以強奪神秘墜飾為目標的探夢隊，不斷追趕著莉可。雖然她被從空中突然出現的弗里德與噴火龍營救，但目前也不曉得弗里德是否值得信賴…。在弗里德的帶領下，莉可來到了弗里德與他的夥伴們所屬的「昇龍伏特攻擊隊」所擁有的飛船．「英勇淺蔥號」上！

新葉喵被探夢隊帶走了。莉可決定要將牠救回來，而弗里德他們也願意幫忙。莉可和弗里德找到了他們的藏身處，但艾梅吉歐卻在那裡守株待兔……！莉可能順利將新葉喵救回來嗎？

昇龍伏特攻擊隊因故障而緊急迫降在關都地區的離島。然後，飛船上的寶可夢．呆火鱷在不知不覺中不見了。為了尋找呆火鱷，莉可和新葉喵登上島嶼。另一方面，住在離島上的少年．羅伊，竟目擊到在島上從未見過的神秘寶可夢……！?

真想再次見到呆火鱷。羅伊抱著這個想法，來到了昇龍伏特攻擊隊的飛船上。可惜運氣不好，遲遲無法與呆火鱷見面。出航時刻即將來臨。兩人能夠再次相見嗎？同一時間，艾梅吉歐率領的探夢隊潛水艦正逼近飛船……！?

想得到莉可與墜飾的探夢隊登陸島上，擋在昇龍伏特攻擊隊面前。儘管莉可與羅伊聯手，靠新葉喵和呆火鱷的配合力戰到底，艾梅吉歐與鋼鎧鴉仍乘隙進逼而來。就在這時，莉可的墜飾再次發光！而羅伊手上的「遠古精靈球」也出現了異變……！?

昇龍伏特攻擊隊持續在空中旅行。利可與羅伊為了在寶可夢對戰中變強，決定接受船長皮卡丘的特訓……！面對擁有壓倒性實力的船長，新葉喵與呆火鱷完全無法與之抗衡。但是，透過與船長的特訓，莉可察覺到某件事……！?

在昇龍伏特攻擊隊的飛船上，儲存的食物就快要沒了。難道是有人偷吃嗎……！?無奈之下，為了補充食材，成員們只好分頭採購。另一方面，負責留守的莉可則俐落地完成了洗衣服與打掃的任務。於是她決定一窺從羅伊那裡聽說的「珍藏的秘密」……！

昇龍伏特攻擊隊抵達了莉可的故鄉帕底亞地區。莉可與弗里德和羅伊一同前往自己家，並受到父親．亞歷克斯的迎接。正當莉可準備在久違的家中放鬆一下，卻無意間聽到亞歷克斯「希望她以後永遠留在家」的真心話。莉可才剛剛開始的冒險，就要在此結束了嗎……！?

在莉可的父親．亞歷克斯的指引下，莉可與羅伊來到深缽鎮見道館館主．寇沙。兩人在深缽鎮遇到了冠軍級的訓練家．妮莫！莉可與羅伊跟妮莫一起前去拜訪寇沙，不料目前道館正在歇業中……！?寇沙身上究竟發生了什麼事……？

莉可與羅伊動身前往寇沙先生遇見黑色烈空坐的森林。莫麗對此也很感興趣，於是決定同行。途中，三人目睹森林大火的慘烈痕跡，所幸他們的目的地並未被燒毀。莉可一行人開始尋找烈空坐，但不久後，三人便分開行動。在這段期間，棲息在森林裡的奧利瓦也有了動靜……！?

莉可與羅伊再次親眼目睹森林大火的慘狀。為了在那裡生活的野生寶可夢，他們決定讓森林重生。他們借助昇龍伏特攻擊隊成員的力量，努力種下樹果，翻土耕地。看到他們拚命的身影，奧利瓦發生了異變！而且，莉可的墜飾也再次發出光芒……！?

莉可一行人準備出發前往莉可祖母所在的伽勒爾地區！沒想到飛船的控制系統竟然發生故障。於是昇龍伏特攻擊隊決定要在系統恢復前的這段期間野餐。莉可很享受和夥伴一起做三明治的樂趣，但又放心不下留在飛船上的小點……

羅伊與呆火鱷放不下在野餐途中遇到的奇怪電海燕，於是決定再去找牠。那隻電海燕不知為何離開群體，獨自過活，似乎是有什麼隱情……！?另一方面，弗里德發現飛船附近有可疑的寶可夢。他追上逃跑的寶可夢，在前方等著他的竟是……！?

莉可外出購物，就此下落不明！昇龍伏特攻擊隊根據小點在網路上收集到的目擊情報，找遍了深缽鎮，但無論怎麼找都找不到人……。一行人感覺到似乎有看不見的敵人，不禁感到一陣緊張。為了加快找人的速度，小點使出王牌，聯絡了釀光市的道館館主，同時也是人氣影片直播主奇樹！?

莉可的墜飾不知被誰搶走了。昇龍伏特攻擊隊推測犯人應該還在附近，於是便展開了奪回墜飾大作戰。找著找著，突然，裝著與遠古冒險者露西昂司一同旅行、被稱為六英雄之一的寶可夢奧利瓦的遠古精靈球開始發光。在光的引導下，他們將前往的地方是……！?

電海燕和呆火鱷總是在吵架。羅伊為兩隻無法和睦相處的寶可夢煩惱不已，於是想到請船長皮卡丘幫忙，藉由對戰加上牠們的羈絆。然而，即使在對戰中，牠們仍毫無默契，最後又吵了起來……。同一時間，飛船英勇淺蔥號的前方發生了亂流……！?

船長飛上添了？船長皮卡丘在對戰中看起來就像在空中飛翔一樣。為了了解其中的秘密，莉可與羅伊直接找弗里德詢問，但都被他隨便岔開話題。在奧莉歐和夥伴們的幫助下，弗里德才認命的娓娓道來。那是弗里德與船長第一次相遇。同時，也是關於組成昇龍伏特攻擊隊的秘密故事。

一行人抵達了伽勒爾地區。他們留下顯眼的飛船，走陸路前往據稱是莉可外婆黛安娜所在的古城，但是由於電車停駛，他們便決定要在機擎市度過自由時間。與馬德克一同前往對戰咖啡館的莉可和羅伊，在那裡和馬德克過去的甜點師夥伴米切爾相遇。然而，他們兩人之間似乎有什麼淵源……！?

莉可和羅伊遇見了機擎競技場的道館館主．卡蕪。來自豐緣地區的卡蕪，或許會對同是豐緣地區傳說中的寶可夢．烈空坐有什麼線索。交談過後，卡蕪便被莉可與羅伊的熱誠打動，決定幫他們進行訓練。人生修行，至死方休。不斷學習吧！卡蕪的火焰修行，現在即將開始！