宇宙產業大公司貝納里特集團經營著阿斯提卡西亞高等專門學園。來自水星的轉學生蘇萊塔・墨丘利為即將展開的校園新生活雀躍不已。然而就在快到達學校時，她發現有一道身影漂浮於宇宙中。

蘇萊塔在與古爾的決鬥後獲勝。然而她的MS風靈卻涉嫌使用被禁止的魔女技術GUND型。在此同時，米奧琳涅則因為父親戴林格而面對退學危機。

被迫重新決鬥的蘇萊塔，為了避免風靈被做廢棄處分，以及避免米奧琳涅被退學，兩人決定攜手合作。另一方面，對對戰對手古爾來說，這場決鬥是絕對不能輸的戰鬥！

古爾突然對蘇萊塔求婚。困惑的蘇萊塔陷入慌亂中，當場逃跑。當眾人都對古爾的行動感到吃驚時，待在地球宿舍的學生雀丘卻對他們投以冰冷的目光。

佩爾公司策劃利用伊蘭去打探風靈的祕密。蘇萊塔很在意莫名對自己溫柔相待的伊蘭，有一天，她收到了伊蘭詢問是否要一同外出的邀約。

蘇萊塔答應與伊蘭進行決鬥，卻也對伊蘭驟變的態度感到困惑不已。決鬥場地選在前線外宙域，這令不具備推進組件的風靈不得不增強機體。

在聯絡不上伊蘭的狀況下，蘇萊塔茫然度日。對於貝納里特集團寄來了創業育成派對的邀請函一事，米奧琳涅冷淡地表示不需出席，但蘇萊塔卻期盼能藉此與伊蘭相見。

鋼彈股份有限公司倉促地成立。成為社長的米奧琳涅將地球宿舍的成員僱用為員工，使他們遭受波及。然而由於是匆忙創立公司，事業內容尚未確定。米奧琳涅為了尋找能破解鋼彈詛咒的契機，前去拜訪普洛斯佩拉。

沙迪克的計謀使鋼彈股份有限公司陷入窮途末路的處境。米奧琳涅賭上公司的命運，向他申請決鬥。決鬥條件為六對六的團體戰，但地球宿舍的MS與駕駛員數量卻都不夠。

自從與沙迪克決鬥過了兩個月，鋼彈股份有限公司逐步邁上正軌。兼顧事業與學業的蘇萊塔過著充實的生活。另一邊，作為社長忙碌工作的米奧琳涅則意外地與馮重逢。

地球宿舍的成員為了運回修理中的風靈，從學園離開，朝目的地出航。他們要到貝納里特集團的巨大開發設施奎達工廠。然而蘇萊塔卻依舊煩惱著和米奧琳涅間產生的誤解。

奎達工廠遭兩架鋼彈襲擊，與蘇萊塔分隔兩地的米奧琳涅為了與她會合，在設施內奔馳。與此同時，想拯救米奧琳涅的蘇萊塔決意向前邁進。