亂太郎、霧丸、新兵衛正在樹蔭下睡午覺，亂太郎突然說「現在不是睡午覺的時候！我們必須要去跟一年丙班的同學培育友情！」。所以他們決定找同學們一起玩，並且開始思考要先找誰玩才好。

瀧夜叉丸學長最喜歡自吹自擂，他一如往常地跑到亂太郎等人的面前，說著自己有多厲害。這時，斜堂老師跑來找他們。老師希望瀧夜叉丸可以把自吹自擂的話題，說給一年乙班那些陰沉又沒有精神的學生們聽。

為了創設水軍，毒竹忍者隊正在深山中進行祕密訓練。澀鬼讓威澀鬼一起陪著他去送便當給自己的父親－達魔鬼隊長，結果他們在路上撞見了亂太郎、霧丸、新兵衛…。

一年丙班彷彿說好似的，只要每次丟手裏劍，就一定會打中自己人。今天亂太郎等人也接受了山田老師的手裏劍指導，沒想到全班一起丟手裏劍的時候，竟然全都正中目標！！究竟發生了什麼事…？

亂太郎、霧丸、新兵衛待在森林的時候，發現了看起來非常詭異的人影。隨之現身的是穿著女裝的六年級生－潮江學長、食滿學長、七松學長。他們三人被學園長命令要進行課後補習，因此變裝成女生。

放學後，伊助和庄左衛門一起跑去找亂太郎、霧丸、新兵衛。庄左衛門希望新兵衛可以帶他去吃好吃的烏龍麵。因此新兵衛帶著他們兩人來到了推薦的烏龍麵店，但是…。

毒蛋風澀鬼偷偷來到了忍術學園，因為毒竹忍者較是的魔界之老師出了一道困難的數學題，他希望忍蛋可以幫忙解題。但是亂太郎等人也解不出來，所以新兵衛跑去找二年級生的三郎次學長幫忙。

當霧丸在做圖書委員值日生的時候，團藏現身在圖書室，想要練習寫字。這時，亂太郎和新兵衛約霧丸一起去河邊玩耍。霧丸為了當值日生而拒絕時，團藏則說自己願意代替霧丸去玩。

忍者食物研究家──黑古毛般藏老師開始開發新的忍者食物，學園長先生突發奇想，要工務委員去幫忙製作忍者食，與此同時，毒竹城的八方齋也得知了相同的情報…。

山田老師和土井老師帶著一年丙班的忍蛋，一起去觀摩山田老師的兒子，也就是從事自由忍者的利吉工作的模樣。利吉打從一開始就不知道這件事，便使用忍者暗號「矢羽音」向山田老師抱怨。

亂太郎、霧丸、新兵衛接受學園長的委託，要把信件送到學園長的朋友──龍王丸的家裡。三人抵達龍王丸的家之後，隨即受到龍王丸的太太邀約一起吃午餐…。

一年甲班的傳七為了尋找他們班的班長彥四郎而來到了丙班。根據傳七所說，彥四郎明明跟甲班全班同學說要在教室集合，並召開緊急班會，自己卻不見人影。

町內會掃水溝之日，土井老師和霧丸急急忙忙地回到家裡去。這時，痛恨土井老師的黃昏城忍者諸泉尊奈門來到土井老師家附近，偷偷地觀察狀況。

放學後，一年丙班的教室中，四年級生的濱守一郎正看著霧丸哈哈大笑時，金吾神情緊張地現身了，似乎是學園長先生又突發奇想召集了各委員會。隨後各委員會的學長們陸續來叫人，丙班學生也陸續離開了…。

轉學生濱守一郎被生物委員會邀約一起出門，他們為了一起吃便當而前往小佛堂，卻發現了忍者的身影…。這時，二年甲班的野村老師現身，暴露了忍者的真實身分。

工務委員會的成員，出現在濱守一郎和生物委員會一行人面前，前來野餐的食滿委員長立刻邀請濱加入工務委員會，沒想到生物委員會也抱持相同的目的…。

亂太郎、霧丸、新兵衛在河堤玩耍時，發現牡丹和利梵正好來到了附近。他們非常煩惱自己的父親拔天坊被說成「評價很差的高利貸」。亂太郎等人聽完煩惱後，二年級生的能勢也剛好來了。

亂太郎、霧丸、新兵衛被學園長先生使喚去拔草。三人邊拔邊抱怨「有沒有人可以頂替我們」時，一年甲班的傳七和左吉剛好經過了附近。霧丸想到了一個可以讓他們願意頂替拔草工作的好點子。

霧丸夢到了一個夢，「只要收集10張學園長先生的寫真照片，就能換一張食堂的餐券」。亂太郎把不停說著夢話的霧丸叫起來時，霧丸就開始為了獲得學園長先生的寫真照片，整晚在學園內找個不停。