在庫因克斯的成員六月透奮不顧身的追蹤之下，TORSO被及時趕到的瓜江、不知逼入了死角，無路可逃。但就在這時，一個被稱為“大蛇”的喰種突然出現，局面隨之逆轉。稍微晚到了一會的琲世前來增援，他單獨一人與大蛇對抗，但大蛇是被指定為「Ｓ～（Ｓ以上）級」的危険度極高的喰種，琲世因為他那恐怖的實力而陷入苦戦。為了保護部下們，琲世決定傾全力戰鬥，但那樣需要解放他體內那份過於強大、甚至自己都難以駕馭的“喰種

一心想著要在［CCG］內往上爬的瓜江，為了獲得更加強大的力量，通過偽造自己上司琲世的許可，從而接受了提升自己體內的赫子的運轉等級的手術。另一方面，庫因克斯班和由精英捜査官鈴屋什造率領的鈴屋班，開始一起執行對一個被稱作“胡桃夾子”的喰種的聯合捜査。接著他們得知，胡桃夾子為了在與ＳＳ級喰種“Big Madam”有關的拍賣會上展出商品，正在不斷綁架人類，對象主要為年輕女性……。

由於六月順利地從胡桃夾子那裡套出了情報，眾人得知了下一次拍賣會的概要情況。［CCG］內部決定藉此機會展開大規模的喰種討伐作戦，讓六月以及自願報名的什造作為“商品”潛入會場。当天――会場當中來了許多被展出者、顧客、BigMadam僱來當保鏢的“青桐樹”的成員。和什造分開，並且還斷了與外界的聯繫的六月，難掩心中的動搖，就那樣被帶去拍賣了……。

由於什造的奇襲，整個拍賣會場陷入一片混亂。在外面待機的［CCG］部隊藉此機會紛紛衝了進去。在大乱戦之中，六月總算是成功逃了出來，然而侍奉月山家的喰種，葉＝馮・羅斯華爾德卻對他窮追不捨，將他逼入了絕境。緊接著琲世和庫因克斯班趕到了六月身邊，但是…！?

脫離戦線的六月和負責保護他的瓜江，發現了許多企圖通過暗道逃亡的喰種。他們和從另外一條路尋來的什造一起，進入了戰鬥。阻擋在他們面前的是，與什造淵源頗深的Big Madam。 另一邊，原本和不知等人一起負責驅逐胡桃夾子的緋世，在作戰總指揮准特等捜査官・和修政的命令之下，獨自一人留下與攔住去路的梟對峙。梟是琲世的上司真戸暁以前的同僚滝澤政道，他在經過喰種化手術之後變成了那副模樣。

突擊拍賣会場的喰種討伐作戦和同時進行的ＣＣＧ移送車両的護衛作戦全部結束。不論是捜査官還是喰種都出現了眾多傷亡，緋世提出要求，取得了了解“過去的自己”的喰種少女笛口雛実的“所有権”。在本次作戰中表現出色的庫因克斯班，與同樣被評有功的其他搜查官們一起獲得了升遷，隨後緋世邀請了上司曉以及私交甚篤的特等捜査官有馬貴将，準備舉辦一次慶祝成員們升遷的家庭聚會。

CCG 開始對由大量綁架犯組成的喰種集團「薔薇」進行搜查。然而他們接受過精密的訓練，作案幾乎不留痕跡。CCG 始終未能找到能逼使他們現身的有效手段。就在搜查工作遲遲沒有進展的時候，緋世從寄給自己的面具中得到啟發，想到了一條計謀。 另一方面，在之前的拍賣會上對六月出手的葉，在看到自己的主人月山習因為巨大的喪失感而患上心病的樣子後，感到心痛無比。

月山看到了掘千繪送來的關於緋世的照片，得知了“金木研”仍然活在世間，於是便歡天喜地地前去找他。但是緋世已經失去了作為“金木”時的記憶，沒有認出月山來。與此同時，ＣＣＧ的木島式將拷問因玫瑰一案而被捕的月山家傭人悠馬的視頻上傳到了社交網站上。那令人震驚的影像不僅給月山家的傭人們帶來了衝擊，連緋世以及因為胡桃夾子一案而心生迷茫的不知等ＣＣＧ的内部人員，都對此產生了反對意見。

為了對依然未能掌握全貌的薔薇進行搜查，緋世想出了利用庫因克特性的「面具作戰」。同一時間，為了從喰種們那裡獲得情報，庫因克斯班的成員們假扮成喰種。但是在進行搜查的過程中，緋世得知原來還有一種連喰種害怕的「眼罩喰種」的存在，並開始想要調查關於它的詳細資料。 就在此時，在木島構想出的新策略之下，有關薔薇的搜查有了極大的進展。

ＣＣＧ闖入府邸，父親観母和傭人們全部投降，與此同時，月山和親信松前一起逃了出去。想到有許多人賭上自己的生命只為讓他存活下去，這讓月山深切體會到了作為“當家”的責任。然而緋世以一名CCG搜查官的身份，攔住了月山的去路。 另一邊，在“月山家駆逐作戦”中，與伊東倉元所率領的“伊東班”會合的庫因克斯班，遇見了一個被稱為“野呂”的喰種。

同伴們一個接一個地在同野呂的戰鬥中倒下，不知仍然頑強地奮力死戰。看到他的身影，瓜江拼命地試圖站起來。兩個人使出渾身力量發動的攻擊命中了野呂。 另一邊，葉在月山陷入絕境時及時趕到，並發動了如同怒濤一般的猛烈攻勢，但是她遭到了開始取回“金木”記憶的緋世的反擊，受了瀕死的重傷。就在此時，被稱為“獨眼之梟”的半喰種干支突然出現，並不斷散佈她的惡意。葉鼓起了最後的力氣，然而……。