樂葉穿越時空到了1992年，因為無處可去，輾轉來到美少女遊戲製作公司Alcohol Soft，協助美少女遊戲的開發。她原以為了解美少女的最先進技術便可以在這個時代開無雙，但這個時代沒有她熟悉的工具，因而陷入了苦戰。

雖然完成了遊戲，但樂葉回到了2023年再次過著底層插畫家的日子。分不清究竟是夢還是現實，回想起在Alcohol Soft充實的日子，樂葉心想著要再次回到那個地方，突然就成功穿越了時空。但她回到的不是製作遊戲的1992年，而是1996年…。

樂葉被賦予了將頑固地只願意製作PC98專用遊戲的小守帶回去的任務。雖然她留宿在小守家門口並嘗試說服他，但在樂葉睡著的時候小守卻失蹤了……。只要過了夏COMI就會趕不上製作進度，所以無法繼續等小守下去了。就在即將決定尋找替代的程式設計師的同時，夏COMI也開始了──。

雖然又回到了2023年，不過樂葉注意到了穿越時空的規則，這次她前往的是1999年。當時Alcohol Soft正打算借助知名遊戲製作人市之谷的力量，將遊戲移植到家用主機。但守卻對這個提議產生了懷疑……

當Alcohol Soft正忙碌於家用主機移植作業時，樂葉被小守命令去監視市之谷經營的COSPLAY俱樂部。途中遇到了過去曾一起買遊戲的冬夜，就在兩人對話時店長出現了，樂葉也跟著進去了店裡。樂葉在那裡聽見了店長說出了可疑的事。

遭到市之谷的詐騙，Alcohol Soft背負了10億圓的債務。樂葉相信為了償還債務需要美少女的力量，在和守討論之後，下定決心要用自己知曉未來的力量，去製作最棒的遊戲。樂葉努力地向對賺到10億圓感到束手無策的大家進行簡報，但是……。

因為某些原因，守穿越了時空，跑到在1985年名為Echo Soft的公司。社長的名字是Echo，助手和狗的名字也都是Echo，他們似乎正在製作美少女遊戲。他們邀請了守一起製作遊戲，守以使用PC98為條件答應了，不過他發現他們和普通人類有所不同……？

全體員工合作、賭上公司命運的最新作順利地完成了，Alcohol Soft的成員們開始慶功。一回過神來季節已經來到了冬天，秋葉原也降下了白雪。但守並未參加慶功宴，而是獨自散步思考著穿越時空的機制。

因為「最後的華爾滋」在過去大熱賣，樂葉所回到的2023年也大幅改變了。美少女以別的形式成長為全球性的存在，守以外的成員都在美國製作遊戲。樂葉因為所愛的秋葉原消失而感到難過，不過守在此提出了一項提案。

樂葉必須再次做出可以改變時代的遊戲。雖然受惠於最新的AI可以一個人進行製作，但樂葉仍因進展不順利而感到煎熬。就在此時手機的鈴聲響起，接起電話後傳來了熟悉的聲音。

守調查了帶走樂葉的車子的行蹤，最後來到了秋葉原體育館並嘗試潛入進去。另一方面，樂葉在詭異的巨大房間內被神秘機器人包圍時，冬夜和神祕的男人出現了。

樂葉不斷穿越時空在Alcohol Soft製作美少女遊戲，然而卻在她所改變的世界中面臨了危險。樂葉究竟是否能為了她最喜愛的秋葉原創造出能改變時代的遊戲呢⋯⋯！？