＃02 孵化之夜 原子實驗室來了一個不尋常的任務，一位奶奶不知道為什麼在阻止工人蓋度假村，小金剛、原子貓和小鈴到了海灘，才發現原來奶奶想保護的是正在孵化的烏龜寶寶！

＃03 安靜的聲音 小鎮裡的老舊歌劇院竟然傳出鬧鬼，工人都不敢在裡面繼續維修工程。原子小隊三人來到現場，雖然很害怕卻還是努力調查，這才發現原來是一隻愛模仿聲音的琴鳥，在歌劇院裡到處發出像幽靈的聲音，解決「鬧鬼」問題之後，琴鳥也順利找到女朋友，任務再次完美

＃04 熱呼呼的原子貓 小鎮旁的火山竟然爆發了，為了阻止岩漿流進小鎮裡，小金剛、原子貓和小鈴用了很多方法，最後找到辦法，在火山上插上管子排出氣體，成功讓火山冷靜下來，拯救了小鎮。

＃05 一定會發生的衝突 一顆超級無敵大的小行星正在往地球前進，不到三小時就要撞上，而且這顆比以前滅絕恐龍的小行星還要大上十倍！原子小隊各種嘗試之後，最後把小行星打碎，並把碎片用大湯匙打回原位，順利救回地球上的所有生物。

＃06 鯨魚落難記 一隻小鯨魚擱淺在海灘上，在小金剛、原子貓和小鈴的幫忙下，小鯨魚回到海中，但卻馬上再度擱淺，原來小鯨魚被人類用的信標信號干擾，使得牠的回聲定位派不上用場，在博士的幫忙下，三人順利調整信標信號，讓小鯨魚回到媽媽的身邊。

＃07 全球大停電 全世界的手機突然失去訊號，連OT2都出現異狀，原子小隊來到破壞手機訊號的地方，是間舊到不行的博物館，在裡面遇到討厭數位世界的凡丹戈博士，原來他是因為不會使用手機，所以才討厭新的科技，在小鈴的幫忙之下，凡丹戈博士終於聽到電話留言，世界也恢復了平靜。

＃08 有風好辦事 小鎮飄來奇怪的廢氣，弄得居民都不能呼吸了！小金剛、原子貓和小鈴一查才發現，原來是附近工廠排放的廢氣，順著風飛到小鎮。三人合力做出一個超巨大風車，再加上博士的空氣清淨機，順利趕走廢氣，小鎮的人們也能再次享受乾淨的空氣。

＃09 偵探原子小隊出動 一早醒來發現御茶水博士竟然變成機器人了！小金剛、原子貓和小鈴靠著從偵探連續劇學到的技能，加上莎蓮娜博士的DNA融合器，一步一步找到博士的下落，原來一切都只是個測試啊！

＃10 超微米世界 小金剛和原子貓穿上迷你實驗衣，準備要幫博士做微技術實驗，沒想到感冒的布蘭德博士竟然把縮小的小金剛和原子貓給喝進肚子裡了，兩人在布蘭德博士的身體裡面遇到胃酸、紅血球、白血球和鼻病毒，最後終於在布蘭德博士的一聲噴嚏中成功獲救恢復原樣。

＃11 拯救南極計畫 小鈴和小金剛在玩電動遊戲的時候，剛好有任務來了，南極的企鵝因為冰川有一部分掉下去，所以回不了家，因此趕緊幫企鵝做了回家用的斜坡，雖然小鈴發現冰川有許多小裂痕，但還是先趕回來玩遊戲，沒想到南極那卻再次傳出警報，三人這次認真地把任務完成之後，也學到誰都有可能犯錯，重點發現之後要馬上反省，解決問題。

＃12 貓咪同伴 非洲草原的獅子不知道為什麼突然攻擊人類，原子小隊發現，原來獅子是因為口渴所以才變得暴躁，但原本喝水的河卻乾得見底，而另一條河卻有雜質，經過三人調查，原來上游有石頭擋著河流，所以才會流往另一條有重金屬雜質的水道，把石頭移走之後，獅子又恢復了正常，和人類和平相處。

＃13 與沙塵暴的對決 小鎮發生了嚴重的沙塵暴，生活起來很辛苦，原本的農場也種不了任何東西了。原子小隊來到小鎮之後，發現土變得硬梆梆，原來有人砍了棕櫚樹，要種牧草給山羊吃，但棕櫚樹可以保護土壤不會因為風吹日曬而乾掉，小金剛和原子貓先用噴水道具把沙塵暴擋住，接著再用莎蓮娜博士新發明的吸水網花盆，解決了小鎮的沙塵暴危機。

＃14 發現超級大魚 布蘭德博士去了馬里亞納海溝做研究，那附近卻發生了漁船沈沒的意外，原子小隊為了保護布蘭德博士，到了海溝查明意外發生的原因。三人沉到海溝最底，被深海鮟鱇和超大花枝攻擊，就在小鈴的潛水衣快要破掉之際，出現了一隻超級大魚保護小鈴。三人回到水面之後才發現，原來攻擊船隻的就是布蘭德博士，因為他不擅長操作機器，才會把兩艘漁船和自己的船都撞沉，三人又解開了謎題，完成任務。

＃15 水壩破壞者 河川上的大灰熊和海狸發生了嚴重的爭執，大灰熊一直再破壞海狸蓋的水壩，原子小隊用動物翻譯機，才知道原來是因為大灰熊認為海狸的水壩擋住鮭魚，才害牠們沒有鮭魚可以吃。原來河川上游蓋了一個水壩為附近小鎮發電，透過水壩負責人的幫忙，成功蓋了一條鮭魚專用的水道，讓大灰熊和牠的寶寶可以在冬眠之前好好的吃一頓。

＃16 綠色湖泊大作戰 住在湖泊邊的東方白鸛找不到飼料餵鳥寶寶們吃，原來是因為湖泊裡有大量的浮萍，下面照不到陽光、吸不到空氣，所以生物越來越少了。原子小隊三人來到湖泊，才發現有位喜歡鴨子的盧先生不分日夜餵鴨子吃麵包，而浮萍大量繁殖的養分，就是來自鴨子吃不完的麵包！最後三人請盧先生做出浮萍麵包，不但讓湖面恢復乾淨，也能讓生物們有適合的食物可以吃！

＃17 衝出黑暗 一名地質學家被困在伸手不見五指的洞穴裡面，原子小隊再度出任務，但在救回地質學家之後，才發現地底的酸性水一直侵蝕地基，小鎮裡的大樓就快要崩塌了。讓大樓裡的人都逃出之後，被困在大樓殘骸的原子貓，靠自己的力量找到小金剛和小鈴，成功成為獨當一面的機器貓。

＃18 小心氣體 兩位科學家在西伯利亞研究氣溫升高對永凍土的影響，沒想到地面突然爆炸，其中一位科學家被困在地下洞穴裡了！原子小隊到達現場，因為永凍土散發出甲烷，所以不能用任何火力發動的道具，小鈴一邊澆水原子貓一邊鑽洞，救回了科學家，雖然回程原子貓惡作劇造成又一次的爆炸，但任務還是成功完成了！

＃19 猩猩大逃脫 動物園裡的山地大猩猩竟然爬過柵欄逃走，還綁架了一個小女孩，原子小隊試了又試，但大猩猩怎麼樣都不肯還回小女孩，此時小鈴想起實驗室裡布蘭德博士的變色龍，到了大猩猩平常住的地方，才發現牠的小孩躲在排水管裡，原來大猩猩只是把小女孩誤認為牠的小孩了！三人把猩猩寶寶還給大猩猩，小孩還給人類媽媽，順利的完成任務。

＃20 全部都吃掉 原子小隊這次不出任務，而是要求御茶水博士帶著他們去垃圾樂園。最喜歡特拉克垃圾機器人的原子貓，準備了很多垃圾要給特拉克，也帶了御茶水博士為OT2所準備的大腦晶片。沒想到晶片沒有被消滅，而是讓特拉克進化了，企圖要吃掉樂園裡的每一樣東西。御茶水博士趕緊修改晶片，最後不僅讓特拉克恢復正常，還增加了回收功能！順利地完成了突如其來的任務。