歐菲一行人和《十三使徒》三人聯手將銀月姬的大軍擊退。而歐菲察覺到了這片土地上發生異變的真相。原來那是過去積累在這片大陸上的記憶具體化後產生的，被稱為「鬼魂」的現象。一行人為了找出導致這個現象發生的核心，決定分頭行動來對抗軍勢。以古代戰場的廢墟為舞台，現代魔術士和甦醒的傳說之軍之間展開戰鬥！

歐菲終於到達了《最近之域》。但克麗奧、馬吉克和維諾娜卻失去了蹤影。分道揚鑣的《十三使徒》的席克與卡科爾奎斯特的真正目的是暗殺領主阿爾瑪蓋斯特。此外，一名可怕的神祕暗殺者也潛入了領主宅邸的庭園。各自的角色互相交錯，將領主宅邸的庭園變成了血腥的戰場。領主預言道，在死了六個人之後……。

晚上庭園裡展開了一場生死決鬥。伊爾蓋特、蕾蒂西亞在混戰後接續倒下。歐菲前往領主的房間，卻發現躺在地上的領主屍體，旁邊站著一名身著聖衣的魁梧男子。他是「反叛者」之一的鋏克・弗里茲比。他暗中潛入，在黑夜的掩護下獵殺阻礙者。歐菲對上了前所未有的強敵……！

在《最近之域》悽慘的戰鬥後經過了一晚。歐菲發現在領主的宅邸裡，昨晚分明被鋏克殺害了的領主阿爾瑪蓋斯特竟然還安然無恙地活著。而克麗奧和馬吉克雖然平安無事，但卻仿佛被洗腦般跟隨在領主身後。對於領主和達米安的言行歐菲絲毫無法信任，對於這莫名其妙的狀況更是難以掩飾其憤怒。此時，新的襲擊者正逐漸逼近……。

領主阿爾瑪蓋斯特說道，與雷奇結成盟約將改變《最近之域》和《聖域》之間的權力關係，於是讓歐菲他們在宅邸裡等待。但因為入侵者使維諾娜受到重傷。而現身在洛蒂莎面前的入侵者居然是艾德。艾德說他在《聖域》解開了洛蒂莎的謎團，並打算將她帶去聖域。就在那時達米安出現了，與變成叛徒的艾德展開了對決……！

領主阿爾瑪蓋斯特說預言中的大災難將在十三天後來臨。過去被阿莎莉趕出結界的女神，再次降臨《聖域》並毀滅奇耶薩爾西瑪大陸的日子已逐漸逼近。與此同時，成群結隊的深淵龍族的聚集到了《最近之域》。根據雷奇和領主的盟約，雷奇會成為新的首領，帶領深淵龍族與《最近之域》結盟，以壓制《聖域》，但意料外的是……。

歐菲一行人在路上與由普魯托率領的《十三使徒》相遇，於是便一同前往《聖域》。另一方面，帶著洛蒂莎回到《聖域》的艾德試圖啟動「第二世界圖塔」，召喚傳說能殺死女神的魔王斯威登伯里。艾德是得知啟動不一定需要領主，也可以由洛蒂莎來完成，所以才背叛了《最近之域》。接著在阿莎莉的指引下，蕾蒂西亞和哈帝亞也進入了《聖域》……。

歐菲一行人和《十三使徒》來到了《聖域》前，但他們卻受《聖域》的魔術阻擋而無法前進。另一方面，在《聖域》內，身為管理者的司祭正在與蕾蒂西亞及阿莎莉進行談判。阿莎莉拿出了「伊斯特西瓦的盟約」。這是兩百年前，聖域的司祭伊斯特西瓦與查爾德曼簽訂的一份盟約，內容是要找出一名能對抗女神的「繼承者」，並將這片大陸的命運交付給他……。

普魯托率領著《十三使徒》的一支部隊，以及克麗奧、雷奇和領主，向《聖域》進攻。但深陷苦惱的克麗奧，最後什麼都沒說就離開了。留下的歐菲等人遭到熾紅龍族的襲擊。歐菲感受到鋏克的氣息，決意要孤身一人挑戰最強的敵人！而艾德則是控制了「第二世界圖塔」，繼續準備召喚魔王……。

大災難的來臨迫在眉睫。在《聖域》上空如今已經可以看到嘗試入侵的女神。 能啟動「第二世界圖塔」的術士洛蒂莎、領主阿爾瑪蓋斯特和阿莎莉聚集一地，準備召喚魔王。但是領主要求艾德證明他是唯一適合獲得魔王力量的人選。於是歐菲和艾德以「繼承者」之座為賭注展開決鬥！ 賭上奇耶薩爾西瑪大陸的命運，奧芬選擇的結局將會如何──。

結界消失後過了一年……。曾統治奇耶薩爾西瑪大陸的貴族聯盟與大陸魔術士同盟對立，由此為發端大陸各地陷入一片混亂。歐菲被通緝為引起騷亂的重犯。馬吉克拜入伊薩貝拉門下學習。艾德則是消失了蹤影。而克麗奧在蕾蒂西亞門下結束了一年的修行，抱著深藏內心的情感啟程──。