新一因為喝下尚未成功的毒藥，身體變小了，雖然身體變小，但是推理能力仍然存在，於是求助於阿笠博士，阿笠博士又將他委託給小蘭照顧。也因此，他幫助了毛利小五郎順利的偵破他半年來的第一件工作，董事長千金的誘拐事件。

阿笠博士發明了可以任意變換聲音的機器，交給肯那。小五郎接到了偶像歌星沖野洋子，受到騷擾的事件意外的發現，洋子的房間裡竟然發生了殺人事件。而肯那剛好利用阿笠博士發明的變聲器，抽絲撥繭的讓這個事件的真相大白。

元太在美術館前面，撿到一張畫著暗號的地圖，他們一致認為那是藏寶圖，經過柯南的推理及一波三折，終於找到了金幣的藏匿地點。但是，這時候義大利的強盜集團也出現，指稱那些金幣是他們所有，柯南他們也因此陷入危機。最後關頭，柯南再次展現他的機智，不但死裡逃生，更將強盜集團一網打盡。

毛利小五郎帶著小蘭和柯南，搭乘新幹線準備去京都參加朋友的婚禮。柯南看到了黑衣打扮的男人，結果是認錯人了。但是，卻也因此發現了一宗爆炸案的陰謀。為了要阻止這場爆炸案，柯南使出了渾身解數，甚至都要向小蘭表明自己的真實面目，結果，終於在最後一秒鐘，解除了危機。

一年一度的情人節又到了，小蘭接到同學的邀請參情人節的宴會，沒想到又遇到了殺人事件。在柯南的推理之下，才抓到了真正的兇手。而小蘭所準備的巧克力並沒有送出去，因為那是為新一所準備的。

小川醫生這兩年來不斷的收到未曙名的錢和玩具，實在是不知道來歷，所以前往毛利偵探事務所求助。當然這次又是在肯那的推理之下，才能夠在千均一髮之際解救了小川醫生的小孩。除此之外，小蘭也差一點就認出肯那就是新一，不過還好有阿笠博士替他解圍。

城裡的美術館傳出有盔甲會自己走路的傳聞，引起了小蘭想一探究竟的興趣，沒想到卻意外的發現美術館在一週後即將關閉，更加意外的是，未來的美術館所有人竟然被殺了，又是一樁撲朔迷的殺人事件。不過在肯那抽絲撥繭的推理之下，終於真相大白。

毛利一家人帶著柯南到埼玉縣觀賞天下一夜祭，突然有一名自稱世井的作家，請小蘭替他拍照，而他正是四十幾分鐘前，一樁槍殺案的嫌犯。但是他卻擁有不在場證明的照片，這是怎麼一回事呢﹖原來那張照片是他在一年前所拍攝的，是偽裝的不在場證明。

有一位叫做量子的女孩，自稱是名偵探新一交往中的女朋友，此舉引起了小蘭很大的反彈。其實量子是因為照顧的小孩赤木守被綁架，又不敢驚動警察和偵探，才出此下策的。好幾次柯南都差一點被小蘭撞見，不過總是在他的機智下破解，還好綁架事件終於被柯南讀解也還給新一一個清白。

毛利小五郎因為一封委託信來到了月影島，而委託人竟然是十二年前就已經死掉的鋼琴家麻生圭一，更絕的是才剛到島上不久，就陸續發生詭異的殺人事件，而且在命案發生的同時，都會有鋼琴協奏曲「月光」的聲音，這到底是怎麼一回事，柯南可以順利破案嗎。

月影島自從舉行前村長的追悼法會後，兇殺案便在「月光」奏鳴曲的伴奏下一件接一件展開，到底誰才是殺人兇手﹖雖然案情錯綜複雜，不過百密終有一疏，在找出了十二年前鋼琴家麻生圭二所留下的樂譜之後，柯南終於知道誰是真正的兇手，並且揭開麻生圭二被殺之謎。

柯南和步美他們一起玩捉迷藏的遊戲，步美躲在一輛車的後車廂中，沒想到竟然睡著，元太一直都找不到步美，最後肯那用終於用無線電和她聯絡上，步美竟然在車上發一個人頭，剛好此時有一件連續綁架少女殺人事件，肯那懷疑那輛車的兩個男人，就是那個事件的歹徒。於是火速前往營救，結果嫌犯另有其人…。

報紙刊出有關十億元的搶劫事件之後不久，毛利偵探事務所來了一位自稱廣田雅美的女學生，請求尋找她的父親廣田健三。當毛利找到之後，隔天卻發現廣田健三死了，這到底是怎麼一回事，同時還有另外一位高大的男人，也請求另一名戴墨鏡的偵探，尋找廣田健三，但是，他們所說的背景卻都不一樣，這到底是怎麼一回事呢﹖

柯南和步美他們一起在河邊玩耍，結果目擊到一件狙擊事件：有人用來福槍射擊移動中的汽球。當柯南到達對岸時，只撿到有一連串數字的計算機，柯南就憑著計算機上的數字，破獲了一件綁架及殺人事件。

柯南和元太他們為了要尋找一隻貓，結果卻因此而發現了屍體。他們在通知警方之後，屍體竟然不見了，經過仔細的搜尋之後仍然找不到屍體，而被目暮警官認為這是柯南他們的惡作劇。為了找出事件的真相，柯南決定再次前往那個發現屍體的屋子裡，最後終於讓他發現屍體藏在哪裡。

毛利小五郎受古董收藏家丸傳次郎之託，調查他太太丸稻子是否有外遇。結果遇到傳次郎有客人來拜訪，但是過了兩三個小時仍然不見傳次郎的縱影。不耐等候的毛利小五郎於是去找傳次郎，結果發現傳次郎已經被殺，根據傳次郎的記事本顯示，當日預計會有四個人前來拜訪，毛利即是其中之一，而其他三個人都沒有不在場的證明，到底誰才是真的兇手。

柯南和步美他們一起到百貨公司看假面超人的表演結果因為元太忘了拿東西，只好又跑回快要關門的百貨公司，沒想到卻因此而被困在百貨公司裡。決定向警衛說明原由的柯南及朋友他們，卻發現警衛都被制伏，而扮演假面超人的表演者，原來是專門挑百貨公司打烊時竊取寶石的強盜集團，柯南他們和強盜集團經過一番鬥智與鬥力，最後終於將所有的歹徒一網打盡。

柯南和小蘭一起去參加中學導師的婚禮，沒想到婚禮都還沒有開始，老師就被人蓄意下毒而生命垂危。松本老師有一個習慣，就是非常喜歡喝檸檬茶，因為那是她小時候的初戀情人，最常拿給她喝的飲料。在柯南的推理下，最後終於讓兇手現出原形，但是卻也道出了一段令人心酸的往事。

戶屋英子為服裝界的名設計師，但是她所設計的服裝卻搶先被其他的廠商發表上市，明明知道是她的秘書盜取商業機秘圖利轉售，卻又莫可奈何，只好計劃出電梯殺人事件，但是很遺憾的，當時柯南在場，當然這起事件，也無法逃過柯南的推理。