這是個怪獸已成為日常威脅的日本。曾立志加入「日本防衛隊」討伐怪獸的日比野卡夫卡，放棄了這個夢想在專營怪獸清潔公司裡工作。在對無法與兒時玩伴、現在活躍於防衛隊的第3部隊隊長．亞白米娜完成一同消滅怪獸諾言的自己感到失望的日子裡，他遇見了立志加入防衛隊的後輩．市川雷諾。

被小型怪獸所寄生而變身成怪獸的卡夫卡，害怕被防衛隊撲殺，於是跟雷諾一同自醫院逃出。就在這時，他們發現有對被怪獸襲擊的母子。不顧自身安危的卡夫卡，鼓起渾身之力揮出全力的一拳。

身為「怪獸8號」被防衛隊所追捕的卡夫卡，在雷諾的幫助下隱藏身分，參加防衛隊員選拔的第二次測驗。卡夫卡對來到會場的臭屁女孩、四之宮琪歌露誇下海口，卻在體能檢定裡慘遭滑鐵盧。卡夫卡打起精神決定要在接下來的最終評選裡扳回一城，但其測驗內容居然是＂討伐怪獸＂！

在防衛隊入隊儀式上沒看見卡夫卡的身影，琪歌露露出了失落的神情。就在這時遲到的卡夫卡出現了。雖然沒能通過測驗，但他在第3部隊副隊長．保科的推薦下成為了防衛隊的候補隊員。伴夥們因卡夫卡的加入而元氣大增。但保科心裡卻有著其他想法。

相模原出現怪獸！新進隊員的初次任務，是在大部隊後方討伐餘獸。被點名「若在三個月內沒有表現的話就要被開除」的卡夫卡充滿幹勁，難掩對這份夢幻工作的興奮之情，雷諾被這樣的卡夫卡所打動也士氣大振。怪獸討伐作戰開始了！

突然出現的神秘人型怪獸毫不留情地對雷諾與伊春展開攻勢。為了保護受到致命傷害的伊春，雷諾勇敢地與其對峙。因得到琪歌露在選拔測驗時與之交戰後的資訊，讓雷諾得以勉強和牠周旋，但戰況還是逐漸落於下風。

這是個怪獸會在日常生活中威脅百姓安全的世界。 立志加入專精討伐怪獸組織「日本防衛隊」的日比野卡夫卡， 但在不知不覺間放棄了這個夢想，成為了一位專營怪獸清潔業者。 以遇見立志加入防衛隊的市川雷諾為契機，他停止的時間再度動了起來。 為了能站在米娜的身邊，為了能從怪獸手中守護百姓。卡夫卡再度朝著過去的夢想邁進。 但他卻不知道。 怪獸的威脅，正以他料想不到的方式接近他。

這是個怪獸會在日常生活中威脅百姓安全的世界。 立志加入專精討伐怪獸組織「日本防衛隊」的日比野卡夫卡， 但在不知不覺間放棄了這個夢想，成為了一位專營怪獸清潔業者。 以遇見立志加入防衛隊的市川雷諾為契機，他停止的時間再度動了起來。 為了能站在米娜的身邊，為了能從怪獸手中守護百姓。卡夫卡再度朝著過去的夢想邁進。 但他卻不知道。 怪獸的威脅，正以他料想不到的方式接近他。

新進隊員不斷發揮訓練成果逐漸擊退來襲的翼龍系怪獸，另一方面，巨大化後的「怪獸10號」攻勢愈發猛烈！雖然保科不斷應對敵人動作並確實給予傷害，但終究是來到了極限。這時保科心裡浮現的，是米娜認同自己的劍技，將自己的背後託付給保科的話語。

卡夫卡終於因為暴露其怪獸8號的身分而遭到逮捕，在日本防衛隊長官．四之宮功的命令下被移送至總部基地。卡夫卡加入防衛隊的夢想破滅，內心也因背叛夥伴而自責不己。在肅殺的押送過程中，與卡夫卡獨處的米娜慢慢打破沉默。

第3部隊的夥伴不斷想方設法要幫助卡夫卡。另一方面，在有明臨海基地內，怪獸8號與功的死鬥仍在繼續。能自在地發揮大怪獸之力的功，用其不愧被稱為防衛隊史上最強戰力的實力發動攻擊，但怪獸8號失去了卡夫卡的控制，在不顧自身肉體傷害的反擊攻勢下，那無情地攻擊慢慢將功逼入絕境。