永遠的黃昏

晃被恐怖分子槍擊之後失去了意識，再次醒來時已經過了200年，眼前所見皆是不可置信的景象。城市因戰爭而荒蕪，國家也已經消失，這個世界改為由統一機關"OWEL"來管理人們，還有與結婚截然不同的新制度"ELSI"。過去生活的世界已經變得面目全非，就這樣被遺棄在未來讓晃感到十分錯愕。此時監視晃行動的人也現身了……。

晃被外表與永遠如出一轍的機器人黃昏提出結婚的申請，雖然拒絕了她的請求，為了了解永遠跟這個世界的情報，還是與黃昏一起行動，兩人開始以王真樹家所在的東京為目標的旅程。從函館來到本州後，兩人遇到了夢想成為繪本作家的少女亞莫魯。亞莫魯表示可以帶他們走到恐山，晃跟黃昏跟上去之後卻！？

亞莫魯因為讓晃跟黃昏逃走受罰，被關在OWEL的房間裡。為了拯救亞莫魯，晃一個人潛入OWEL的管理局。晃找到了亞莫魯並救她出去，然而兩人在設法逃出管理局時，卻被OWEL的衛兵團團包圍，陷入了窮途末路的危機之中……。

黃昏在相親派對「FICA」中遇到的黑手黨繼承人候補卡爾庫朗姆提出了"ELSI"的請求，隔天她接受了卡爾庫朗姆的約會邀請。為了把他當作跟晃的比較對象，黃昏跟卡爾庫朗姆出發去約會。另一方面，晃也被卡爾庫朗姆的姊姊菲迪絲提出"ELSI"的請求。晃跟黃昏被捲入了黑手黨繼承人競爭的雙重約會中，然後連亞莫魯都加入了……。

晃為了保護黃昏被狙擊而身負重傷，黃昏在憤怒之下打算殲滅黑手黨。卡爾庫朗姆與菲迪絲跟他們的父親，也就是冷酷的家族老大烏爾斯對峙。由於爭奪繼承權被撕裂情感的姊弟，最後給出的答案是！？一週後，晃醒來了。一行人被推薦到溫泉鄉泡湯治療，於是繞路來到乳頭溫泉鄉。在那邊，他們遇見了知曉舊時代歷史以及永遠的消息的前OWEL職員約克拉塔。

作為治療傷口跟照顧的回禮，晃答應跟黃昏去約會。黃昏對晃感到在意，無法做出與平常相同的舉動，晃跟黃昏就在尷尬的氣氛中，進行著一般的約會行程。另一方面，亞莫魯跟兩人分頭行動，她在黃昏的拜託之下同意了讓晃跟黃昏自己去約會，可是卻對沒辦法跟兩人待在一起感到心情複雜。

晃等人到學術都市仙台尋找記載有關永遠跟AI戰爭事情的禁書。然而才剛抵達仙台，就發現正在追蹤黃昏的姊妹機宵闇跟薄暮也在這裡看守著。為了不造成晃跟亞莫魯的困擾，黃昏決定一個人當誘餌去引開宵闇跟薄暮，於是剩下晃跟亞莫魯兩人去找禁書。他們拜訪了古書黑市，得知禁書都放在圖書館的閉架書庫裡，便在少了黃昏的情況下，冒著風險躲過警備，嘗試潛入深夜的圖書館裡。

晃跟亞莫魯在逃出被火焰吞噬的圖書館後與約克拉塔會合。他們閱讀了從圖書館帶出來的禁書《特別的血》，那本書的內容簡直讓人無法想像是給兒童讀的繪本！？晃從書中感受到了黃昏與永遠的連結。隔天，三人在還沒與黃昏會合的情況下，搭上夜間特快車朝東京出發。他們在車上認識了巴雷與卡絲塔這對夫妻，以及他們的雙胞胎小孩盧布跟卡羅，他們能夠好好相處嗎！？

宵闇說黃昏知道永遠在哪裡，讓晃內心動搖。 雖然晃想向黃昏詢問真相，還是決定尊重黃昏，表示不會過度逼問她。此時，晃發現自己對黃昏產生了與以往不同的感情。另一方面，宵闇對黃昏的憤怒愈發增長。火車抵達大宮後，宵闇跟黃昏決定做個了斷，開始戰鬥……。

晃知道自己不是姬神晃本人，只是仿造他製作出來的機器人而陷入絕望，由於過於衝擊把自己的內心封印起來，陷入了沉睡。黃昏進入他的深層世界，試圖與他談話。原本的姬神晃跟王真樹永遠究竟發生了什麼事，世界又為什麼會瀕臨毀滅呢？黃昏說出永遠身上發生的事以及她所研究的「LC計畫」的內容……。從西元2038年開始發生的故事終於真相大白！

晃與黃昏從大約7年的沉睡中甦醒，持續守護兩人的亞莫魯流下放心的淚水，三人的時間又再次動了起來。然而亞莫魯因為只有自己長大，跟晃與黃昏的關係已經和以前不同而感到迷茫。對於想變得跟他們一樣的亞莫魯，某人悄悄低語了。就在晃等人要面對過去的同時，亞莫魯也做了另一個決定。

晃跟黃昏來到王真樹研究所，站在他們面前的是亞莫魯跟宵闇。亞莫魯跟宵闇兩人的意識融合在宵闇體內，一邊向晃跟黃昏請求ELSI，一邊為了捕捉黃昏發動攻勢，黃昏則嘗試說服暴走的她們。晃、黃昏、亞莫魯，各自對愛的價值觀互相碰撞，究竟會抵達怎樣的答案呢。