櫻木麻里在寶商店街料理著什錦燒店的大小事，而自從新商城寶購物中心落成後，這條商店街的經營就變得越來越困難。與此同時「24區美食節」即將登場。優勝獎品是與大型超商的聯名合作，商店街的人都對麻里發想的特別菜單「麻里特餐」的新菜色寄予厚望。備感壓力的麻里想找RGB三人商量新菜單，卻沒能和忙碌的三人討論。

終於來到「24區美食節」當天。麻里和RGB的三人幹勁十足地以拿下優勝大獎為目標，然而他們所使用的，專門拿來做什錦燒的高麗菜竟然全被半灰色組織「破鯊」給買走了。一時之間陷入困境的他們，透過恩師阿樺的協調，總算在阿樺熟識的商店街店家那裡買到了高麗菜。究竟麻里能不能排除萬難拿下優勝大獎呢？而就在這個時候，RGB又再次接到了明日實的來電……！

在席捲美食節的龍捲風所引發的事故中，阿樺及許多的人由於RGB所肩負的未來選項而犧牲了。並且三人依然不知道駭進24區網路，留下神秘話語的「卡爾內阿德斯」的真實身分到底是誰。在這期間，舊市街貧民區裡流行起有著強力成癮性的神秘毒品「D」，犯罪率急遽上升。而柊太在聽說了「在危險的夜晚街區看見阿樺的女兒小梢」後，趕忙追了上去。

豪華郵輪上被裝設了炸彈。在新的電車難題中，被擺上天秤兩端的是船上的大人物們的性命，以及恐怖行動的犯人的性命。弘樹主張應該要射殺犯人以保護受害者，但蘭卻注意到在畫面中看見的犯人是DoRed的成員苦無。蘭對另外兩人隱瞞實情，自己去調查苦無進行恐怖行動的動機。究竟這次的電車難題會迎來什麼樣的結局？

弘樹為了阻止恐怖行動而射殺了苦無。另一方面，由於疑惑的箭頭指向了苦無所屬的集團DoRed，身為首領的蘭便成了外警追捕的對象。防止了恐怖行動發生的弘樹告訴父親有關自己經歷的畫面一事，然而卻仍舊沒能獲得父親的信任，不被他所信賴。在這期間，電視播出了苦無事前上傳的影片，影片中揭露了關於毒品D及貧民區再開發的真相。看了影片的豪理帶弘樹前往某個地方。

KANAE系統開始運作後過了兩個月，犯罪逮捕率確實因為新系統而有所提升。蘭作為苦無引起的恐攻事件中的重要嫌疑人遭到通緝，而弘樹則轉調到了運用KANAE系統的外警部門。另一方面，和弘樹及蘭失和的柊太代替前往巴黎修行的父親留衣幫忙蒼生烘培的工作。正為無法做出好吃的「黃金日出」而煩惱不已的他收到了來自小梢的訊息。

挑起「塗鴉戰爭」的不是卡爾內阿德斯，而是蘭的師父Zelos。柊太從他口中問到卡爾內阿德斯的所在地，急忙趕往豐饒之角的最上層，卻在這時接到了明日實的來電。 傳送到腦海裡的畫面所呈現的兩個未來，一個是豐饒之角上的起重機因為雷擊而操控失靈並墜樓、造成許多人犧牲，另一個則是為了修理起重機系統而使修理者犧牲。而且前去修理系統的，竟是那個照理來說提出了電車難題的卡爾內阿德斯……。

KANAE系統是基於弘樹和明日實的母親香苗從前所設計的AI。過去，搭載該AI的車輛發生事故，將Zeroth和黑葛川捲入意外之中。而AI的判斷造成Zeroth遇害，留下了失讀症的後遺症。香苗為了解決問題煩惱不已，卻有人告訴她或許系統有原理上無法解決的問題。再加上聽聞Zeroth的塗鴉才能覺醒，香苗決定放棄開發系統。時間流逝，看似順利發展的24區，卻因為香苗的死而大大地推動其命運。

卡爾內阿德斯的真身──黑葛川，多虧柊太出手相救而逃過了死劫，但卻意識不清地住院了。 在DoRed和外警的關係越來越緊張的情勢中，蘭持續調查黑葛川在豐饒之角做了什麼。不過他卻被師父Zeroth給叫出去，聽他說起自己描繪的新計畫。 另一方面，柊太在貧民區的混亂中煩惱著自己該怎麼做才好。此時被外警追著跑的小梢出現，他於是追了上去。

KANAE系統開始出現許多錯誤，而原因就在於KANAE系統中的明日實意識覺醒，遲遲無法做出判斷。黑葛川當面向柊太提出拯救明日實的電車難題，讓他因此陷入混亂。而竹輪在這時出現，並以恐怖攻擊的嫌疑逮捕柊太。另一方面，蘭和弘樹正尋找著拯救明日實的關鍵「CMD」。在這之中，關於導致明日實死亡的寶小學火災事件，柊太一直沒有表明的某項事實也浮出水面。

RGB決定要去見明日實，而在這樣的決定下，他們接到了明日實的來電。明日實再次提出了圍繞著自己的電車難題：揭露系統內部明日實的存在，使KANAE系統遭到解體，抑或修正明日實內部的錯誤，接受KANAE系統的統一控管──不論哪個選項，都會讓明日實從這個世界上消失。三人無法接受這樣的選擇，執意要去見明日實一面。究竟RGB三個人會選擇什麼樣的未來呢──。