織田作時常去某家小飯館，除了喜歡吃老闆做的咖哩飯之外，還有一個很特別的祕密。他把以前因為黑幫械鬥失去雙親的孤兒，託付給老闆代為照顧。織田作為了找尋安吾的蹤跡，前往和他初次相遇的某個地方。另一邊，設下陷阱欲活捉Mimic士兵拷問的太宰前去確認成果，到了現場只發現一堆屍體。

港區黑幫召開五大幹部會議，首領對所有幹部下令全力迎擊犯罪組織Mimic，混戰之中Mimic的首領紀德現身了，他操縱不明的異能力壓制芥川的行動，幸虧織田作適時出面解救了芥川。最後織田作好不容易找到了安吾，但是安吾的態度似乎不尋常，此時一群身穿精良裝備的黑衣部隊突然出現。

由安吾引薦，港區黑幫首領森鷗外和內政部特殊能力特務課最高指揮官長官，雙方進行非正式會談。織田作親眼看見收養的孤兒們被虐殺，他再也無法維持以往的冷靜，最後決定獨自前往Mimic的老巢與敵對組織首領一決死戰。

鏡花希望未來可以不需要靠殺人維生，因此加入武裝偵探社。她第一份工作是去法院幫社長跑腿送文件，卻在法院引起大騷動。第一份工作卻嚐到失敗的鏡花顯得很沮喪，阿敦鼓勵她下次會更好。此時鏡花的手機響起，手機裡不明的聲音命令鏡花的夜叉白雪殺了阿敦，阿敦頓時陷入危機之中。

瑪格麗特和納撒尼爾受命看管協會的據點－一艘豪華郵輪。他們收到一封黑函，威脅說要取走他們倆的性命還有整艘郵輪，發信人是港區黑幫首領森鷗外。然後黑幫成員梶井基次郎出現在郵輪甲板上，納撒尼爾認為梶井的檸檬炸彈威力不強，這個刺客應該可以輕鬆解決，殊不知…。

擔心一般偵探社社員受到敵襲，社長安排奈緒美和春野到深山旅館內避難，但是港區黑幫把旅館位置透漏給協會，協會派人去綁架兩位女社員。谷崎趕到現場，爭取時間幫助奈緒美和春野逃難。太宰察覺到自己被跟蹤，從暗處揪出樋口並逼問她情報，才知道港區黑幫首領為了戰爭釋放幫內危險份子－Q。

法蘭西斯當著鏡花的面綁架阿敦，鏡花使出所有招式仍然擋不住攻擊，連逃跑的動線，也都被協會參謀總長路易莎的計畫所掌握，最後無法解救阿敦的鏡花，陷入自責的絕望之中。阿敦被囚禁在協會的空中要塞白鯨號。同時Q也被協會綁架囚禁在郊區，法蘭西斯利用Q的能力發動「緊急計畫」…。

阿敦提議偵探社和港區黑幫結盟，雖然看似荒唐的意見，但兩大組織首腦還是進行了密談。但是森鷗外認為結盟可能會對組織不利而拒絕結盟，福澤諭吉表示至少今晚的行動黑幫不要干涉。當晚，太宰前往郊區小屋拯救Q時，遇到同樣領命而來的中原中也，過去傳說中最強的組合－雙黑搭檔再次攜手合作。

協會刺客坡邀請亂步參加他的推理遊戲，亂步和與謝野醫師赴會卻被坡的異能力困在小說的世界裡。坡說只要亂步能破解他的謎題，就可以得到協會的機密文件。另一方面，太宰去醫院探望安吾，希望警方釋放鏡花，同時太宰也向阿敦提出單獨潛入白鯨號的作戰計畫。

阿敦在白鯨號內找尋控制裝置，擋在他前面的是宿敵芥川。芥川要求阿敦再次一決高下。阿敦完全無法理解芥川為何在橫濱即將毀滅之際，滿腦子只想到私人恩怨。阿敦照著太宰的指示從芥川的阻擋順利脫身，奔向控制裝置所在地，卻發現控制裝置的守衛是全協會最難纏的那個人。

法蘭西斯賭上自己所有的財產放手一搏，卻被芥川和阿敦聯手擊敗。雖然搶到白鯨號的控制裝置，但是白鯨號仍然被不明人士遠端操控著，直撲橫濱市中心而去。萬念俱灰的阿敦，聽到通話系統傳來鏡花的聲音，鏡花說用她乘坐的無人機當炸彈，將白鯨號擊墜就可以拯救所有人…。

「我要賭上我的靈魂，達成這張完美的行程表給你瞧瞧！」今日突發的超重要案件卻如雨後春筍，一邊要為了維持武裝偵探社的形象，一邊還要應付太宰的搗蛋計畫，國木田堅持完成行程預定的意志備受考驗。在搭上某班絕不能遲到的電車之前，國木田看到可疑黑衣男子將可疑的行李箱交給一位少女…。