在大洋洲軍的襲擊之下逃過一劫的海士與垓踏上逃亡之路。某天，飢餓難耐的海士在深山中走進了一座小小的田地，並在那裡遇見了好心的老夫婦，靠著他們的幫助繼續前進。然而，擋在前方的是以行動統一著名的亞洲軍，海士是否能順利逃出生天呢？

遭受亞洲軍攻擊的海士與垓，被一架未曾見過的神秘AMAIM拯救，其戰鬥力之強大，轉眼間就把亞洲軍的無人機部隊全數擊倒。這架AMAIM帶領海士他們來到一個秘密營地，原來是訴求日本復權的反抗軍組織「八咫烏」的根據地。海士會加入他們嗎？悄悄襲來的黑色機體又是何方神聖？

偷襲八咫烏營地的黑色機體，竟然是殺死雅心父親的神秘無人機「鬼魂」，即使海士與雅心同心協力，仍然難以敵過鬼魂的強大實力。四處襲擊各方組織的鬼魂，背後究竟是誰在操控？八咫烏遇襲之後傷亡慘重，海士也受到了沈重的打擊，究竟他的決定會是……？

海士來到了莉莎的故鄉，想跟莉莎的親人或朋友告知她的消息。佔據此地的亞洲自由貿易協議派駐了一位新的代理執政官，而他卻利用權勢暗地裡進行不道德的勾當，並打算將魔爪伸向莉莎的朋友們。才剛經歷生離死別而大受打擊的海士，是否能夠振作起來戰鬥，保護大家呢？

一邊避開亞洲軍耳目，一邊朝反抗軍總部前進的海士和雅心，因機體受損而進城採購零件。不巧，居心叵測的大洋洲軍發動了攻勢，而進行反擊的亞洲軍，卻已無暇顧及城中居民的安危。此時一架神秘機體橫空而出，說要「處罰」大洋洲軍和亞洲軍，這架機體究竟是何方神聖？

海士與雅心和新成員史恩會合後，三人一起前往八咫烏反抗組織的總部。與此同時，北美軍在布萊德的率領之下，決定潛入亞洲軍的地盤，揪出鬼魂並將其捕獲。纏鬥中，布萊德展現了過人的指揮與戰鬥能力，但鬼魂卻以驚人的速度學習成長，究竟他們誰能勝出？

抵達八咫烏總部之後的海士、雅心與史恩，暫時放下機體與戰鬥，參與一個山中廢村的重建任務。原來八咫烏不只是個反抗作戰組織，為流離失所的日本民眾重建家園，也是復興日本的重要任務之一。他們能成功將沒水沒電的廢村，打造成適合人居的地方嗎？

有人在街上叫住了雅心，原來是被雅心父親收養，一起長大情同手足的大哥哥。離開八咫烏的他一直努力打造心目中的烏托邦，不惜與亞洲軍談判建立了專屬於日本人的自治區。他希望雅心退出八咫烏不再持槍征戰，跟他一起生活，雅心會如何決定呢？

海士、雅心和史恩接受了布連森公司的委託，前往東北救援同樣意圖解放日本的反抗組織。他們的敵人是以軍力數量取勝的歐亞軍，面對駕駛技術高超的阿列克謝，指揮能力超群的達麗雅，以及無所不在的AMAIM機體偵測器，他們是否能夠逃出生天呢？

在遷移到新的總部之前，八咫烏成員們得以度過一段稍微放鬆的時光，海士埋首於自己熱愛的機械之中，雅心和史恩則是在棋盤上徹夜大戰。某天，三人一起去市集採買物資時，偶然遇到了北美軍的布萊德上尉，這場命運的邂逅究竟會將雙方帶往什麼地方呢？

北美軍提供的情報，指出鬼魂潛藏在亞洲軍勢力範圍內的隱岐群島上，由於還有日本人居住在其中一座島嶼，因此八咫烏必須一面引開鬼魂，與它作戰，一面將落難的居民們救出。海士、雅心和史恩依照事先擬定的計畫努力將鬼魂逼進死角，究竟他們是否能打倒鬼魂呢？

在鬼魂壓倒性的速度與威力之下，海士、雅心與史恩陷入了苦戰。在他們棄而不捨的分析之下，終於找到了鬼魂的弱點，但他們能夠成功藉此將它擊倒嗎？為了讓夥伴生還脫身，海士和垓發揮了建武的全力，這項危險的任務究竟是否能夠達成？