歡迎來到實力至上主義的教室第2季

「思考」考試的第一天結束。就在綾小路和平田等人為了打破膠著狀況而聚在一起討論時，他們的手機收到一封郵件。堀北看到郵件內容後，深感不悅。另一方面，綾小路覺得輕井澤的行動有異，向堀北打探她的情報…

綾小路意外目擊到C班女生霸凌輕井澤。幸田本想衝出去阻止，卻被綾小路阻止。綾小路看見輕井澤的反應，似乎有什麼想法。他設計讓真鍋等人霸凌輕井澤，藉著讓她瀕臨崩潰，正視自己的弱點，並為自己所用。雙方就這麼達成合作關係，綾小路負責保護輕井澤，而輕井澤會依照綾小路的指示做事。在下次小組討論時，綾小路來到討論室，巧遇一之瀨。兩人說了幾句話後，小組成員也逐漸到齊，便開始討論。

第二學期展開，進入運動會準備期間。由於比賽成績無論好壞，都會影響下次筆試分數，學生們明顯慌亂不已。加上分組方式獨特，又讓學生自己挑選參賽者，壓在學生們身上的壓力也非比尋常地大……

綾小路對櫛田產生疑慮。他以偵查別班為名目，把櫛田約出來跟堀北見面。此時堀北採取了出乎意料的行動。運動會當天，由於堀北和須藤大顯身手，紅隊在序盤就取得優勢，但綾小路卻只是冷眼看待一切。

須藤與D班同學起衝突，就這麼憤而離去。追上他的人，是堀北。堀北叫住須藤，試圖與他溝通。儘管受到須藤強烈反彈，還是很有耐心地面對他。

學生會長交接儀式結束後，綾小路被佐藤叫過去。此時期中考的結果公佈，D班成功達成無人退學的目標。但茶柱卻說重頭戲是被視為期末考的特別考試，通稱「Paper shuffle」。

D班召開應付Paper shuffle的讀書會，綾小路被分配到以幸村為中心的小組。同組的長谷部、三宅這對搭檔，他們擅長的科目和不擅長的科目都相同，根據考試題目，可能兩人會一起完蛋。但綾小路卻說有辦法可以找出出題傾向……

在Paper shuffle的檯面下，展開了櫛田和堀北以退學為賭注的競賽。另一方面，龍園出現在正參加著讀書會的綾小路面前，詢問自己傳送出的郵件，但…...

聖誕節即將到來，學生們顯得較為浮躁。輕井澤也是其中一人，享受著街上的聖誕節氣氛。但當她放學後和佐藤一起走時，卻發現有C班的人在跟蹤她。而且綾小路在讀書會時，也受到別人監視…

輕井澤和綾小路的關係突然解除，完全失去和他的交集後，輕井澤的心慌表露無遺。此時，正當D班討論著往後的方針，龍園他們C班的人狂妄地現身。

龍園為了揪出幕後主使的真面目，囚禁輕井澤，對她施壓。被霸凌的記憶重回輕井澤的腦海——為了將輕井澤逼至絕境，龍園更挑明了幕後主使根本是在利用她。即使如此，輕井澤還是繼續隱瞞幕後主使的真實身分其實是綾小路。

經過這次事件，輕井澤開始察覺自己內心有了巨大變化。此時，佐藤來找她商量聖誕節和綾小路約會的細節。輕井澤抱著複雜的心思，努力認真回應佐藤，但……