選擇徒步前往京都的劍心，在旅途中遇到一名忍者裝扮的少女。少女因為旅費用盡，便設局行搶當地竊賊。這也讓劍心意外捲入這場紛爭…

劍心擺脫不了少女卷町操的糾纏，只好帶著她一起同行。路途中，他們發現了一名全身刀傷的男子，進而得知男子居住的村莊遭志志雄的手下強行占領，而志志雄就在這個村子裡…

劍心與齋藤進入志志雄的宅第後，也在言談之間得知了志志雄的野心。兩人雖想當場與他開戰，但志志雄卻派出統治新月村的尖角應戰…

尖角遭劍心擊敗後，志志雄派出自己的左右手瀨田宗次郎與劍心較量。雙方都以拔刀術過招，然而劍心的逆刃刀卻在刀劍相觸時應聲斷裂…

因緣際會下，左之助在森林中遇見了修行中的破戒僧．悠久山安慈。見到他想要變強的決心，安慈傳授給他自己修行十年習得的破壞的精髓"雙重之極限"，卻也提出條件，若左之助無法在一個月內學會，就要取他性命…

為報答劍心平安護送小操回家，曾任密探御庭番眾的翁老幫劍心打探到刀匠新井赤空的消息，然而赤空早已過世多年，一行人便轉向探訪其子青空，但青空卻表示自己已不再鍛刀…

原先已放棄找青空鍛刀的劍心，一聽到青空的兒子伊織遭志志雄手下綁架，便急忙趕去搭救。手上僅剩殘破逆刃刀的他，將對決擁有殺人奇劍的"刀迷"張…

眼見腿部負傷的劍心只能吃力地應戰，青空決定衝向神社，將赤空的最後一把刀扔給劍心。而在"刀迷"張的挑釁下，劍心也順勢抽出了刀鞘裡的刀…

赤空的遺作「逆刃刀．真打」讓劍心回想起初次使用逆刃刀的情景。慶應四年，一位好心人皐月收留了倒臥在神社的劍心。但皐月的丈夫義壹卻遭人尋仇，抱病在身的劍心便挺身相助…

為避免再次波及無辜民眾，劍心選擇離開葵屋，獨自面對今後的戰役。而在翁老的幫助下，劍心也順利找到自己的師父比古清十郎，想請他傳授十五年前自己未學成的飛天御劍流真髓…

追隨劍心的腳步前來京都的蒼紫，為了尋求劍心的下落，便跟著宗次郎前往志志雄的要塞與志志雄見面。而兩人也在會談中達成了某項協議…

為取得劍心的消息，蒼紫不但與志志雄組成同盟，甚至放任其手下襲擊葵屋。而翁老為了阻止已化身修羅的蒼紫鑄成大錯，決定重披戰袍與蒼紫一戰…

翁老落敗後，小操為了守護御庭番眾，竟表明自己要取代蒼紫擔任新一任頭子。另一方面，刻意在街上打架鬧事的左之助，雖順利在監牢裡見到齋藤，卻與關在另一間牢房的十本刀的「刀迷」張起了衝突…

比古清十郎要求劍心必須在過招時擊中自己，才願意傳授真髓。歷經多次挑戰，劍心終於成功擊中比古。然而在傳授的過程中，劍心體驗到徘徊生死關頭的滋味，進而體認到自己的不足之處…

劍心在傳授真髓的過程中成功擊中了比古，但比古卻因此昏迷不醒。另一方面，十本刀全體聚集京都後，志志雄便明確指示了火燒京都的執行日…

劍心習得真髓後順利與齋藤會合。兩人在一番討論後，推敲出志志雄的另一個目的。原來火燒京都不過是佯攻戰術，真正目標另有其地…

為了阻止志志雄一夥的陰謀，劍心等人正快馬加鞭地趕往大阪。出發前劍心寫信求助京都御庭番眾，期望借用他們的力量守護京都…

位在京都的志志雄手下礙於優勢警力與御庭番眾的阻撓，無法順利執行火燒京都的計畫。另一方面，劍心等人順利抵達志志雄的所在地。為彰顯雙方力量差距，志志雄不惜開砲示威…

劍心等人順利登上志志雄的船艦，然而四乃森蒼紫卻阻擋了劍心的去路。而位在京都的小薰等人，與御庭番眾聯手阻撓志志雄手下的放火行動時，意外遇上了盲劍客宇水…