魔法少女奈葉 EXCEEDS Gun Blaze Vengeance

被高町奈葉招募進「聯合國調查機構 EXCEEDS」的詩奈，從總督八神疾風口中得知了「拯救世界的方法」。 同時，黑社會裡被稱為「魔人獵人」的危險組織正悄然橫行。

作為 EXCEEDS 的討伐隊員開始活動的詩奈，一邊驅逐侵略種，一邊順利地提升自己的力量。 某天，休假中的詩奈發現一名少女正準備從橋上一躍而下，便立刻上前救援，然而……

偶然相遇而成為朋友的詩奈和永遠，懷抱各自的秘密持續交流著。 在魔人化藥物研究施設長大的永遠回顧自己的過去，重新下定決心，要完成自己的使命——「殲滅魔人與魔人化藥物」。

為了討伐侵略種繁殖的原因之一——「原種」，奈葉、菲特、詩奈等 EXCEEDS 前線成員前往海外。 與此同時，魔人獵人一行人也正好趕赴現場，雙方不期而遇……

「魔人獵人」一行人的宿敵，魔人化藥物製造者——篠宮真奈與藏木英司。 真奈對永遠的能力產生興趣，委託藏木將其抓捕。正籌劃抓捕計畫的藏木，回想起過去與弱小的「魔人」真奈相遇的往事。

詩奈與永遠兩人，被捲入利用寄生型侵略種發動的恐怖攻擊中。兩人為了平息事態各自展開行動。 然而，這起以地鐵為舞台的事件，其實是藏木為了抓住永遠所設下的計謀。

作為「聯合國的魔人」與「魔人獵人」相遇的詩奈和永遠，在種種誤會與交錯之下，永遠最終與詩奈決裂，並下定決心離開魔人獵人的同伴們，獨自一人前往藏木與篠宮的所在之處。

向 EXCEEDS 求助的魔人獵人一行，詩奈等人從其口中得知了永遠與魔人獵人們的出身與過去。 另一方面，被警察拘禁的永遠雖然成功見到宿敵篠宮真奈，並向其發起攻擊，然而……

侵略種的始祖「原種0號」被篠宮真奈掌握在手中。隨著真相，EXCEEDS 突襲了篠宮真奈的研究所。 奈葉前往驅除原種0號，詩奈則與魔人獵人一同尋找永遠。而此時此刻的永遠……

以南極地下研究所為舞台，篠宮真奈與夜海永遠、久瀨詩奈，原種0號則與EXCEEDS眾人，互相展開了激烈的戰鬥。 而篠宮真奈與詩奈之間，竟然存在著意想不到的因緣。於南極的最終決戰，正式拉開序幕。