輪迴的花瓣

東耶的才能開花結果，接到偉人杜司令塔．約翰．馮．諾伊曼下達的第一個任務「排除惡輪迴者．約翰．W．蓋西」，並與灰都一同踏入蓋西所潛伏的森林。

與重瞳模樣的神祕黑霧對峙後，I．牛頓與舩坂弘志返回偉人杜，正與成員們討論時，螢幕突然被重瞳紋樣覆蓋，並傳出一道開朗的男子聲音。而其真實身分，正是由罪人級輪迴者所組成的集團．罪人軍的首領．項羽…

偉人杜與罪人軍的輪迴者們在各地展開戰鬥之際，扇寺東耶與舩坂弘志面前發生了巨大爆炸，隨著煙塵散去，漢斯．U．魯德爾爾現身。擁有「不滅不死」的舩坂與擁有「不變不死」的魯德爾。兩個具備同樣不死才能之人的生死決戰就此展開…

成為輪迴者的舩坂弘志，在獲得才能的同時，也逐漸失去了作為人類活著的真實感，對戰鬥感到厭倦，並懷抱一股難以言喻的不快感。然而，透過與漢斯．U．魯德爾的戰鬥與對話，舩坂終於察覺到自己真正的渴望，以及所失去之物的沉重，最終迎來了死鬥結局。

當東耶抵達重瞳之城時，罪人軍領袖．項扇羽早已在裡面等候。為了收集才能，東耶向項扇羽發起挑戰，然而在最強才能面前，他被輕易壓制。項扇羽更向他透露了兄長．西耶不為東耶所知的另一面…。

五虎將的最強輪迴者．蓋烏斯．J．凱撒與變貌後的灰都抵達重瞳之城。為了讓化為「即便拋棄一切也渴望變強之人的最終下場」的灰都恢復原狀，M．諾斯特拉達穆斯與凱撒挺身交戰…

在約翰．V．諾伊曼宣布「偉人類計畫」後，東耶、灰都，以及柳生十兵衛三吉三人被特務自衛隊．黑銳部隊收留保護。東耶試圖與他們合作，卻從北束口中聽見拒絕話語而陷入絕望。就在此時，他想起了諾伊曼曾說過的話「別在＂庭院＂之外面開機喔…」。

在與被F．南丁格爾支配的I．牛頓分別後，成功逃脫的A．愛因斯坦終於與東耶重逢。她將自己所遭遇的一切告訴了東耶、灰都以及柳生十兵衛三吉，並準備為了救出牛頓等人而展開行動…。

A．愛因斯坦等人為了尋找堪稱所有輪迴者心臟的＂輪迴之種＂開始進行回收輪迴之枝的行動，由項扇羽所留下的輪迴者集團"浮草"也加入。然而在那之中，卻有一位＂在場無人知曉其真實身分＂、身穿黑色西裝的謎樣人物。

＂輪迴之枝＂的製作者艾倫．史密西，讓灰都與柳生十兵衛三吉看見了她們在成為輪迴者前的記憶，得知父親死訊的灰都陷入絕望，而得知灰都過去所作所為的十兵衛則是憤怒不已。灰都試圖向十兵衛獻上自己的項上人頭，然而…。

A．愛因斯坦與一個本不該存在的另一個自己，自稱為愛因斯坦的輪迴者．阿爾伯特，以及被F．南丁格爾所操控的I．牛頓正面交鋒。而愛因斯坦也與“浮草”的戈特弗里德．V．貝利欣根等人產生對立衝突…。

東耶自柳生十兵衛三吉那裡習得了戰鬥技巧，並繼承了＂眼＂。為了讓被黑影附身的灰都恢復理智，他向灰都發出生死決鬥的邀約。雖然東耶在灰都連綿不絕的猛烈劍擊下苦苦支撐，但自舩坂弘志那裡繼承來的＂不滅不死＂能力，逐漸開始顯露其極限…