在陌生房間中醒來的虎杖，被眼前的咒術高專教師·五條悟宣告了自己被判處秘密死刑一事。五條給虎杖提出了兩個選擇。選擇現在就被處死，還是找到両面宿儺的20根指頭，全部吸收後再死——。

虎杖、伏黑、五條去迎接第三位一年級學生，釘崎野薔薇。四人一同前往某座廢舊大樓，五條要求虎杖和釘崎將大樓中前行的咒靈祓除。在建築物中，兵分兩路尋找咒靈的虎杖與釘崎，和將小孩抓作人質的狡猾咒靈對峙。

面對少年院發生的緊急事態，虎杖、伏黑、釘崎被派遣前往。任務是確認和特級咒靈一同被留下的倖存者，將其救出。進入其中的虎杖等人，面臨殘忍的現實。釘崎突然消失，被留下的虎杖和伏黑身旁，出現了特級咒靈。

撤退至少年院外的伏黑，發現特級咒靈已死。下一個瞬間，両面宿儺就出現在身旁，他從虎杖體內將心臟取出，挾持虎杖為人質。這樣下去虎杖就算回歸也會死去，伏黑開始戰鬥，卻深刻意識到了兩人的差距。

對虎杖的死感到後悔的五條。沉浸在夥伴死亡的悲痛中，伏黑和野薔薇為了變強，開始了和2年級學生們的特訓。另一邊，夏油一行也開始行動。就在這時，本已經死亡的虎杖卻——。

移動中的五條，遭遇特級咒靈·漏瑚。無論怎麼攻擊都無法命中——漏瑚見證了五條的強大。面對瞬間回到高專，將修行中的虎杖帶來，游刃有餘的五條，漏瑚怒不可遏，採取了某種手段，然而五條他——。

在為交流會準備的特訓期間。咒術高專京都校二年級的禪院真依和東堂出現在釘崎和伏黑面前，並向後者挑釁。東堂用蠻力壓倒了伏黑。另一邊，釘崎對真依的言語抱有不滿，向她發起挑釁，然而——

翹課來到電影院的吉野順平，親眼目睹了欺負自己的同學帶著扭曲表情慘死的情景。吉野追上“兇手”，並出聲叫住了對方。之後，闖進案發現場電影院的虎杖和從公司辭職的一級咒術師七海建人，遭遇了兩頭咒霊。

被委託調查吉野的虎杖，聽輔助監督伊地知講解作戰計劃。用低級咒術襲擊吉野來觀察其反應的作戰宣告失敗後，虎杖直接找吉野搭話了。最終看到虎杖趕走了自己厭惡的班主任後，吉野這才願意和他對話。另外一邊，查到真人據點的七海，在下水道中遇到了真人。

被真人逼入絕境的七海解除了咒力的限制，並用十劃咒法『瓦落瓦落』破壞了下水道的牆壁，讓瓦礫如雨點般紛紛落下。另外一邊，和吉野接觸的虎杖，因為電影的話題聊得非常投機。接著虎杖又見到了吉野的母親，並且還被邀請去家中做客，兩人的關係變得更加融洽，然而。。。。

崇拜真人的吉野遭到了巧妙利用，並被唆使去和虎杖戰鬥。面對為了報仇而陷入失控狀態的吉野，虎杖一邊迎頭痛擊，一邊試圖問出他的動機並說服他，但沒想到卻從吉野口中得知了殘酷的真相。此時真人偷偷逼近了兩人――。

在千鈞一髮之際，七海擋住了真人的一擊，救下了虎杖。為了在這裡將真人確實地祓除，虎杖和七海不斷發動配合默契的攻擊。真人利用改造人，企圖將虎杖的精神面也逼入絕境，但虎杖成功克服了。被接連不斷的攻撃緊逼的真人，感受到了「死亡」…

真人逃離虎杖等人，與夏油他們會合，開始執行某個計畫。與此同時，咒術高等專門學校正準備舉行「京都姉妹校交流会」。伏黑與釘崎，以及二年級的真希、棘、熊貓齊聚一堂，這時京都校的成員──東堂等人也到場。氣氛緊繃，一觸即發。不僅如此，這時姍姍來遲的五條帶來一個驚喜……

京都姊妹校交流會團體戰開幕。京都校的東堂對東京校成員展開攻擊，由負責牽制敵方的虎杖留下應戰。虎杖被東堂的力量壓制時，東堂卻突然詢問虎杖喜歡的女生類型……

東堂指出虎杖的「逕庭拳」對特級不管用。看見虎杖虛心接受建議，東堂全力應戰，慢慢引導虎杖。與此同時，釘崎主動向京都校的西宮挑釁，在釘崎身旁的熊猫則被機械丸襲擊。釘崎與西宮、熊猫與機械丸，雙雙對決即將展開。

交流會團體戰尚未結束。真希與三輪一對一開打。真希那與等級不符，壓倒性的堅強實力令三輪訝異不已。與此同時，西宮騎著掃帚在空中飛來飛去，釘崎緊追在後。西宮闡述真依的辛苦，以及女性以咒術師身分活下去的意義。釘崎則是漠然無視，一口氣展開反擊。這時，一直不見蹤影的真依……

交流會第一天，各方對決逐漸分出勝負。伏黑的對手是御三家嫡長子──加茂。加茂使用操控自身血液的「赤血操術」，伏黑以式神與體術應戰。與此同時，狗卷活用言靈增幅──強制術式「咒言」，推進比賽。他突然感覺到一股不祥氣息，回過頭，映入眼簾的是……。交流會發生突發狀況，對戰的結果將會如何……

唐突闖入交流會，突襲眾人的特級咒靈――花御。與其對峙的伏黑、狗卷與加茂一邊抵禦花御的攻擊，一邊奔向帳的外面。三人陷入危機之時，真希加入戰局，與伏黑聯合進攻。即便如此，他們仍然被特級咒靈花御壓倒性的戰鬥力逼入絕境。

換虎杖和東堂與花御對戰。虎杖成功使出黑閃，與東堂聯合進攻。與此同時，東堂更是解禁自己的術式。與超摯友（兄弟）虎杖一同展開攻擊，東堂使用伎倆高明的術式，以及擁有（自稱）IQ53萬腦內CPU的聰明腦袋，將花御玩弄於掌上。然而…