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《住在牙齒裡的細菌》壯壯愛吃點心，但他不愛刷牙。這讓蛀牙菌超級開心，它們在壯壯的牙齒上蓋房子，刷油漆，讓壯壯的牙疼痛不已。但不用擔心，牙膏和牙刷會幫忙把壞菌趕走，讓壯壯的牙齒健康又漂亮！《壞菌讓你放臭屁》奇奇放臭屁，妙妙不得不捂住鼻子。奇奇也覺得害羞，因為他的肚子裡住了一些壞菌。這些壞菌製造氣體，讓奇奇放臭屁。所以小朋友們，要讓壞菌離開肚子，就要多吃蔬菜和水果，喝足夠的水！
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《洗手液泡泡小戰士》準備吃飯啦！可愛的兔一一提醒壯壯要用洗手液洗手，泡泡洗手液小戰士也加入戰鬥，一起打敗壞細菌。洗手時，先沖一沖，再搓搓，泡泡小戰士化身成無敵護手大兵，讓壞細菌通通滾出去！洗好手後，小手變得亮晶晶。《水果洗一洗才能吃》小貓蜜蜜跟爸爸去水果店買水果，眼睛一亮看到好多好多的水果，草莓、葡萄、蘋果，五顏六色又甜又香。可是，爸爸提醒說買回家的水果上有很多細菌，必須先用水洗一洗，才能放
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《細菌爬手指山》這次細菌們去了五指山，卻發現五指山是一個髒兮兮的地方，手指上的細菌在那裡會玩得不亦樂乎。但細菌們不知道的是，這裡充滿了洗手液泡泡小戰士！小戰士們奮勇戰鬥，將手指上的細菌一個不留地趕走了。《清潔超人大戰馬桶裡的細菌》爸爸忽然成了清潔超人，帶著小朋友一起打細菌。他們拿起噴霧，朝著馬桶裡的細菌噴射，然後清洗馬桶…哇！變乾淨了！
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《鼻子裡的細菌》壯壯感冒了流著鼻涕，還癢癢的，好想用手擦一擦。不過美美老師說了，不能用手摸有細菌，要用衛生紙擦乾淨。《好菌大戰壞菌》好菌和壞菌來比賽看看誰最曆害，油油的點心、甜甜的飲料、甜甜的點心讓壞菌長大了；紅黃綠蔬菜、彩色的水果、香香的牛奶、優酪乳讓好菌長大了。
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《愛吃零食的樂樂》愛吃零食的樂樂正在很享受的吃著零食，肚子裡的壞菌也超喜歡然後它們越來越是強大接著在肚子裡各種搗蛋，這會樂樂的肚子感覺有點痛痛的。《細菌搭蒼蠅號旅行》細菌們坐著蒼蠅號去旅行，經過厚厚的青苔、美麗的花朵、甜甜的蜂窩裡、髒髒的臭水溝、臭臭的便便最後想停在了好吃的食物上，但被樂樂爸發現有一拍子打落了蒼蠅號。
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《細菌找新家》細菌組團找新家，哪裡髒髒、臭臭的哪裡就是它們的新家，鞋子、恐龍娃娃都可以；然後它們在那裡準備過無憂無慮的生活。《馬桶上的細菌》上完廁所急急忙忙的走了，忘記沖水了！這下吸引了好多好多的細菌來遊玩，它們在馬桶上跑呀，跳呀，爬呀，到處都是它們的足跡。
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《妙妙跌倒了》妙妙跌倒了還破了小傷口，還好奇奇有個醫藥箱可以幫妙妙處理傷口趕走細菌，棉簽、藥膏、創可貼一起執行任務，會有點點疼噢，但是妙妙很勇敢。《蜜蜜蛀牙了》蜜蜜喜歡吃美食，蛀牙君也喜歡，吃飽了就開工幹活給牙齒打洞。本來媽媽說吃完東西要刷牙的，可是蜜蜜覺得又不是甜的沒必要刷。
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《襪子上的細菌》垃圾箱裡的細菌又發現新目標了，壯壯把鞋子脫了襪子直接踩在地上變得髒兮兮，原來這就是細菌的目標地。《長長指甲藏細菌》剛玩完沙子的蜜蜜準備吃甜點，被爸爸攔住了！為什麼？有用泡泡洗手呀？原來是長長的指甲裡還躲著好多細菌呢，快瞧。
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《抹布上的細菌》桌子上有杯子裡溢出來的果汁，地上有掉下的蛋糕，奇奇都是用抹布在打掃；髒髒黏黏的，光清水是沖洗不掉細菌的噢。《achoo achoo 細菌來了》小朋友們一起排隊坐校車，壯壯想打噴嚏，achoo……沒有捂住口鼻，好多細菌隨著空氣在小朋友中間傳播，美美老師告訴小朋友們要怎麼做呢。
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《Oops！餐桌上有細菌》剛吃完飯，餐桌還沒來得及收拾就被饑餓的細菌聞到了香味，立馬坐著蟑螂號一起出發向美味的餐桌奔去，殘局的餐桌它們太喜歡了，盡情的玩，盡情的吃。《吐司發黴了》蜜蜜整理背包發現白白的吐司怎麼變成黑色了呢，爸爸說吐司過期發黴了不能吃，放顯微鏡下看一看，黑黑的地方有黴菌。
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《鬧鬧不要挖耳朵》奇奇跟小猴子鬧鬧一起玩粘泥土，粘出好多可愛的造型。鬧鬧的耳朵有癢癢好想抓一抓，他就用他玩過泥土的手去抓，不久耳朵就開始痛痛了。《乖乖吃藥打敗壞細菌》樂樂生病咳嗽，細菌在他的身體裡各種折騰讓樂樂很不舒服，爸爸喂藥給他吃下，藥丸能量進入身體跟壞細菌戰鬥。
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《鼻屎去哪兒了》小鱷魚玩著小汽車，突然感覺鼻子有點癢癢的，用手挖一挖，好多髒髒的鼻屎。細菌最喜歡這些髒髒的鼻屎了，爸爸監督洗完了手控制不住自己又在接著挖。《細菌的醫院之旅》奇妙還有兔一一一起去醫院看望生病的壯壯，帶了很多了吃的，奇奇肚子有點餓沒洗手偷偷的吃了塊蛋糕，會不會有問題呢。
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《泡泡小戰士打敗壞菌》奇奇不小心把妙妙的小熊玩具掉地上，弄髒了沾了好多壞壞的細菌。泡泡小戰士來幫忙打敗壞細菌洗洗變乾淨。《獨角獸寶寶洗澡咯》獨角獸寶寶玩得一身的汗，臭臭黏黏的細菌最喜歡了，趕緊泡個澡洗洗乾淨，讓泡泡小戰士趕走細菌。