上終瓜生，是以京都大學醫學系為目標的高中生。在兒童養護機構長大的瓜生，被位於京都的神社「甘神神社」的宮司收留。寄居的条件是「必须入赘并继承神社」！ ？與三姊妹的相親、甘神神社拋出的難題…瓜生能順利通過嗎……？

經過各種曲折，瓜生和甘神三姊妹終於成為「一家人」，並同住在一個屋簷下。此時千鳥說「為了讓彼此更加了解，來舉辦相親吧」。首先相親的對象是年紀最小的朝姬，沒想到她意外地積極，步步逼近瓜生……？

某天，名為「北白川巳右衛門」的人來拜訪甘神神社。其實北白川是神社的贊助人，因近年香客和收益都減少，打算賣掉神社。就這樣，瓜生和三姊妹為了守護神社，拼命思考如何聚集到5000位香客……。

因社群媒體宣傳作戰成功，以及得到商店街人們的協助，瓜生和三姊妹做萬全準備迎接例大祭當天，以守護神社。然而，事與願違，香客完全沒有增加，讓瓜生覺得事有蹊蹺……。此時，真正的神社帳號卻被凍結了……。

"瓜生他們成功舉辦了例大祭，順利保住了神社。瓜生本想就此好好認真讀書，但他卻對在例大祭最後被夜重親的事情念念不忘，一直無法集中精神讀書。 正當瓜生一個人悶頭思考著「為何夜重要親自己？」時，朝姬出現在他面前。 朝姬自信滿滿地對瓜生說：「包在我身上，我會將夜重的心意暴露在陽光下。」其結果……？"

瓜生某天夜晚，夢到他與三姊妹在嵐山徜徉在親密的氣氛內。醒來後，瓜生思考著夢境內容；但為了避免影響自己讀書，瓜生決定盡力避開與夢境發生相同的事。另一方面，為了有更良好的與香客對應方式，三姊妹決定找位於嵐山月神神社的巫女師傅商量。

巫女師傅月神宵深子問三姊妹是否有繼承神社的覺悟，「重新好好面對自己的未來」說完這句話後，就讓三姊妹自行陷入深思。夕奈因宵深子的話語而大受打擊，心想若繼續留在嵐山，將會走向預知夢的劇情，因此打算直接回去，卻又擔心行蹤不明的夜重……。

瓜生居然夢到和三姊妹一起結婚的未來夢境。另一方面，宵深子和舞晝見面，能互相傾訴煩惱的朋友。舞晝從宵深子的表情看出，為何找自己出來的原因，因此問「想知道妳與三姊妹以前的故事。」接著便從宵深子口中得知，她與三姊妹相遇，以及她內心真正的想法。

瓜生說好支持三姊妹的夢想。為此，他覺得應該要直呼三姊妹的名字，但卻一直不順利。新學期開始成為男女合校，瓜生轉入的學校居然遇到夕奈，而是班上唯一的男學生。絕不能讓大家發現瓜生和夕奈同住一個屋簷下。瓜生只好盡量過著遠離夕奈的校園生活圈……。

某個夜晚，瓜生夢見幼年時遇見穿著和服少女的時日，但並不清楚少女的真面目。夜重喝醉時非常容易讓人有機可趁，因此夕奈和朝姬拜託瓜生陪夜重參加大學社團活動的聚會。回去時，不知為何夜重露出有些寂寞的微笑……？

瓜生很在意「一乘寺澪子」和夜重之間的關係，想在深夜出遊期間詢問夜重，卻一直不順利。最後，一行人來到稻荷神社，說好「分兩組人馬到爬到山頂」，瓜生心想終於有機會和夜重兩人單獨相處；但不知為何，連夕奈和朝姬都吵著要跟瓜生一組……？

瓜生在稻荷神社的山上尋找從山上跌落的夜重，卻意外穿越回過去。當瓜生發現一乘寺澪子正是年幼時期的夜重，他察覺到澪子正為複雜的家庭關係感到煩惱，並在黑衣人找上門時將她救走。瓜生與澪子逃離黑衣人的追捕後，兩人前往瓜生的「祕密基地」……

甘神神社將於7月7日舉辦七夕祭，而朝姬也決定她的同學們在短籤上寫下願望。朝姬和她在社團裡的競爭對手松崎花蓮，都寫下了「想在馬拉松比賽中奪冠」的願望。然而，一場大雨讓比賽被迫延期，而新的日期竟然與七夕祭撞期……？

"瓜生和朝姬陷入從7月7日回到6月28日的循環中。 不斷重複的日常生活，朝姬這次決定不參加馬拉松大賽，而是選擇參加七夕祭。 身為宣傳部長的朝姬非常用心，舉辦了「美少女巫女三姊妹總選拔」活動，讓這次的七夕祭非常成功。 和瓜生以及最喜歡的姐姐們，度過了非常充實時間的朝姬，看到以參拜者身分出現在祭典的花蓮，她所寫的短籤後，心中開始起了漣漪……。"

瓜生和朝姬還是無法逃脫七夕的循環。在這無法結束的循環中，朝姬不知道自己「真正的願望」是什麼。此時，朝姬突然被花蓮壓在地上，在完全搞不清楚的情況下，花蓮突然說要跟朝姬跑馬拉松一決勝負。甚至還對朝姬放話「如果我贏了，妳就放棄跑馬拉松」……？

瓜生現在沒有心力談戀愛，因為他的目標是「考上京都大學醫學系」，並且「成為醫生拯救人命」。可是，他這次的模擬考結果居然是B等……。至今都考A等的瓜生受到了相當大的衝擊。此時，瓜生和舞昼以及奇蹟園的孩子們一起去掃墓……。

瓜生以自己的意志宣布「繼承神社」。但夕奈的樣子似乎有些奇怪。她不僅非常積極地照顧發高燒的瓜生，還在忙著打理神社事物卻綁著奇怪的髮型……。夜重身為姊姊的直覺，擔心「夕奈是不是又太過勉強自己了。」瓜生是否能接近她的心靈呢……？

瓜生和夕奈靈魂互換了好幾次。兩人不僅瞞著學校的朋友，更是連夜重和朝姬都瞞著，一起默默地找恢復原狀的方法。雖然互換的問題還沒解決，兩人也順利習慣了學校的生活。然而，在某次不經意的時候，被夕奈的好友小蜜發現兩人靈魂交換的事……？

上終瓜生，是以京都大學醫學系為目標的高中生。在兒童養護機構長大的瓜生，被位於京都的神社「甘神神社」的宮司收留。寄居的条件是「必须入赘并继承神社」！ ？與三姊妹的相親、甘神神社拋出的難題…瓜生能順利通過嗎……？