自從桐人一行人打敗最高司祭亞多米尼史特蕾達已過了半年。愛麗絲帶著失去了右手臂，成了廢人狀態的桐人，回到故鄉盧利特村，在村子的郊外過著安穩的生活。愛麗絲看著自己和桐人一起守護的世界，回想著過去的事。就在這時，同樣身為整合騎士，同時也是她徒弟的艾爾多利耶．辛賽西斯．薩提汪，突然出現在她的面前…。

盧利特村受到哥布林與半獸人部隊的襲擊。村民雖然打算防禦抵抗，但敵人數量眾多，情勢相當不利。可是侍衛長下令叫村民不能逃走，必須堅守村子，因此他們也無法逃走，只能等待全滅的時刻步步逼近…。

襲擊海龜的是接受了美國國家安全局機密委託的秘密部隊。占領了主控室的他們，最主要的目的是奪取A.L.I.C.E.的LightCube…。在敵人決定潛行進入裏世界時，明日奈也下定決心打算潛行進入裏世界…。

黑曜岩城皇座之間的封印解開了，黑暗領域的皇帝貝庫達復活了。他馬上召開十侯會議，命令麾下的十位將軍組織軍隊攻下東大門，進攻人界，並將光之巫女得到手。

為了守護人界的人民，愛麗絲參加了人界軍。可是面對黑暗領域的五萬大軍，人界軍的兵力只有三千人。唯一比較可靠的戰力是整合騎士，但能出戰的整合騎士也只剩下約7名而已…。

最終負荷試驗開始後，東大門終於崩毀了。在成為皇帝貝庫達的加百列煽動下，黑暗領域組織了大軍進攻人界。人界軍派出少數精銳，分成多個部隊打算各自抵禦敵軍的進攻。雖然敵我雙方有著絕望性的數量差距，但人界軍的整合騎士們還是發揮了一騎當千的驚人實力不斷打倒敵人。可是黑暗領域的大軍憑著數量差距逐漸削弱人界軍的兵力…。

哥布林部隊使用的煙霧彈讓人界軍陷入了混亂中，使得哥布林有機可趁，攻進了後方的補給部隊。負責守護補給部隊的是整合騎士連利．辛賽西斯．推尼賽門。但他卻不在前線，而是一邊發抖一邊躲在帳篷裡。

為了改變戰局，愛麗絲用光素發動了大範圍攻擊術式。驚人的熱量與爆炸將暗黑術師和食人鬼部隊焚燒殆盡，使黑暗領域軍不得不停止進攻。可是人界軍在戰爭中也付出了慘痛的犧牲…。

為了將黑暗領域軍分斷並各個擊破，游擊部隊朝黑暗領域的南方進軍。就在這時，敵方派出拳鬥士部隊來襲。他們透過鍛鍊還有心念，有著一身足以彈開刀刃的堅韌肉體。

為了去迎接太過自責而傷害了自己的靈魂的桐人，亞絲娜用創世神史提西亞的帳號登錄了裏世界。在那裡，她跟桐人終於再會了，可是桐人卻仍處於喪失心智的廢人狀態。

為了渡過亞絲娜用地形操作指令創造出的無底深谷。黑暗領域軍在峽谷上方架起了好幾條繩子，打算爬過繩子繼續進攻。攀爬在繩子上的敵兵處於無防備的狀態，也沒辦法保護自己。雖然知道這麼做很無情，但人界軍還是不放過這個機會展開了攻擊。

在人界軍與黑暗領域軍交戰時，突然出現了來歷不明的軍團。他們根本不管對方是黑暗領域軍還是人界軍游擊部隊，只要一看到人就展開攻擊，享受殺戮的樂趣。在現場，只有亞絲娜馬上就看出了他們是來自現實世界的玩家……。

打倒最高司祭亞多米尼史特蕾達之後，愛麗絲帶著失去語言能力和感情的桐人，回到故鄉盧利特村。找不到戰鬥的目的，煩惱度日的愛麗絲最後下的決心是……？在人界軍與黑暗領域軍的大戰開始後，亞絲娜為了救桐人，使用超級帳號01．創世神史提西亞登入了裏世界，跟人界軍並肩作戰。可是，隨著戰況越來越激烈，身心疲憊的亞絲娜陷入了危機。就在這時，拯救她的是……？

詩乃用超級帳號．太陽神索魯斯登入了裏世界。她在千鈞一髮之際救了被美國玩家包圍的亞絲娜一行人，還使用索魯斯帳號的專屬能力．無限制飛行去追被闇神貝庫達抓走的愛麗絲。另一方面，莉法也使用超級帳號．地母神提拉利亞來到了裏世界。

面對不斷進攻的美國玩家，人界軍和亞絲娜雖然人數上居於劣勢，還是勇猛地戰鬥著。可是，他們還是無法推翻壓倒性的戰力差距，人界軍的士兵就這樣一個一個倒下。渾身是傷的亞絲娜也處於隨時都可能倒下的狀態。就在亞絲娜為了改變戰局，下定拚死決心之時，莉茲貝特率領的援軍終於從ALO轉移進了裏世界。

貝爾庫利追著帶走愛麗絲的闇神貝庫達。經過一番死鬥後，貝爾庫利使用秘劍．裡斬終於打倒了闇神貝庫達。可是，身受重傷的貝爾庫利也在愛麗絲的懷中嚥下了最後一口氣。愛麗絲只能強忍悲痛，決心前往世界盡頭的祭壇。

拉斯中的叛徒是一位名叫柳井的研究員。他曾在須鄉伸幸底下工作，如今潛入了拉斯，將情報洩漏給美國國家安全局。柳井將槍口對準了想要修復桐人搖光的比嘉，企圖阻止他。另一方面在裏世界，詩乃則是跟再次登入的加百列對峙…。

來自ALO的援軍用盡了力氣，亞絲娜等人還是敗給了瓦沙克率領的中國和韓國玩家。瓦沙克找出變成廢人狀態的桐人後，踢倒了他的輪椅對他挑釁，但桐人還是沒有醒過來。克萊因見狀非常生氣，想上前阻止瓦沙克，卻被敵人架住無法動彈。就在瓦沙克帶著殘忍的微笑準備揮刀時，突然出現了一位意外人物…。

瑛二雖來助陣，還是敗給了瓦沙克。在裏世界的南端，詩乃雖讓加百列受了重傷，卻用盡了力氣。而身處裏世界中央的莉法，則是將美國玩家全都打倒後不支倒地。亞絲娜在這個絕望的狀況下，只能看著躺在地上的桐人…。雖然大家都將最後的希望託付在桐人身上，但他卻仍徘徊在夢境中…。