瑪雷與中東聯合長達四年的戰爭終於畫下句點。然而失去了兩個巨人、戰力下降的瑪雷，使全世界查覺到憑巨人之力就能支配一切的時代正迎向終結。眼見各國持續開發出能對抗巨人的武器，為了挽回頹勢，吉克．葉卡向軍部上層提出了一項建議。

萊納．布朗回到故鄉與母親重逢。當天晚上，他回想起自己小時候為了成為戰士而努力的種種。有個艾爾迪亞人母親的萊納的夢想，就是和母親一起成為名譽瑪雷人，好和自幼分離的瑪雷人父親一起生活。那時的他深信著，繼承巨人之力成為拯救世界的英雄，就能實現這個夢想……。

戰士候補生之一的法爾可‧葛萊斯為了保護暗戀的賈碧‧布朗，唯一的辦法即是成為盔甲巨人的繼承人，然而兩人之間的成績差距卻越來越大，當他沮喪地走在街上時，一個男人出聲向他搭話。

萊納被法爾可帶著進入了一個地下室，看見坐在地下室裡等待著他的那張臉感到驚愕不已。與此同時，威利．戴巴受到全世界矚目的演說即將開始。

威利．戴巴於演說發表對帕拉迪島的開戰宣言，就在此時，一片嘩然的廣場上出現了不請自來的賓客……。

戰場極盡混亂。戰士們挺身面對能在空中移動自如、迎面襲來的士兵。這場戰鬥究竟會如何演變……？

一具巨人像是回應著求救的悲痛呼喊似地起身阻擋在艾連面前。賈碧則獨自攜槍飛奔而出。

說不定，原本還能有別的選擇……。無論如何後悔、懺悔，已失去的事物都不會再回來。

外面的世界沒有友方。所以為求生存而毀滅敵人，唯有挺身戰鬥一途。這個選擇是正確的嗎？無人能判是非。

無處可去，毫無線索，也無法保證能回歸家園。然而對這樣的他們伸出援手的，竟是他們本應憎恨的惡魔。

該憎恨的是誰？該怨恨的是什麼？曾深信不疑的事物，漸漸動搖。

賈碧與法爾可向人尋求幫助。他們所相信的方向是否有能如願以償的未來？抑或是必須承受報應？

艾連冷冷地看著阿爾敏和米卡莎，開口說到「因為我想跟你們聊聊」。

「那個巨人無論在任何時代，總是為了追求自由勇往前行、為了自由而戰鬥。其名為—進擊的巨人。」牆外真相以及巨人的真實由來終於揭露於眾人眼前。為了走到這一步，人類已經付出過於龐大的犧牲。即便如此，他們仍只能不停前行。因為他們還沒有親眼見到牆外那片、象徵自由的海洋。—時光飛逝，距離「超大型巨人」第一次來襲已過去了六年。調查兵團終於得以進行瑪利亞之牆的牆外調查。

彼此尋求的未來再無交集，只能懷抱各自的信念相爭。現在，來到起始之地，各方又將再度交鋒。

「那個巨人無論在任何時代，總是為了追求自由勇往前行、為了自由而戰鬥。其名為—進擊的巨人。」牆外真相以及巨人的真實由來終於揭露於眾人眼前。為了走到這一步，人類已經付出過於龐大的犧牲。即便如此，他們仍只能不停前行。「牆壁的彼端有海洋，海洋的彼端有著自由，我一直是這麼相信的……。」牆中的人類，第一次踏上了海灘。眼前那片廣闊無際的水平線彼端，有的是自由，抑或是……？艾連．葉卡的故事即將迎來全新篇章。

滂沱大雨中，有位士兵倒在路邊。他的不遠處有個奇異的巨人渾身散發蒸氣，從中爬出了一個男人……。與此同時，瑪雷軍在一切的開端──希干希納區發動奇襲，巨人們也展開行動，始祖巨人與盔甲巨人再度對峙。「來吧，萊納。」

米卡莎想救艾連的想法，是她真正的心情嗎？艾連又是為何而戰……？巨人們踏震大地激烈衝撞，瑪雷的奇襲令眾人拿起武器奔赴戰場。

野獸與始祖，人們圍繞著掌握情勢關鍵的這兩大巨人展開殊死戰鬥。 當彼此的想法與記憶交織，這對兄弟眼裡所望目標的前方是…?