名偵探柯南（325－366）

警政廳連續三年的1月6日都接到一封奇怪的傳真，上面只寫了一個大大的阿拉伯數字，三年來分別是３、２、１，從警備部爆裂物處理小組調來的松田警官認為這是爆破狂的一種暗示，而這名歹徒果然在當天安裝了兩枚炸彈在不同的地方，松田警官前往杯戶商場的摩天樓拆除炸彈時，沒想到…

這次歹徒又傳了一封傳真給各大警局，弄得人心惶惶，歹徒極有可能就是三年前與七年前的那個爆破狂，因此柯南等一行小孩請阿笠博士像家裡告假表示要留在阿笠家玩新的電玩遊戲，其實是要幫忙查案，但是根據眾人的推論找到的都是假彈，真彈到底安裝在哪裡呢？

毛利小五郎為一齣推理劇作救火隊的工作，與劇中的女主角巧遇，才知道她原來是毛利的國中同學，但沒想到拍片的過程中，男主角風見卻意外遭人殺害，為了找出真兇，警方搜遍了整棟別墅都無所獲，兇手到底是誰？用的又是什麼凶器呢？

就在柯南發現了兇手的殺人手法，企圖以麻醉針將毛利麻醉的時候，沒想到麻醉針竟然已經用完了，好在毛利靠著自己破解了整宗命案的謎團，揭穿了雨城琉璃的親生父親：南雲曉就是殺人兇手的事實…

三名軟體公司的職員一起來找毛利先生幫忙找一位程式設計師，誰知在毛利帶領三人前往他可能下榻的飯店時，卻意外發現此人：板倉先生已經死在飯店房間的桌上，乍看似是死於心臟病發，經過警方確認之後發現是死於他殺，兇手到底是誰呢？

毛利受到三個來自不同軟體公司的職員委託調查一位程式工程師的下落，沒想到眾人趕到飯店時看到的卻是他的屍體，而他在死前留下的死前訊息中，所透露的兇手的身分，在了解點字的內藤先生與了解圍棋的須貝先生解釋下，終於揭發了真相…

柯南從板倉先生的磁片中得到的資料，果然讓他得知了所有有關他和黑色組織的秘密，但是他在將軟體交給對方之前就死了，柯南便與阿笠博士一同前往板倉的別墅，找尋那份軟體，並且企圖收信，誰知信沒收成，反而讓黑色組織的沃克知道有人在別墅裡一事…

柯南與阿笠博士為了與黑色組織接觸來到板倉的別墅，柯南利用變聲器與沃克相約四小時後在東京賢橋車站的鐵櫃前交付系統磁片，想趁板倉已死的新聞播出之前與他接觸，誰知車子在路上爆胎，巧遇寶石搶匪讓他們搭便車，載著他們前往與沃克相約的地點…

為了隱瞞板倉先生已死的事，進而查出黑色組織這次到底又在進行什麼計劃，柯南在破解了珠寶大盜一案後，獨自跑到賢橋車站將磁片擺入鐵櫃中，本想藉此查出黑色組織的根據地，沒想到卻被吉恩識破他的意圖，還差點被吉恩發現他躲藏的位置…

觀野嬸嬸要送給步美一組女兒節的娃娃，所以大家就跟著步美一起到觀野嬸嬸家去擺設女兒節娃娃，誰知就在他們中間出去買甜酒釀的時候，家裡竟然遭到小偷進入，那幅據說保了2000萬的掛軸也不翼而飛了，小偷到底是誰呢？

經過柯南的分析之後，眾人才知道原來偷走掛軸的根本不是什麼小偷，而是觀野奶奶，他為了保住自家的守護神，不惜用這種方式來欺騙大家，最後還是逃不過柯南的法眼…

柯南與小蘭隨著毛利一同到小天狗山踏青，沒想到會在這裡碰到一起墜崖的意外，但在柯南的仔細觀察後發現，這只是一起看似意外的殺人案件，透過阿笠博士發明的手錶型麻醉劑，柯南再度利用毛利的聲音揪舉出真凶，還死者一個公道…

靜山大師是一位日本畫家，他的徒弟黑木這次特別邀請毛利過來看大師，根據他的說法是大師現在陷入了創作的低潮，常有自殺的念頭，希望毛利能夠讓他轉換一下心情，誰知第二天一早大師就在竹林裡上吊自殺了，但是在柯南的觀察後發現，大師根本不是自殺，而是死於他殺，兇手到底是誰呢？

毛利帶著小蘭和柯南一起去看一場職業摔角賽，沒想到一位要參加中量級錦標賽的選手竟然死在後台的休息室，兇手只有可能是體型和他相近的摔角選手，但是兇手到底是誰？他的動機又事什麼呢？

經過柯南抽絲剝繭的推理，與反覆求證之後，終於讓真正的殺人兇手現身，原來兇手就是野心十足的牛進選手，當然這又是柯南一次精采的辦案，只不過為了取信於大人，還是得借助毛利小五郎的聲音，才能順利揪出真兇。

小五郎租車帶小蘭和柯南出遊，沒想到車子竟在半山腰的山路上拋錨了，由於求助無門，剛好看到一輛車轉進山路裡，於是來到一家健康器材公司的訓練中心求助，也因此經歷了一樁不可思議的殺人事件…。

雖然大家都認為平松的死，是單純的車禍意外，但是在柯南抽絲剝繭的推理之下，終於從影像中的矛盾與社長說詞中的破綻找出了真相，也因此揪出真正的殺人兇手…。

久阪是月形小說家的弟子之一，卻在隔天被發現陳屍在公園裡面，雖然矛頭都指向是月形的另一名弟子動手殺人，但是他卻有不在場證明。後來柯南從電話答錄機中找到破綻，終於讓兇手俯首忍罪…。

柯南和元太他們約好一起去醫院探望小純，拗不過小純的要求之下，柯南只好同意代替小純躺在病床上，讓小純和元太他們一起打電動，沒想到在小純離開之後，柯南居然遭到綁架，這到底是怎麼一回事呢…