小天和吉娜繼續探索禹的歷史，在禹穴溝和跑馬坪，吉娜用探測眼鏡激發血石，再次進入神奇時空。石紐寨，少年禹興奮迎接父親，結果鬧出洋相。薑小嬌隨修己在山中採藥，聽到奇怪聲音，修己講述神物傳說。禹與小嬌探險，塔力等人打獵也前往查探。禹和小嬌找到“神物”龍馬，與塔力等人爭奪。小龍馬差點受傷，禹感受到牠的緊張，放棄追逐，結果小龍馬選擇了禹，跑到他身邊。

禹想隨父治水遭拒，小嬌建議他散心。塔力不甘心敗給禹，設計陷阱引誘禹來報復，卻選在山羊川川的家。木基用野果引小龍馬到一線天，塔力三人開始抓捕小龍馬。禹和薑小嬌趕到，與塔力等人爭鬥。山羊川川回來落入陷阱，薑小嬌救羊，禹獨自對付三人，小龍馬發威趕跑塔力等人。被救的山羊誤會禹發飆，兩者激戰後發現禹能聽懂它說話，決心跟隨禹。現實中，小天和吉娜餓得肚子咕咕叫，依依不捨地離開禹穴溝，決定下次再來。

小天和吉娜在藥王穀研究血石，再次進入上古時空。鯀去治水，禹帶小龍馬和山羊川川偷偷跟隨，被薑小嬌發現阻攔。禹說服小嬌後，她同意一起前往，並獲釋比同意。他們利用野外生存技能找父親的方向，途中發現熊貓被困懸崖。禹和小嬌展開救援，小龍馬力量不足，山羊川川無法攀爬，禹用樹藤降下懸崖，成功救出熊貓北北。小嬌用草藥治療熊貓和禹的傷，熊貓北北偷偷跟隨他們，不願離開。

禹他們發現熊貓北北跟蹤，山羊和小龍馬誤以為是怪物追擊，最後發現是熊貓。禹得知熊貓獨自流浪，常被欺負，便邀請熊貓加入隊伍，熊貓欣然答應，去取家中物品。部落裡，釋比向修己解釋孩子應該出去闖蕩，鯀會照看他們。達木在熊貓家找到兩片龜甲，與回來的熊貓發生爭搶，吸引大家過來，但達木沒有為難禹他們，只拿走屬於熊貓的龜甲，用工具離開。為不繞路，禹發明索橋跨越山溝，終於到達治水簡易住所，找到父親。

在臨時營地，鯀希望禹回去，但禹表示能自理。姜小嬌緩和氣氛，分享他們一路上的故事。鯀讓禹等留在營地等安排送回。姜小嬌得知營地缺藥草，帶禹、龍馬、熊貓和川川上山尋藥。途中，熊貓和山羊遇大蛇，合力解決，友誼增強。鯀回營地未見禹等，知他不會輕易回家。姜小嬌采藥險墜崖，禹及時救下。雖然他們采回了許多藥草，鯀還是責令禹回家，並派族人護送。現實中，小天和吉娜感歎父母常不在家，戀戀不捨地結束觀測。

路途中，族人盡責護送禹一行，但禹和薑小嬌秘密商量，想甩開護送族人回找鯀。一路上與族人鬥智鬥勇，然而都被識破。塔力和手下在石紐寨必經之路埋伏，結果等著等著睡著了。達木尋找龜甲，不慎觸發塔力的陷阱。塔力以為禹回來，沖出去，發現是達木。達木脫困時掉落龜甲，未發現且未為難塔力，快速離開，塔力發現遺落的龜甲。禹等人在路上發現部分防洪工事被野獸損壞，齊心加固工事，得到族人讚揚。

九龍寨寨主塔龍教訓塔力，要他向禹學習，塔力不服氣。晚上，塔力仍想從禹身上找回自信。達木發現遺失龜甲，推測是在陷阱中丟失，來到九龍寨，被守夜勇士發現，打鬥後離開，被塔力認出。禹和夥伴們在族人護送下到石紐寨必經之路，族人踩中塔力的連環陷阱被吊起。禹和川川、熊貓、龍馬、薑小嬌躲避陷阱。塔力帶木基木石出現，混亂中達木趕到，拿走塔力腰間龜甲，禹趁機逃離陷阱。

在大岩寨，姜小嬌幫忙熬藥，小龍馬偷懶，鯀帶禹、川川和北北到上游檢查堰塞湖。九龍寨外，達木挖掘龜甲，被塔力發現並設陷阱，結果反坑了自己，達木拿到龜甲逃走。堰塞湖邊，鯀和禹觀測時，北北發現漂亮白色石頭球，引發堰塞湖決堤。北北被沖走，禹跳上大樹救北北，卻險些被沖走，千鈞一髮之際，鯀救下二人。堰塞湖問題解決，鯀告別大岩寨築堤工事，前往下一站三河寨。

小天和吉娜再度踏上考古之旅，通過考古眼鏡和大數據分析進入遠古畫面。鯀帶禹等人到三河寨旁的防水工事，爬到半山腰觀察水勢，發現泥土濕度很高，提醒大家注意安全。森林裡，塔力等人捕獵時發現一頭小野豬陷入陷阱，但豬力氣大，最後逃走。鯀和禹探索時，忽見蛇鳥等小動物竄出，禹感覺不對。山坡震動，鯀大喊地龍翻身，碎石滾下山坡，鯀遇險，眾人合力救出鯀。危機化解後，鯀稱讚禹和大家的勇氣，禹表示擔心。

禹告訴小嬌父親準備出發，將帶他們前往上溪寨學習治水。鯀召集勇士，眾人出發，三河寨的寨民們為他們送行。塔力不甘失敗，再次設置陷阱並利用木基作為誘餌成功抓獲野豬，但因父親塔龍的責備而感到憤怒。鯀到達上溪寨後，有條不紊地指揮大家修築堤壩，並教導禹選擇堤壩位置與築造方法。洪水來襲，眾人迅速應對。禹發現牆體被洪水沖出豁口，奮勇補救，險些被洪水捲走。千鈞一髮之際，小龍馬化身大龍馬，救下禹，並協助鯀修復豁口。

吉娜爺爺與小天爺爺下棋回憶過往，吉娜和小天出發考古，進入遠古時代的畫面。鯀帶領眾人前往獒頭寨，安營紮寨時遭遇巨大黑熊襲擊，勇士們反擊卻激怒了黑熊。黑熊沖向北北和禹，幸得小嬌用弓箭，禹用投石索，鯀用石矛合力擊退黑熊。眾人跋山涉水經過獒頭寨，轉向北英寨。禹不解為何要走這麼遠，鯀解釋山地治水與平原不同，這裡的地形和水文是禹未曾接觸過的，值得學習，並指向北英寨堅固的防水工事，激起禹的期待。

塔力因不滿父親塔龍的嘮叨，決心去找鯀學習治水，塔龍派勇士偷偷跟隨以保護他。鯀帶領眾人來到北英寨，發現防水城郭損壞嚴重，北英首領熱情接待，感激鯀的幫助大幅減少部落傷亡。鯀決定在現有城郭外再加一層，讓防禦更堅固。禹看到族人對鯀的感激與敬仰，下定決心成為像鯀一樣的英雄。另一邊，達木在叢林中逃竄，與守護龜甲的猴子搏鬥後成功趕跑猿猴，拿著龜甲露出勝利的笑容。

塔力和木基木石追蹤鯀和禹的行蹤，逐漸接近。北英寨中，鯀帶領大家修築第三道城郭並加固前兩層，還教禹製作夯土。禹問父親如果洪水大到三道城郭都擋不住該怎麼辦，鯀回答說要繼續加固，這是前人的經驗。製作夯土時出現問題，禹積極尋找解決辦法。為了放鬆心情，小嬌邀請禹和北北、川川一起上山找食物。途中，北北誤食致幻蘑菇，引發一場搞笑的追逐，最終禹等人合力控制住北北，小嬌給它敷藥並提醒不要亂吃野生菌。

禹和薑小嬌在山上採摘果子，準備返回北英寨時，發現了一個形態特殊的喜鵲窩，這個用黃泥和草木製作的巢穴雖然裂開但並未碎裂，給了禹一些啟發。在北英寨，鯀和大家繼續修建堤壩，但夯土的品質和效率亟需提升。與此同時，塔力和木基木石在山上遇到黑熊，陷入險境。禹聽到求救聲，帶領夥伴趕來，成功趕跑黑熊，解救了塔力三人。塔力向手下道歉後詢問鯀的所在，禹便帶他們回到北英寨尋找鯀。

塔力決心拜鯀為師，鯀設下考驗，塔力在禹的啟發下順利通過，鯀如約收他為徒。隨後，鯀與禹、塔力討論如何加固夯土，禹提出自己的見解，鯀表示認同。塔力也報告在猿王山見過一種黏稠的青泥，鯀聽後非常高興，決定前往尋找青泥以強化工事。途中，達木在九龍寨成功找回了龜甲。尋找青泥的過程中，塔力一度忘記了具體位置，導致與禹產生分歧，兩人打算比鬥解決，但被鯀制止，提醒大家以大局為重。

小天和吉娜發現青色泥土應是青膏泥，決定前往九皇山尋找，同時通過遠古畫面探索歷史。禹和塔力也在猿王山上尋找青膏泥，塔力意外遭遇猿王，被逼入險境。關鍵時刻，鯀、禹及其他夥伴及時趕到，大家合力擊退猿王並成功逃脫。達木暗中觀察一切，並進入了溶洞。夜晚，鯀向禹和塔力傳授治水知識，兩人聽得入迷。正當此時，熊貓北北突然聞到奇怪的味道，神情恍惚地跑遠了。

北英寨修築堤壩時，大家擔心禹他們能否成功尋找青膏泥。猿王山上，禹和夥伴們多次搜尋卻仍未找到。鯀決定不再耽擱，要求大家再找一次就下山。眾人同意後發現北北失蹤，只好一邊尋找北北，一邊繼續搜尋青膏泥。塔力最終找到了青膏泥。而此時的北北進入猿王的溶洞，偶然遇到尋找伏羲神物的達木，並嚇了他一跳。猿王突然襲擊，禹趕來與達木等人聯手擊退猿王，救出了北北，北北興奮地將從洞中找到的青銅耒耜交給禹。

鯀和禹等人返回北英寨，繼續築城工作。塔力和兩個夥伴拼命挖掘泥土，眾人齊心協力。禹在休息時靈機一動，發現泥土可以像水一樣被陶碗塑形成型，於是進行實驗並告訴鯀，鯀欣喜地採用了禹的方法，加快了工程進度。塔力也趕制了一批木耒耜，幫助大家完成工作，受到鯀的讚揚。隨後大雨來襲，山洪暴發，北英寨的三道城郭接近完工，但部分未完成的地方出現險情。薑小嬌不慎遇險，禹和夥伴們合力救援，最終成功化解危機。

北英寨的堤壩修復完成後，鯀準備帶領族人返回石紐寨，並接到中原詔令決定前往中原。禹希望能跟隨鯀，但被拒絕。鯀希望禹能守護寨子並自我修煉，禹難以接受這一安排。塔龍為塔力接風，首次讚揚兒子，塔力更是賣力表現。石紐寨舉辦了篝火晚會，鯀與禹就前往中原的事進行深談，修己也勸解禹。禹在林中獨自練習技能，最終由薑小嬌安慰，理解了父親的意圖，決定遵從。現實中，小天和吉娜感歎，期望深入了解禹羌文化，準備進入虛擬