嶄新的威脅來襲，學園受到嚴重的破壞，學生也只能四散而逃。混亂之中，安曇和莉潔兒逃至學園內的某個設施。偶然逃進的設施竟是為了對抗威脅所建的裝置「驅動軸」。與同樣逃到此設施的天之川衣奈、鬼神野朱里、東雲纏、月形由仁一起，在校長卡爾・瓦伊凡的指示下，安曇莉潔兒將出擊與威脅戰鬥。

威脅名為「伊涅魯瑪」，而這個學校正是為了與「伊涅魯瑪」戰鬥所建立。安曇與莉潔兒與之前並肩作戰的人組成隊伍。但是，急湊成的隊伍無法順利合作，模擬戰結果得到了最低等級的「E」。她們在失意下前往宿舍，在舍內等著他們的是名為伊拉的教師…

在伊拉毫不留情的魔鬼特訓下，E隊伍所有人都疲憊不堪。面對如此的E隊伍，伊拉決定進行隊伍內模擬戰。安曇將與莉潔兒一同面對朱里。朱里的手持刀型的特殊Z/X。莉潔兒為了畏懼戰鬥的安曇，打算迅速結束戰鬥，但卻因朱里超群的劍技而陷入苦鬥。莉潔兒心想「必須保護安曇」而焦慮不堪。此時，安曇卻突然介入了戰鬥。莉潔兒大吃一驚，但在安曇的引導下終於逐漸扳回劣勢。

通往5個異世界的門開啟，被稱作Z／X的生物們出現在這世界上的數年後，當初紛爭不斷的人類與Z／X之間的關係也逐漸安定，主角各務原安曇為了在「青之世界」治療重病與名為莉潔兒的Z／X結下契約成為搭檔，被指定要入學某間學校。入學日當天，學校被捲入了足以毀滅世界存在的「伊涅魯瑪」戰鬥中。戰亂之中，在學校為了對抗伊涅魯瑪而建的傳動軸中，安曇偶然與4位學生相遇，並一同對抗「伊涅魯瑪」。

月形由仁忍受不了熱血教師「伊拉」的嚴苛特訓，以「不想幹活」為座右銘的她下定決心逃出學園。由仁趁夜逃跑，卻被鬼神野朱里發現。由仁已然做好覺悟要被朱里帶回學校，但朱里竟然為了修行而與由仁同行逃出學校。

學園的期末測驗為學生間的模擬戰。安曇們在入學時的模擬戰被評為E級，這次模擬戰若是無法提升等級就會遭到退學。期末測驗第一戰就對上學園最強的A級。E隊伍也已作出覺悟。正要開始戰鬥時，全新的伊涅魯瑪再次襲來。安曇們被抓入伊涅魯瑪所創的世界。夥伴們在力量遠超上次的伊涅魯瑪之下苦戰，拯救他們的是安曇與莉潔兒的超限助燃。

與伊涅魯瑪的戰鬥告一段落，期末考查重新開始。結果並不滿意，但在伊涅魯瑪一戰的功績下免以退學，安曇們也終於迎來一時的休憩。此時，月形由仁提案來去海邊。安曇們不禁疑惑，但她們被招待到的地方竟是月形家的別墅。一開始是出於偶然而組成的隊伍，但也在訓練和戰鬥中逐漸建立起羈絆了，安曇如此感覺。

超越A級隊伍，軍臨全校的最強學生會隊伍。安曇們突然得知她們將離開學校而去。A級隊長烏丸清華口中說著「真舒暢」「這樣自己就是全校最強了」，但安曇卻在她的話語中感受到了一絲寂寥。為了不坦率的清華、安曇他們計畫舉辦學生會隊伍的歡送會。

為了應對下一次伊涅魯瑪的襲擊、學校穩健的進行準備。此時，安曇卻因曾一度成功與莉潔兒超限助燃、現在卻屢次失敗而苦惱。說不定莉潔兒有所抗拒。對此煩惱不已的安曇、衣奈對她獻上助言。另一方面，伊拉對安曇他們述說起這個世界的真相、以及伊涅魯瑪背後真正的敵人。

安曇他們因第3伊涅魯瑪的襲擊、以及衣奈的背叛而混亂。E級隊伍以外全滅，學校陷入危機而選擇捨棄衣奈。安曇們仍未從混亂恢復，但仍相信衣奈尚有關懷他們的心而拒絕了學校的選擇，決心幫助衣奈。然後，安曇這份決心與莉潔兒的想法、終將開啟超限助燃的門扉。

安曇成功超限助燃後的一擊，讓她們終於成功取回衣奈。一行人轉而向吞食了月球而成長的伊涅魯瑪、及其幕後的神挑起戰鬥。安曇的、莉潔兒的、E級隊伍的渾身一擊終將擊破伊涅魯瑪。