決定助牠們一臂之力。

某天，小智等人在寶可夢學校進行對戰練習時，畢業生伊利馬突然現身了。瑪奧和馬瑪內說伊利馬是寶可夢學校創校以來的才子，而且還留下了許多傳說。小智等人為了親眼見證傳說，決定去找伊利馬。他究竟留下了哪些傳說呢？

今天寶可夢學校上的課程是訓練家和寶可夢一起打桌球的寶可桌球。庫庫伊請了伊利馬當特別講師，在他的指導下，小智等人也開始挑戰打寶可桌球！課程結束後，小智等人受邀到伊利馬參賽的寶可桌球大賽觀賽。伊利馬上次大賽敗在決賽，他這次能奪冠嗎！？

寶可夢學校的課程進行到一半時，謎樣寶可夢突然出現在皮卡丘面前！其實牠和皮卡丘之前就見過面，牠似乎很在意皮卡丘，便將皮卡丘帶到學校外面去了。小智發現皮卡丘不見後慌張地開始找，但這時，火箭隊卻突然出現…。

今天是寶可夢學校的工作體驗日，但喬伊小姐卻感冒了。小智等人只好代替喬伊小姐做寶可夢中心的工作。這時，骷髏隊的人卻突然出現…。

某天，馬瑪內跟家人一起去露營時，在竹林裡發現了埋在土裡的謎樣銀色金屬。他和托戈德瑪爾還有蟲電寶將牠挖出來一看，才發現上面疑似長著一張臉。馬瑪內認為這可能是自己喜歡的童話故事「星舟輝夜」裡的輝夜也說不定。真相究竟為何呢…？

一位名叫布魯根的男人突然出現在卡奇家的牧場，還說要將牧場買下來改建成渡假飯店。卡奇的家人拒絕了他的要求之後，他卻用盡各種手段企圖阻礙牧場的經營。生氣的卡奇決定和布魯根進行寶可夢對戰，但是…。