和西村及北本在放學途中突然遇到下雨的夏目，看到一條莫名其妙飛來的老舊毛巾，還陰錯陽差的把毛巾帶回家，結果自稱毛巾主人的少女妖怪出現眼前，表示毛巾是很久以前某個人類送給她的，還要夏目幫忙還給那個人類……。

某天，收到除妖人一族的首領的場靜司寫來的信，讓夏目內心動搖，之後還因某個年輕除妖人封印妖怪的儀式，信被風吹走，儘管夏目焦急地四處尋找，卻只看到先前年輕除妖人留下的小壺，裡面還散發出很重的妖氣，夏目直覺若放任不管，封印恐怕會被破除，於是趕緊求助名取……。

夏目受到的場半強迫的請求，前去參加除妖人的會議，並得知這是為引出最近頻繁襲擊除妖人事件的兇手所設的陷阱。由於兇手可能潛藏在屋內，夏目為隱瞞自己的身分，假扮成的場一門的式神，打算找出真兇……。

夏目在學校黑板上發現疑似妖怪所為的塗鴉，讓他非常警戒，後來聽到多軌提起最近使用陣術幫助一名迷失在家裡的妖怪，讓夏目決定告訴多軌，那個陣術在除妖人眼裡其實是個禁術……。

去幫塔子阿姨跑腿的夏目，中途被小妖怪捉住，喉嚨因此受傷無法講話，幸好出現另一個認識他外婆鈴子的妖怪救了他，但卻將他誤認為是鈴子，想將他帶往妖怪的棲息地……。

這一天和夏目出去散步的貓咪老師，不小心和夏目走散了，中途還遇到一對迷路的小兄妹，為了安全起見，決定陪小兄妹到目的地去，卻因為不懂得哄騙年幼小孩，被小兄妹耍得團團轉，只好在巧遇的中級和丙等妖怪建言下，努力尋找目的地……。

夏目一群人去幫忙田沼親戚經營的民宿，認識了小時候常幫忙照顧田沼的老闆娘，以及附近鄰居的「系婆婆」。一群人努力幫忙之餘，也期待能來一趟小小旅遊，但夏目卻在民宿裡遇見妖怪，還被告知有竊賊偷了祭舞用的面具。在妖怪協尋面具的請求下，夏目和貓咪老師展開了調查……。

名取周一出生於因看不見妖怪而停業的名門除妖人之家，但因為他看得見妖怪，逐漸被家人疏離，在他高中時，因故得知除妖人會定期聚會，於是開始偷偷去參加這個聚會，還因此認識了的場一族的公子、的場靜司，以及除妖人拓磨先生……。

夏目想逃離欲搶奪友人帳而來襲的妖怪，無意間波及到另一個小妖怪，造成小妖怪的斗笠損傷，大失所望的小妖怪因此命令夏目當弟子幫忙修補，因為他打算今天混入高貴的「朱遠」隊伍，跟著一行人走。「朱遠」曾是他的救命恩人，彼此互稱朋友深交，但有一天突然表示要回到仙術的修行之旅而離去了……。

夏目這一天在歸途中聽到烏鴉叫聲，察覺天上開始飄雨而急忙趕回家，並和塔子一起收拾曬在外面的衣服。後來因為提到烏鴉的話題，讓塔子回想起在還沒收留夏目之前，她原本和滋兩人一起生活，後來有一天滋去參加遠房親戚的喪禮，注意到有個男孩、夏木貴志似乎無家可歸，回來後突然開始整理起空房來……。

由於期末考結束、寒假即將來臨，大家都興奮不已，但夏目這一天在回家途中，卻被獨眼和牛形中級妖怪攔截，硬帶他去看白霧花，還被迫爬上險峻的山崖，第二天夏目就因為嚴重感冒病倒了，讓同學和中級妖怪很擔心。中級妖怪出於責任感，決定去找「大角」索取能退燒的藥草……。

《夏目友人帳》描述高中生夏目有靈異體質，能看見別人所看不到的。當他得到祖母的遺物「友人帳」之後，不論白天或晚上，開始有各式各樣的妖怪，紛紛找上門。 夏目在得知事情原委之後，決心要將友人帳上的名字， 一一還給被祖母擊敗的妖怪。而想要不費吹灰之力拿到友人帳的妖怪貓咪老師，則自願當保鑣，保護夏目和友人帳，共同踏上妖怪之旅。