東京喰種√A

與青桐之戰結束後，半?種青年•金木研離開了「安定區」。董香為了忘記現實而全心準備大考。那段期間，在青桐戰中蒙受極大損害的ＣＣＧ，為了徹底殲滅「青桐樹」而再度展開行動。當中，十年前曾參與對「梟」戰的黑磐，發現青桐戰中出現的「梟」似乎有點不太一樣。

CCG的囚車遭到「青桐樹」的襲擊。「安定區」的董香與笛口雛實得知金木涉入襲擊事件後感到非常痛心。同一時期，金木喜歡的作家高槻 泉舉辦簽書會，雛實為了不要給董香添麻煩，決定一個人前往。另一方面，董香到第一志願的「上井大學」去參觀時，偶然與金木的好友永近英良重逢。

為了得到「梟」的情報，CCG的亞門鋼太朗與他的新搭檔－前上司真戶吳緒的女兒•真戶曉一同拜訪了專門囚禁活捉?種的?種收容所庫克利亞。亞門幼年還待在孤兒院時，如同父親般照顧他的SS級?種－多納特•波爾波拉就被囚禁在這個位於23區的收容所內。亞門他們試圖從他口中問出梟的情報，但此時，「青桐樹」卻突然襲擊了庫克利亞。

安久黑奈和奈白以及鈴屋什造曾經一起待過CCG的兒童養護設施。後來被嘉納醫生改造成半?種的黑奈及奈白，和成了CCG二等搜查官的什造在庫克利亞以敵對關係的互相對峙。然而什造毫不留情的攻擊讓黑奈及奈白陷入險境…。另一方面絢都對上把自己的爸爸「新」改造成昆克著裝在身上的篠原，也陷入了苦戰。

在青桐襲擊庫克利亞之後的數周內，不斷進行同類相食而變成「半赫者」的「眼罩」金木被CCG判定為SS級的?種。並且，搜查官法寺項介與篠原查出鋼筋墜落事件的受害者金木，曾經在20區的咖啡廳「安定區」打工。另一方面，回到青桐據點的金木則是…。

月山來到了「安定區」。他向芳村報告金木打算透過反覆進行同類相食來成為「赫者」一事。月山見雛實擔心著金木，便邀她和自己到某間咖啡廳。在那裡，雛實和高槻泉又再會了。雛實和高槻談了關於金木的事，而高槻則是留下名片後離開。另一方面，金木又回到了「安定區」拜訪芳村。

以前曾經有一位名叫功善的?種。不斷殺害人類與?種的功善，過著孤單的日子。不久後他的能力受到肯定，被招攬進某個組織裡，但他還是感到非常孤獨。就在這時，功善在一家老舊的咖啡廳遇見了名為憂那的人類女性。他們倆墜入了愛河，但卻…。

CCG和修常吉總議長下令執行「梟討伐作戰」。而目標的所在地點是…「安定區」。由於這是一場大規模作戰，被選上的搜查官紛紛遵照規定寫下了遺書，各自面對死亡的恐懼。在作戰前夕，20區被CCG封鎖了起來。「安定區」則是被梟討伐部隊包圍。得知消息的金木和董香所採取的行動是…？

「安定區」與CCG激烈的攻防戰不斷持續著。芳村對付篠原和黑磐，而被稱為「魔猿」的古間圓兒則是迎戰田中丸望元特等搜查官。另一方面，入見佳耶在與?川忠準特等搜查官對戰時，為了保護來不及逃走的老奶奶而受傷。看到?川他們不惜將一般人捲入也要攻擊的做法，入見做好了死亡的覺悟…。

篠原為什造擋下梟的攻擊而倒地不起。同一時間，青桐加入安定區與CCG的戰鬥形成混戰。在青桐兵力的猛攻下，情勢對CCG越來越不利。另一方面，金木與封鎖通往安定區道路的亞門對峙。在雙方都絲毫不讓步的戰鬥中，終於到了分出勝負的時刻…。

青桐兵力撤退，在「安定區」的激戰正迎向終結。這個時候，擔心金木等人的董香急著要趕到「安定區」。人類與?種，在各自的想法交錯中，即將崩塌的安定區店內，金木選擇的答案是…。