一護等人透過龍之介的傳令神機，得知神秘的入侵者引起的屍魂界攻擊事件，該事件造成重大傷亡。散會後依舊淨不下心的一護跑出去鎮上巡邏，過去曾一起行動的破面涅爾•圖和佩謝•卡迪謝從虛圈跑來找他。虛圈也被不明人士攻擊，因此兩人來找一護求助。浦原喜助出現在正打算前往虛圈的一護等人面前。

一護一行人在浦原喜助的帶路之下來到虛圈，和敵軍的指揮官基路傑·歐霹對峙，得知敵人的身分是滅卻師。同一時間，位在屍魂界的護廷十三隊的隊長們，聽完第十二隊的調查報告後也得出同樣的答案。敵人在先前的攻擊時，向總隊長山本元柳齋重國宣告，將於五天後開戰，為了提防敵人再次來襲，山本下令所有隊長備戰。另一邊，率領「看不見的帝國」的優哈巴哈，在黑暗中露出輕蔑的微笑…。

「看不見的帝國」發起的屍魂界殲滅戰開始了，瀞靈廷內出現好幾道巨大的靈子火柱，讓敵軍的勢力星十字騎士團入侵廷內的護廷十三隊，在短時間內出現大量的犧牲者。隊長等級的死神們也加入前線戰鬥，但他們的攻擊對敵人無效，戰況始終沒有好轉。包含朽木白哉在內的幾名隊長，為了打破僵局，各自決定使用卍解…。

得知一護前來救援的死神們覺得很安心，但是一護卻被基路傑·歐霹的能力關在黑腔裡。正當一護以為與技術開發局失去聯繫時，卻在傳令機裡聽到死神們的聲音，在充滿怒吼、尖叫和絕望的聲音之中，一護聽到的話是…。另一邊，朽木白哉率先迎戰搶走自己卍解的艾斯·諾特，命令阿散井戀次從他和敵人的戰鬥中，看清敵人的能力…。

山本元柳齋重國和優哈巴哈在千年後再次碰面，奈奈奈·納傑庫普、艾斯·諾特、巴茲比打算加入他們的戰局，卻被元柳齋一擊打敗。部下在自己眼前被擊敗，優哈巴哈也無動於衷，甚至鄙視他們愚蠢，元柳齋認定他的態度還是跟以前一樣，沒有改變。面對終於拔刀的優哈巴哈，元柳齋會…。此時，死神們察覺到瀞靈廷出現的異常現象。

站在山本元柳齋重國面前的優哈巴哈是冒牌貨，真正的優哈巴哈現身後，一擊就擊敗了元柳齋，感知到這個情況的京樂春水和浮竹十四郎，感覺到無比的恐懼。優哈巴哈述說護廷十三隊以及元柳齋是如何地改變，屍魂界被星十字騎士團摧殘，瀞靈廷被破壞地搖搖欲墜。在充滿絕望的情況之中，瀞靈廷上空出現巨大的靈壓。

星十字騎士團的身影從瀞靈廷的各處消失，大家正在努力救治傷患，一護去探望在第4隊的隊舍接受治療的戀次和露琪亞。因為天鎖斬月被折斷，涅繭利把一護叫過去，向他說明卍解是怎麼破壞。一護聽了他的話後產生動搖，涅繭利帶他前往某個地方。護廷十三隊隊長們列隊等候的，是從上空的靈王宮過來的「第零隊」。

第零隊帶領一護前往靈王宮，在一開始抵達的麒麟殿，以意想不到的方式被麒麟寺天示郎治療，治療效果超群，身體的傷勢痊癒的一護和戀次一起前往臥豚殿，也就是曳舟桐生所在之處，在那裡也有意想不到「待遇」在等著他們。同一時間，在瀞靈廷京樂接下新總隊長以及第一隊隊長的職務，在中央四十六室前面說出了某項計劃。

在屍魂界．真央地下大監獄最下層「無間」拔刀相向的，是脫下眼罩的更木劍八與第一代「劍八」卯之花烈，又稱卯之花八千流。在激烈的交鋒之中，兩人回想起在流魂街認識，第一次較量的那天。卯之花從因戰鬥而感到喜悅的劍八的力量之中，看見某個隱藏的真相。另一邊，位在靈王宮的一護和戀次，前往鳳凰殿。在那裡等著他們的二枚屋王悅，據說就是「創造斬魄刀的男人」…。

被王悅判定不合格的一護被逐出靈王宮，回過神來已經待在現世的自己家門前。因為沒臉見夥伴和父親一心，一護逃離家門，請打工地點的鰻魚店收留自己。一心以死神的樣貌前來迎接沒臉回去的一護，並告訴一護，對自己的事情一無所知的他，是不可能讓壞掉的卍解恢復了，開始述說過去。一護父母認識的過程，以及母親真咲的真相揭曉，那天也下著雨…。

護廷十三隊第10隊隊長志波一心，沒有向總隊長報告自己在現世遇見滅卻師黑崎真咲，決定再去見真咲一面，另一邊，真咲身為滅卻師卻幫助死神，遭到石田龍弦的母親依澄的嚴厲斥責。龍弦想包庇真咲，但真咲的身體卻出現異常變化。龍弦不顧依澄的制止，抱著真咲離開家裡，這時候一心出現了…。

自己的身體裡流著死神和滅卻師的血，知道自己出生背後真相的一護再次做好覺悟，決定重返屍魂界，前往鳳凰殿。另一邊，在屍魂界的死神們各自準備迎接下一場戰鬥，有人從基礎開始訓練，有人追求新的力量，所有人繼續前進，努力成為更好的自己。一護也和淺打一起邁進，但王悅卻宣告他將在此與「斬月」告別…。

一護打算從靈王宮返回瀞靈廷，但兵主部卻跟他說以他現在的狀態是贏不過優哈巴哈的。另一邊，在看不見的帝國中星十字騎士團並肩而立，優哈巴哈宣布了他的接班人，而出現在台上的是這世上僅存的最後一位滅卻師雨龍。面對這種突如其來的情況，騎士團內部的氣氛開始緊張起來，巴茲比難掩內心的不滿，對哈修瓦特出言不遜，而雨龍本人也向優哈巴哈提出了疑問…

瀞靈廷消失了。優哈巴哈發起的「終結世界的9天」戰役開始，被影之領域吞噬的瀞靈廷遭到星十字騎士團入侵。雨格蘭‧赫修懷特出現在京樂面前，告訴他優哈下的命令是“瞬間消滅所有敵軍”，而死神們如他所言，受到敵人單方面摧殘。在這之中，優先率領聖兵發動進攻的巴茲比，遇到了日番谷和亂菊的阻攔。失去卍解的日番谷，要用什麼辦法對抗巴茲比呢？

蒼都出現在巴茲比面前，打算用卍解．大紅蓮冰輪丸給日番谷最後一擊。其他隊士們也在各處面臨敵人的攻擊且屈居劣勢。就在這時候，在技術開發局的涅眉利接到浦原打來的電話。浦原以跟基路傑．奧比戰鬥獲得的情報為基礎，在虛圈尋找搶回被奪走的卍解的方法。浦原用天挺空羅對所有隊長和副隊長發出的通知，也傳到了正在和BG9對峙的碎蜂．大前田希千代耳裡…。

本來以為隊長們搶回卍解，局勢就會逆轉，卻因為星十字騎士團解放了滅卻師完聖體的力量，再度把死神們逼入絕境。以逆撫的力量占上風的平子真子，被班比艾特的爆擊擊中倒下後，全身穿戴盔甲的狛村左陣回來救他。另一邊，與京樂默默對峙的赫修懷特，為了破壞勢均力敵的戰況展開行動，伊勢七緒施展的術式確實阻止了他的攻擊，讓他對此讚譽有加…。

敵人不斷擊敗死神們，導致死傷者不斷增加，現在護廷十三隊的戰力已經下降到只剩三成左右。京樂作為總隊長向在各地的隊士們下達重振旗鼓的命令。另一方面，倒下的檜佐木修兵、斑目一角和綾瀨川弓親的位置，由六車拳西取而代之，與威武幪面俠進行戰鬥。然而，戰鬥的難度卻讓六車拳西感到相當吃力。鳳橋樓十郎也跟隨著一起趕到現場，默默觀察，但當檜佐木恢復意識時，他竭盡全力發出警告…。

一護結束在靈王宮的修行後，得知滅卻師早已發動進攻，立刻趕回瀞靈廷。一護在降落到瀞靈廷的過程中聯絡浦原，告訴他自己一定會想辦法。同一時間，赫修懷特帶雨龍來到銀架城的處刑場，無情地處死了失敗的蒼都和BG9，開始述說優哈巴哈是什麼樣的存在。另一邊，與艾斯‧諾度對峙的瑠亞，在恐懼面前毫無畏懼地揮舞袖白雪…。

勇音和八智留在幫拳西他們治療的時候，遭到能把自己的身影以及與自己相關的事情從對方的記憶中消除的滅卻師桂尼葉襲擊。八智留和勇音一直反覆經歷與對方的初次見面，但八智留卻憑著本能和反射動作向對手報了一箭之仇，並拔出斬魄刀用始解開始攻擊對手。八智留的始解能力讓勇音感到吃驚，也把對手逼入絕境，但就在這時候，另一名敵人無聲無息地出現在結界內側…。