東京喰種

金木被屍體的香味吸引，而和身為?種的錦對峙。這時救了他的是安定區的店員－霧?董香和店長芳村。芳村將某個小包裹拿給受到?種的飢餓所苦的金木。隔天，看了英的簡訊而回到大學的金木，英介紹了一位姓「西尾」的學長給他認識，而這位學長就是先前和他對峙的?種－「錦」。他雖然表現的與普通人沒兩樣，但在回家路上卻突然襲擊英，並害英昏了過去。「抱歉弄髒了你的食物」，錦在金木面前又露出了身為?種的本性！？

身為?種的笛口涼子和她的女兒雛實暫時躲到了「安定區」生活，雛實臉上孤單的表情讓金木感到很在意。此時，金木和芳村的得力助手•四方蓮示一起為了無法狩獵的?種調度食糧。另一面，目的為殲滅東京所有?種的CCG在利世的事件發生後，就把「安定區」所在的20區列進了搜查範圍裡。身為上等搜查官的真戶吳緒和亞門鋼太朗一同前往了20區…

被稱為『美食家』的?種－月山習造訪安定區。董香露出厭惡的表情，直指他是20區的麻煩人物，並警告金木不要月山扯上關係，但是月山盯上了金木身上的特殊香味，不斷設法與金木接觸。金木在意起利世這個造成自身悲劇的原因，他被月山口中「利世常去的店」所吸引，來到了「?種餐廳」。

因董香身體不適而去探望她的金木，發現董香非常重視名為依子的人類朋友。而在回程時，金木救了被?種襲擊的錦。金木將錦送回住處並遇見了錦的戀人－西野貴未。貴未雖然知道錦是?種，卻仍和錦一起生活。但之後貴未卻被悄悄跟蹤金木的月山抓走。金木和錦一起去救貴未，但 …。

金木在安定區教雛實識字。認識了越來越多字的雛實，為了學習更多字給父親一個驚喜，和涼子一起出門買書。但這時CCG的搜查官草場和中島正好在附近搜尋?種母女。早一步注意到異狀的涼子立刻拉起雛實的手想要逃走，但這時雛實卻查覺到了某個"異變"…

雛實的母親•涼子被CCG搜查官真戶奪去了性命，金木對於自己什麼都做不到感到十分懊悔。另一面，董香得知這個消息後，向芳村表示應該要報仇，但芳村以眾人的安全為由，否決了她的提議，並說雛實的臉已經被搜查官看到，因此要把她移到24區。無法接受的董香想著涼子和雛實的事，悄悄下了一個重要決心。

雛實偷偷離開「安定區」，然而那是真戶設下的巧妙陷阱。董香才剛找到雛實，真戶就出現在她面前。同一時刻，一樣在找雛實的金木正與另一位搜查官亞門對峙。在戰鬥中，亞門質問金木「有沒有想過那些被?種奪走親人，其遺族所承擔的傷痛？」，並斷言是?種讓這個世界扭曲。

「安定區」的人們總算逐漸回到以往的日常生活了。此時金木為了更了解關於改變自己命運的利世情報，獨自拜訪了14區的酒吧「Helter Skelter」。在那裡，同為?種的系璃告訴他利世以前曾待過11區。另一面，11區謎樣的?種們，正展開一連串可疑的行動…？

CCG的11區分部，被自稱為「青桐樹」的?種集團襲擊，沒有倖存者。得知這件事後，CCG開始準備有史以來最大規模的討伐戰。另一方面，有個名為萬丈數壹的男人闖進了安定區，他十分仰慕利世，在得知「青桐樹」的目標是利世後，便來到安定區想勸利世逃走。但這時「青桐樹」的少年幹部－「絢都」卻突然出現在眾人面前。看到他之後，董香面露驚訝的神色！

為了救出被「青桐樹」抓走的金木，芳村、四方、董香、錦、雛實與詩齊聚一堂，此外還加入一位意想不到的人物！CCG的亞門一行人與其他搜查官，準備以超越千人的陣仗進攻位於11區的青桐樹據點。「青桐樹」與CCG，還有安定區的三方之戰一觸即發…

在「青桐樹」據點展開的戰鬥越來越激烈，?種與人類之戰，這場戰鬥的結果是？「安定區」的夥伴有辦法救出金木嗎？另一方面，被青桐樹的幹部－壁虎帶走的金木，遭受了超乎想像的殘忍虐待。意識朦朧的金木，在他內心世界裡突然出現的人物是…？