神椿市建設中。

在突如其來的大黑寂後，神椿市雖然力求復興，但仍不時籠罩於神秘事件的陰影下。化歩與同為魔女之子的夥伴們踏入參番街迅速擴張的不可解空間，卻目睹了破維魔群體行動的怪異現象…

大批破維魔現身於參番街，結界動力源遭到破壞導致結界崩毀，神椿市岌岌可危。此時世界看見了昔日待過的教團信徒受困於教會，因而脫隊前往營救…

在參番街事件後，魔女之子面對復興課的決策，各自都有難以言喻的心情。復興課長面對化步的不滿，所想到的方式竟然是化為人形體驗人類生活…？

神椿市內失蹤人口急遽增加，魔女之子們疲於奔命的同時，卻也還處於劇變的衝擊之中難以平復。此處回想自己與庫格爾過往相處的種種，試圖尋出一點蛛絲馬跡…

破維魔在鬧區肆意橫行，少了復興課長的保護，魔女之子的行動無所遁形，甚至被市民誤認為連續失蹤案的犯人，市民的恐懼化為怒氣，衝突一觸即發…

神椿市民的暴動平息後，此處引領魔女之子一窺「記憶之卵」中的記憶片段，得知了神椿市的真相與真正的敵人…

得知"現象"的魔女之子們與眷魔之間的信賴關係產生了微妙的變化。在破維魔肆虐神椿市之際，明明此時最需要魔女之子的歌聲淨化破維魔，化步卻在此時陷入唱不了歌的窘況…

馬克士威突然出現在化步與世界面前，讓化步的心大為動搖。一路以來與夥伴、與眷魔同心協力守護的時光，難道都是虛幻的嗎…

魔女之子面對馬克士威與大群破維魔的攻擊，面臨前所未有的挑戰。隨著戰局走向越來越不利，魔女之子脆弱的一面也暴露在敵人面前…

陷入絕望的魔女之子發動了最後的魔法，致使神椿市再度毀滅。當恢復意識時，響起的卻是熟悉的歌聲…

化步的歌聲跨越了時空，因而獲得回到神椿市的機會。為了守護重要的人與自己相信的未來，魔女之子再次踏上戰場。只是如今神椿市的"現象"再也不會發生，失敗代表一切都將終結…

威脅解除後的神椿市，斷垣殘壁中透露的是一絲人性的溫暖與希望。魔女之子們與復興課長同心協力重建家園，並撫慰市民們的心靈…