為了解決世界各地發生的抗議活動，土御門與上条搭上學園都市的超音速客機動身前往歐洲準備調查一切事情的關鍵「Document Of Constantine」、通稱C文書的羅馬正教靈裝。然而當上条從客機上被拋了下來、並且意外被天草式的五和從河中救起後，卻發現自己身在法國的亞維農。在五和的說明之下，上条得知亞維農與梵蒂岡在歷史上的關聯。正當上条和五和準備教廷宮殿時，兩人卻遭到受C文書影響而深信學園都...

面對左方之地透過變動「優先順位」進行作戰的術式「光之處刑」的持續猛攻，上条與五和遲遲無法找到加以突破的方法。在過程之中，學園都市製造的大量驅動鎧甲突然出現在亞維農，並且以協助掃蕩宗教團體秘密製作破壞兵器的名義大量捕捉進行抗議活動的暴民。隨著地面掃蕩行動的持續進行，學園都市開始準備展開針對亞維農封鎖區域的大規模轟炸行動。另一方面，五和似乎在戰鬥中察覺到了地的「光之處刑」的破綻，然而…。

學園都市台面底下的暗部組織「集團」接獲數十小時前犯罪集團透過人材派遣雇用犯罪成員的情報。隸屬於「集團」的土御門在他們展開行動前先一步直搗黃龍、捕捉並回收了人材派遣。經過調查後發現，犯罪集團利用此管道雇用了一位職業狙擊手。根據狙擊企劃書的內容，他們的目標是要暗殺在第七學區準備進行演講的學園都市統括理事會的成員之一．親船最中。隨著進一步的深入調查，「成員」、「區塊」以及「道具」等潛伏於學園都市的...

正當「集團」著手調查「區塊」的行動計劃時，單獨行動的一方通行遭到「成員」的查樂襲擊。在同一時間，「學校」的一員垣根帝督也遭遇「成員」的阻饒。面對意外的奇襲，學園都市等級五超能力者的這兩人究竟會…。另一方面，化身為「區塊」的一員臥底調查的海原終於查明「區塊」的真正目的。為了阻止在學園都市牆外待命、準備進攻的五千名傭兵部隊，海原展開了出乎意料的行動…？

學園都市第二位的超能力者「未元物質」垣根帝督來到了學園都市暗部「道具」的基地。為了徹底催毀「道具」的搜索能力，垣根及其所屬的「學校」打算剷除擁有AIM擴散力場搜索能力的瀧壺理后。瀧壺為了拯救稍晚趕回基地的無能力者濱面，不惜利用「體晶」試圖抵抗。儘管事後瀧壺已經因為體晶的副作用而生命垂危，統御「道具」的麥野沈利仍然堅持要求瀧壺冒著生命危險再次使用能力進行搜索。濱面雖然帶著瀧壺試圖逃亡，但毫不留...

上条在為了張羅中午的午餐而和同班同學們一起溜到學校外面買便當時，遇見了天草式的五和。五和表示羅馬正教最暗部「神之右席」已經向英國清教及學園都市上層寄出了戰帖。企圖三番兩次遭受到上条阻饒的神之右席這次終於決定要直接由後方之水出馬剷除上条。如今已收編於英國清教的天草式派出了五和在上条身邊進行護衛，並且要直接寄住在上条家…。

上条遭受到羅馬正教的神之右席、同時也是聖人的「後方之水」襲擊身受重傷而陷入昏迷。後方之水下達了一天內要交出上条右手、否則就要取他性命的通牒。五和對於沒能保護上条的自己感到懊悔不已，不過在建宮的激勵下，終於重新振作了起來。期限將近，天草式十字淒教集結全員之力迎戰後方之水。經過一番激戰後，五和在眾人的團結合作下，對後方之水使出了天草式十字淒教獨自研發的對聖人術式「聖人崩壞」，並貫穿了後方之水…！

天草式十字淒教的前任女教皇神裂火織與神之右席的後方之水展開激戰。全世界不到二十人的兩名聖人，他們猛烈戰鬥震盪了整個二十二學區。隨著戰鬥的持續進行，神裂開始逐漸被後方之水壓制。然而同時神裂也逐漸察覺到同時擁有「神之右席」及「聖人」特質的後方之水本身存在著不尋常之處，她是否能夠藉此找尋逆轉的關鍵…？另一方面，再稍早的戰鬥中身受重傷的上条離開了醫院，準備與正在戰鬥的天草十字教會合，並且在這時碰巧與...

在天草式十字淒教與上条的共同作戰之下，終於成功擊退了後方之水。然而上条才剛回歸平穩的日常不久，卻又馬上在土御門的要求（強迫）之下，與茵蒂克絲搭上前往英國本土的巨型客機「空中巴士365」。在長達九小時的漫長航程中，上条還得忍耐身旁因為肚子餓而不斷發牢騷的茵蒂克絲的吵鬧聲…。正當他離開座位在機內四處張望時，卻發現機內有一灘不尋常的血跡…。隨後趕到的機組人員的說明下，上条得知有反英的法國極端組織的...

空中巴士的劫機驚魂落幕，上条和茵蒂克絲平安抵達愛丁堡。與神裂會合後，一行人前往倫敦白金漢宮後，在騎士派領導人騎士團長的帶領，上条等人謁見了英國女王伊莉莎及三名皇女，並開始進行會議。為解決以歐陸隧道的爆炸意外為發端，英國正逐漸遭受到孤立的現況，在女王伊莉莎的命令下，騎士團長為首的騎士派負責調查法國方面及歐陸隧道爆炸意外的真相；神裂為首的清教派則著手調查已潛入倫敦、意圖改變整個英國的魔法結社「新...

在第二皇女凱莉莎的主導下，騎士派開始在英國本土內展開行動。凱莉莎認為要顛覆英國在英國清教和學園都市為首的科學勢力及以羅馬正教和俄羅斯成教為首的魔法勢力之間的大戰中岌岌可危的處境，唯有讓英國自兩大勢力中獨立出來形成三足鼎立的局勢才能夠拯救英國。為了解除手中「正統卡提納」的使用權限，凱莉莎的下一步是要剷除英國女王伊莉莎以及她的姊妹們。當遭到追殺的第三皇女被凱莉莎逼到走投無路的那一刻，一個男人突然...

騎士派的騎士團長與神之右席「後方之水」威廉．奧維爾的激戰持續著，面對騎士團長操作自身武器「模式」以及消抹敵人武器「攻擊力」的雙重術式，後方之水陷入苦戰，在激戰的最後究竟哪一方能夠勝出…。另一方面，正準備逃向必要之惡教會藏身之處的第三皇女薇莉安意外與上条碰面，並且在天草式的協助下順利脫離險境。為了瓦解第二皇女主導的政變，天草式向上条提出了一項作戰的請求…。

魔法禁書目錄第3季

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