在《盧利特村》長大的少年──桐人，與幼年好友尤吉歐背負著相同的天職，就是將巨大的黑樹「基家斯西達」砍倒。今天他們也為了砍倒巨樹而揮著斧頭，與他們倆青梅竹馬一起長大的愛麗絲，帶著她親手做的派來慰勞他們。在吃午餐的時候，三人決定遠行，前去英雄傳說中「盡頭山脈」的洞窟。尤吉歐雖然有點不安，害怕那會違反這世界的規則「禁忌目錄」，但是桐人和愛麗絲都說沒問題，於是出發的日子到來了。

遇到致命危機的桐人，醒來之後卻在一個很像奇幻遊戲的神祕世界裡。他記憶不是很明確地試著想要登出，卻沒辦法回到現實世界。桐人束手無策地在附近徘徊，結果遇到一名少年，少年的名字叫尤吉歐。桐人試著問他關於這個世界的事，但他並不知道登出的辦法。然後，尤吉歐開始告訴桐人與自己青梅竹馬一起長大的少女──愛麗絲的事。

桐人發現自己身處STL的虛擬世界，為了想辦法盡快離開這裡，因此決定前去大城央都，尋找與菊岡他們聯絡的辦法，但是他在這裡人生地不熟，沒辦法獨自前去央都，需要有人協助。然而尤吉歐卻受到天命的束縛，不能離開，除非盡快砍倒巨樹，尤吉歐才能從天命中釋放出來。這時，愛麗絲的妹妹賽魯卡聽到愛麗絲被抓去央都的原因後，竟然失蹤了……

桐人和尤吉歐認為賽魯卡一定是一個人跑去「盡頭山脈」，所以也跟著她一起去了。然而，他們在洞窟裡卻遇到了從「黑暗領域」來的哥布林，不得不與他們搏鬥。桐人拿戰與哥布林戰鬥，但是尤吉歐卻因為第一次見到的「黑暗世界生物」而身體僵硬，無法動彈。桐人勇敢地戰鬥，但是哥布林的反擊，讓他產生了無法想像是虛擬世界的疼痛，使他因為恐懼而無法起身。桐人陷入絕境，而正當哥布林打算繼續揮刀時……。

在「裏世界」裡，桐人朝著央都踏上旅程。另一方面，現實世界裡的桐谷和人卻依然處於昏迷狀態。在菊岡的建議下，他們把桐人送到設備更完善的醫院，但是明日奈和直葉去探望和人時，院方卻對她們說，桐人在恢復之前謝絕會面。明日奈她們覺得很可疑，推測桐人可能在他之前打工的地方，也就是正在研究「Soul TransLator(靈魂翻譯機)」的機構「拉斯」。明日奈等人開始分頭調查拉斯，卻無法找到和人的下落……

明日奈潛入「拉斯」的研究設施「海龜」，嚴厲地逼問菊岡和人是否安好。菊岡像是死心了一樣，向她說明和人正在「海龜」的「靈魂翻譯機」中接受治療。明日奈總算是稍微放心，而與她一同潛入「海龜」的凜子，問菊岡為什麼要找自己到「海龜」來，而她們從菊岡所說的話中，知道菊岡開發「靈魂翻譯機」，其實有一個難以想像的目的。

桐人與尤吉歐離開「盧利特村」已經過了二年，他們來到了聖托利亞，進入了「北聖托利亞帝立修劍學院」就讀。他們在那裡每天修練，打算鍛鍊自己修劍士的技能，成為整合騎士，然後找出愛麗絲下落。桐人擔任學院次席修劍士索爾緹莉娜的「隨侍」，然而，在經過長期的交手訓練，她看出桐人藏隱了他真正的本領，在她的請託下，桐人答應將自己所會的技能全部展現給她看。

桐人要和學院首席學生渦羅·利邦提，用真劍交手。在觀眾好奇的眼光下，受到索爾緹莉娜的激勵，桐人與渦羅的比試開始了。渦羅一上來就架起祕藏奧義的架勢……看到這一點，桐人用直砍的四連擊「垂直四方斬」與之對抗。雖然兩人的力量不分上下，但是渦羅背負著利邦提家的祖先，那些戰士的「想像之力」，形成強大的劍壓，凌駕於桐人之上。

尤吉歐和桐人一起成為「上級修劍士」，但是他不知道要讓劍中隱含什麼樣的「意念」，才能讓自己變得更強大，因此每天都在煩惱。這時候，平常就沒有什麼好印象的學院首席萊歐斯與次席溫貝爾，又跑來挑釁尤吉歐，為了試試看兩人有多強大，尤吉歐接受溫貝爾的提議，與他比試，兩人刀劍相向。一開始尤吉歐佔優勢，但是在溫貝爾劍中隱含的「巨大自尊心」的力量下，他逐漸受到壓制……。

桐人和尤吉歐的「隨侍」緹潔與羅妮耶晚歸，桐人為了尋找她們而從房間的窗戶跳出去。芙蕾妮卡剛好和桐人交錯而過，到他們的房間尋找尤吉歐，她告訴尤吉歐，溫貝爾對她的羞辱，以及緹潔和羅妮耶去向溫貝爾抗議卻一直沒有回來。尤吉歐心裡有一種不好的預感，急忙趕到溫貝爾的房間，但是最糟糕的情況現在才正要發生。

桐人和尤吉歐成了違犯「禁忌目錄」的罪人，而出現在他們面前的是其中一名整合騎士愛麗絲·辛賽西斯·薩提，她確實是以前受到處罰的，與尤吉歐青梅竹馬一起長大的少女愛麗絲愛麗絲‧滋貝魯庫，然而她卻不記得與桐人和尤吉歐一起生活時的記憶，簡直就像另一個人一樣。桐人和尤吉歐雖然感到困惑，但兩人還是以重刑犯的身份被關到「中央聖堂」的地牢裡。另一方面，在現實世界的「海龜Ocean Turtle」，明日奈在看望著...

桐人與尤吉歐成功從地牢逃出來，但是在愛麗絲的命令下埋伏等待的艾爾多利耶·辛賽西斯·薩提汪卻擋阻在他們面前，三人展開一場搏鬥。桐人和尤吉歐為了繼續往前走，採用了一個戰略，由桐人防堵艾爾多利耶的手上的鞭子，在那其間由尤吉歐發動攻擊，他們用這個方式挑戰艾爾多利耶。然而，艾爾多利耶的冰之鞭如蛇般靈巧，而且會分頭攻擊兩人，桐人與尤吉歐陷入與強敵苦戰的局面。然而，尤吉歐卻突然發現他曾經見過艾爾多利耶……。

「中央聖堂」的大圖書室裡，有一位名叫卡迪娜爾的少女隱身其中，尤吉歐和桐人得到她的幫助。她的真正身份是維持虛擬世界「裏世界」秩序的自主型程式。卡迪娜爾開始向桐人訴說，亞多米尼·史特蕾達的過去等「公理教會」與「禁忌目錄」的起源。桐人雖然極為震驚，但卡迪娜爾又告訴他一個事實──一個即將襲擊「裏世界」的可怕危機。

卡迪娜爾將世界的命運託付給桐人和尤吉歐，他們兩人朝著「中央聖堂」的最頂層而去。途中來到武器裝備保管庫，順利從數量龐大的武器裝備中找到兩人的愛劍，不過，整合騎士迪索爾巴德·辛賽西斯·賽門的弓箭卻向他們襲來，他操縱著「熾焰弓」射出無數箭矢，兩人好不容易將那些弓箭打落，迪索爾巴德手上應該已經無箭可射，但這時他的弓卻起了變化。

桐人與尤吉歐繼續在「中央聖堂」內往上走，結果還到了名為費賽爾與里涅爾的兩名少女。桐人與尤吉歐對於有小女孩出現在那裡感到驚訝，沒想到費賽爾與里涅爾真正身份是整合騎士，並且出奇不意的用毒劍攻擊，讓他們全身麻痺。無法動彈的桐人與尤吉歐被帶到第五十層，整合騎士副騎士長法那提歐·辛賽西斯·滋在那裡等待著他們。

桐人在滿身瘡痍之中，總算是發動了「武裝完全支配術」，結束與整合騎士法那提歐的對戰。桐人與尤吉歐再次朝著「中央聖堂」的最頂層前進，他們來到了一座奇妙的升降機前面，在少女升降員的引導下，他們來到了第80層的「雲上庭園」，而這時出現在兩人面前的，正是尤吉歐在尋找的少女，拿著神器「金木樨之劍」的整合騎士愛麗絲．辛賽西斯．薩提。

在「雲上庭園」，桐人與愛麗絲兩人施有「武裝完全支配術」的劍互相碰撞，結果使得應該不可能會毀壞的「中央聖堂」外牆粉碎，桐人和愛麗絲掉出塔外。之後，桐人立刻把劍插進外牆的縫隙，也拯救了往下掉的愛麗絲。可是，兩人身為敵人，在這種命懸一線的情況下，也仍是彼此理念不合，於是桐人向愛麗絲提議，在回到塔內之前暫時停戰。

尤吉歐來到了「中央聖堂」的第90層，那裡是熱氣蒸騰的大浴場，感到困惑的尤吉歐，遇到了整合騎士貝爾庫利．辛賽西斯．汪，他正泡在熱水中舒緩因漫長旅途而導致的疲勞。貝爾庫利的身影沉穩平靜，卻擁有深不可測的威勢，尤吉歐雖然感到震憾，卻仍是獨自向他挑戰。另一方面，桐人與愛麗絲繼續攀爬「中央聖堂」的外牆。

自己應該是從天界被召喚而來的，卻有妹妹──。整合騎士愛麗絲聽到賽魯卡這名字，感到情緒動搖，然後愛麗絲下定了決心，她要把被奪走的記憶拿回來。為了讓愛麗絲．辛賽西斯．薩提想起自己是愛麗絲．滋貝魯庫的事，也為了讓她知道自己變成整合騎士的真正原因，桐人開始告訴她，自己於尤吉歐一路走來的旅程，原本只是一個村民的尤吉歐，因為遇到了桐人，而開始想要拯救自己青梅竹馬的好友愛麗絲。二人以成為騎士為目標，開始踏...