艾連等104期兵決議被編入里維班。為了達成堵住瑪利亞之牆這個最初的目的，漢吉進行著實驗摸索能讓艾連自由令巨人化後的身體產生硬質化的方法，但此時卻傳來了尼克神父被謀殺的消息。就在里維聽到漢吉報告表示判斷尼克的謀殺案是由中央憲兵所為時，收到來自艾爾文的信。信裡所寫的內容是...?

艾連和希絲特利亞搭乘的馬車被襲擊，兩人就這樣被綁架了。里維正要追上去時，出現了謎樣的男人阻擋在他眼前。一看清男人的臉，里維立刻怒吼了男人的名字──「肯尼！！」看樣子這個神秘的男人，似乎是和里維的過去有關的對象。兩人的戰鬥正是拚死奪命的最佳演練。並非是人類對巨人，而是人類對人類的、運用立體機動裝置進行的死鬪。目擊這不可思議光景的約翰等人，也被捲入了這場戰鬥之中。

被綁架的希絲特莉亞醒來時所看見的，是自稱是她父親、羅德‧雷斯的中年男性。羅德緊抱住希絲特莉亞，開口說明關於雷斯家的重大秘密。另一方面，漢吉也從逮到的憲兵口中得知了雷斯家的秘密。漢吉為了決定今後的行動方針，打算將雷斯家的秘密通知艾爾文。就在此時，艾爾文正和皮克希斯會面，表明自己打算推進人類歷史的決心。

調查兵團由於憲兵團的計策，被誣陷背負殺害平民的罪名。另一方面，進行巡邏的一男一女兩位憲兵、馬洛與希琪踏入眾人藏身的森林。雖然發現了正在汲水的阿爾敏，但反而被里維他們逮住。不過馬洛對憲兵團的做法抱持疑問，主動提出要協助調查兵團。里維將兩人交給約翰看守，但約翰對這兩人並不信任，對他們刀刃相向。

調查兵團的命運正走向終結。被中央憲兵逼入絕境，艾爾文也即將被處刑。在王之間接受最後審判的艾爾主張，「失去調查兵團、同等於人類將失去反擊的利茅」──卻沒有任何人願意傾聽他的想法。就在他要被拉去處刑時，突然傳來了超大型巨人和盔甲巨人突破羅塞之牆的通報。人類的未來究竟該託付給誰呢！？

在那之後到底經過多久了呢。在禮拜堂地底醒來的艾倫身體被鎖鏈鎖住，站在他眼前的，是已經自稱取回所有記憶的希絲特莉亞和羅德。在羅德和希絲特莉亞伸手摸他的背部時，艾倫的腦中浮現了不祥的記憶──五年前的某個夜晚襲擊雷斯家的那場悲劇的真相。在那天晚上奪走羅德所有家人的，正是艾倫的父親、古利夏．葉卡……。

羅德親口說出關於雷斯家的真實。雷斯家族的血脈中代代繼承的巨人之力，現在正存在於艾連體內。希絲特莉亞發出了怒吼，說自己的使命將是把那股力量納為己物、繼承世界的歷史，將巨人從這個世界驅除殆盡。而得知真相的艾連因為自己犯下無法償還的罪孽流下了眼淚，覺悟將人類的命運託付給希絲特莉亞。了解了艾連的決心後，希絲特莉亞是否真的會遵照羅德的要求化身為巨人呢?

希絲特莉亞違背了羅德的指示，打算帶著艾連逃離禮拜堂。這時羅德舔了潑灑在地上的藥水變成了巨人。調查兵團的同伴們及時救了被巨人化時引起的風壓吹飛的希絲特莉亞、和還被綁著的艾連。此時羅德化為巨人的身體漸漸成形，體型甚至超過超大型巨人。面對同伴陷入危機的場面時，艾連再次選擇相信自己。

艾連雖然成功保護了同伴，但同時也讓羅德巨人得以前往地面。羅德巨人一邊散發著高熱、沿途燃燒著周圍的樹木緩緩地前進著。前進的前方有人口密集的奧爾福德區，然而艾爾文反其道而行故意不對居民下達避難指示，擬出就地迎擊巨人的作戰方案。調查兵團展開了為防止危害到席納之牆中心部而以奧爾福德區的居民為誘餌，又要同時保護居民不可出現任何死傷的艱難戰鬥。

羅德巨人被打倒後，親手給出最後一擊的希絲特莉亞在居民及士兵們面前宣言自己是真正的王。就在這時，從崩壞的禮拜堂逃出來的肯尼因失血過多，撐著最後一口氣倒坐在森林之中。肯尼的腦海中閃過了自己壯烈的一生――回過神來時，已看見里維站在眼前。像是為了掙扎著最後一線生機，肯尼拿出了裝著巨人化藥物的注射器…

距離希絲特莉亞的加冕式已過了兩個月。人民們用飽含親近意味的稱號「放牛女神」來稱呼在牧場照顧孤兒們的希絲特莉亞。調查軍團方針對艾連得到的硬質化能力進行實驗，成功開發出對抗巨人的武器，然而不停的實驗對艾倫的身體產生了很大的負擔。艾連展露只要能夠掃蕩巨人，願意捨身奉獻的覺悟。就在這時，艾連回想起了某個人物的存在…

調查軍團的悲願——瑪利亞之牆奪還作戰預定在兩天後執行。里維勸戒受了重傷的艾爾文不要參與本次作戰，但艾爾文固執拒絕並堅決地對里維說道：「我必須親眼見證這個世界的真實水落石出的瞬間。」里維這才認同了他的強烈意志，並離開會議室。當天晚上，在兵寮舉辦了盛大的宴會讓士兵們養精蓄銳。艾連一行人回顧著過去發生的戰鬥，再度堅定了決心。

調查兵團在夜色中朝著瑪利亞之牆前進。一群人穿梭在陷入沉睡的巨人之間時，唯獨艾連暗自慌亂。「萬一奪還作戰失敗了怎麼辦？」「我真的有辦法拯救人類嗎？」──阿爾敏對顫抖著聲音的艾連搭話，一起回想至今發生的事情……。

以野獸巨人為中心出現了大批巨人，將調查兵團團團包圍。他們死守著代步的馬匹、同時傾盡全力打倒「盔甲巨人」。

受到調查兵團新開發的武器．雷槍的攻擊，眾人都以為已經讓「盔甲巨人」停止活動了。然而在他們眼前，「盔甲巨人」再度活動、發出了咆哮……。

周遭一帶全都陷入火海，調查兵團也被敵人分隔在希干希納區內側與外側。另一方面，艾爾文及里維等人被暴露在「野獸巨人」的射程內，被迫面對石礫的豪雨……。

在這窮途末路的狀況中，調查兵團的新兵們在艾爾文的指揮之下，做好必死的覺悟，對"野獸巨人"展開突擊。另一方面，艾連等人也擬好了一個作戰方案……。

艾連呆站在阿爾敏面前。此時，沉浸在悲傷中的艾連眼前出現兩道身影……。

在希干希納區的城牆上，調查兵團的生還者寥寥無幾。此時，艾連前往老家的地下室……。