JOJO的奇妙冒險＿星塵遠征軍

承太郎隱藏起喬瑟夫所說的「惡靈」──「幽波紋（替身）」的力量，回到他的日常生活。然而，有一天在上學途中，他因為某個奇特的現象而受了輕傷，也因此認識了自稱花京院典明的轉學生。承太郎正要在保健室治療傷口時，發現花京院留給他的訊息，訊息的內容是一則預告，預告承太郎將會被花京院的幽波紋（替身）殺害。這時，保健室老師突然瘋狂朝他攻擊……？

承太郎用他覺醒的「替身」能力，打敗了迪奧派來的刺客花京院，並抓住受傷倒地的花京院，想從他口中得到迪奧的情報，但喬瑟夫發現花京院腦中植入了名為「肉芽」的迪奧的細胞，無法摘除。雖然喬瑟夫說花京院必定會沒命，但承太郎用自己的替身，想幫花京院把「肉芽」摘除……！

沒在五十天內打倒迪奧，荷莉的生命就有危險──。承太郎他們為了打倒迪奧，開始展開旅程，前往可能是迪奧藏身之處的埃及。旅程中在飛機內部，承太郎他們再次遇到迪奧派來的刺客！那是暗示著破壞與災害，以及旅行中斷的凶惡替身「灰塔（Tower Of Gray）」。在不知道是誰在操控替身的未知情況下，靜靜展開行動的花京院……？

迪奧派來的新刺客波魯那雷夫，向承太郎他們發動攻擊。雖然對他替身「銀色戰車」的高明劍術感到震憾，但面對波魯那雷夫的挑釁，阿布德爾用「紅色魔術師」挺身迎戰。戰鬥場地移到虎豹別墅之後，在兩者對決中，波魯那雷夫正面接下「紅色魔術師」引以為傲的必殺技「十字火焰颶風」而倒地，阿布德爾確定敵人已無還手之力，但沒想到……？

新的同行夥伴加入之後，承太郎他們在史比特瓦根財團的幫助下，經由海路啟程前往下一個目的地新加坡。在旅程當中，船內發現有人偷渡而引發一場騷動，承太朗同時也在海中受到敵人的替身所攻擊。在船上的，除了自己的夥伴以外，就只有確認過身分的十名船員，以及一個神祕的偷渡客而已……。到底誰才是前來刺殺他們的敵人？為了找出替身的本人，承太郎使了一個妙計。

冒牌船長在船上安置炸彈，將船炸掉，承太郎他們從船上逃脫，乘著救生艇在廣闊的海洋中漂蕩。而這時，卻出現了一艘巨大的貨船。雖然眾人杯弓蛇影，但為了尋求幫助，還是走進了貨船。然而，船隻雖然正常運作，船上卻沒有半個人，只有在籠子裡有一隻紅毛猩猩……。承太郎雖然覺得有種詭異的不安，但仍是繼續在船內搜查，結果起重機卻自己移動，攻擊他們的同伴！

承太郎一行人抵達新加坡，在住宿的飯店裡各自自由行動。波魯那雷夫的分配到一個人的飯店房間，而在那裡等待著他的是新出現的恐怖替身使者「詛咒的迪波」。迪波所操縱的替身「惡魔」，越憎恨對方能力越強，波魯那雷夫從正面挑戰對手中了敵人的圈套，陷入命懸一線的危機當中。面對迪波殘忍暴虐的手法攻擊，波魯那雷夫找到了什麼轉敗為勝的機會？

喬瑟夫等人用念聽得到了奇妙的訊息：「在我們之中有一個叛徒，小心花京院，他是迪奧的手下。」這讓他們不由得感到很困惑。另一方面，不知道這件事的承太郎，跟花京院與安一起去新加坡遊玩。花京院不斷出現異常的行為舉止，像是對待扒手過於暴力之類的。承太郎覺得花京院不像平常一樣睿智，而是散發出一種不太對勁的氣氛，讓他感到很可疑，並認為花京院可能是被什麼人附身了……。

承太郎等人離開新加坡，順利進入印度。雖然受到文化差異的衝擊，但他們還是在餐廳暫時歇一口氣。在那裡，有一個只在鏡子裡能看到的替身，對波魯那雷夫發動了攻擊。承太郎從敵人口中問出的「使用鏡子的替身使者」，很可能就是殺波魯那雷夫妹妹的仇人「兩手都是右手的男人」。波魯那雷夫燃起了復仇的火焰，說要自己一個人前去追擊敵人，不顧阿布德爾的阻止，與他們分開行動。

阿布德爾為了保護波魯那雷夫，受到敵人的替身攻擊而倒下了。看到這一幕，波魯那雷夫因為震憾而失去了冷靜。趁著這個機會，J•凱爾開始用他的替身「吊人」展開猛烈的攻擊。花京院知道再這樣下去，他們必定會敗下陣來，因此打算與波魯那雷夫一起逃亡。波魯那雷夫他們在追擊而來的荷爾•荷斯與J•凱爾這二人搭擋面前陷入苦戰，但他們仍是努力找尋J•凱爾本人，並試著尋找反擊的契機，但是……。

承太郎一行人朝著恆河河畔的聖地貝拿勒斯前進。在那路途中，喬瑟夫發現自己的手臂上出現奇怪的腫瘤，一開始雖然沒有很在意，但那腫瘤越來越大，讓他覺得很詭異，因而決定去讓醫生看看。然後，當醫生想要切除那塊腫瘤的那一瞬間，腫瘤變成人的臉，並說自己是替身「女帝（empress）」。喬瑟夫想盡各種辦法要將「女帝」從自己身上切下來，但因為那是自己本身的肉體，所以無法讓牠受傷。這個以猛烈速度不斷成長的敵方替身...

承太郎他們開著四輪傳動的車子，從印度往巴基斯坦飛奔。負責駕駛的波魯那雷夫在路況不佳的山路上，強行超越一輛破車。他們一行人順利地開了沒多久，剛剛超過的那輛破車便出現在他們身後，他們決定讓那車子先過。然而，那輛破車一超車往前就立刻慢下來，不斷讓人覺得他是故意在找碴。波魯那雷夫再次超過那輛破車的瞬間，陷入了與大卡車正面相撞的危機當中！

承太郎他們突破了敵人替身使者的阻礙，終於進入了巴基斯坦。然而，因為周圍被濃物所包圍，他們決定到附近的城鎮找尋住宿的地方。一行人抵達的城鎮，異常地安靜，居民的反應也都反常地冷漠。而在那當中，他們在路邊發現了一具奇怪的屍體，臉部的神情扭曲，似乎死前遇到了非常恐怖的事。因為死因不明，所以他們加強了戒備，認為有可能是替身使者所為，這時一名經營旅館的老婆婆叫住了他們……。

波魯那雷夫發現恩亞婆婆就是迪奧新派來的刺客，他想要通知同伴這件事，但受到恩亞婆婆的替身「正義」所操控的屍體，卻集體對他發動攻擊！整座小鎮都已經在恩亞婆婆的掌控之中了。在這強大的替身力量之前，波魯那雷夫束手無策，只能不斷地逃跑。然而，他最後還是在敵人的攻擊下受了傷，落入恩亞婆婆的手上……！

承太郎等人活捉了恩亞婆婆，並來到巴基斯坦的首都喀拉蚩。在那裡，等待著他們的是迪奧的新刺客，一位自稱是鋼鐵之丹的男人。丹遵照迪奧的命令，毫不猶豫地殺掉原本應該跟他們是同一夥人的恩亞婆婆。承太郎等人因為對方的無情而感到憤恕，在四打一的有利局勢下，準備與對方交手。然而，丹早已經展開可怕的替身攻擊……！

丹的替身「戀人」鑽進了喬瑟夫的腦部，丹掌控了喬瑟夫的性命佔據絕對優勢，並以此做為挾持，不斷對承太郎做出卑劣的行為，承太郎無法反抗只能強忍怒意，聽從他的命令。另一方面，花京院等人派替身進入喬瑟夫的腦內，並發現敵人以喬瑟夫的腦細胞當飼料在餵食肉芽。然而，敵人的替身動作出乎意料地迅速，兩人抓不住他而陷入苦戰。而且，那裡更有其他陷阱在等待他們。

承太郎等人抵達了阿拉伯聯合大公國，決定騎駱駝橫渡沙漠。在行程中，身旁明明除了同伴以外沒有別人，他們卻感覺到有什麼人在的氣息。承太郎用白之金星查看，也沒有發現奇怪的地方……。不過，最後他們發現明明已經過晚上八點了，太陽不但沒有下沉，還從西邊開始上升！他們一行人雖然推測這是敵人的替身所為，卻找不到與其對抗的辦法。而上升的氣溫終於超過了70度……！？

花京院典明做了一個夢，他在一個有嬰兒哭聲的奇妙遊樂園裡，發現一張「死神」的塔羅牌。花京院從一堆飄落的塔羅牌當中，避開了向他劃過來的死神大鐮刀，結果鎌刀劃過他身邊的狗。花京院大叫著醒來，卻想不起惡夢的內容。多沒久，要搭飛機前往下個城鎮的一行人，購買了一架小型飛機，但條件是要帶一個生病的小寶寶一起走。花京院典明與波魯那雷夫在機內小睡片刻，卻夢到了那個遊樂園……

花京院說小寶寶很奇怪，卻沒有人肯相信他，同伴們反而懷疑花京院經神異常。為了想要解開誤會，花京院把他夢中在自己手臂上刻下的「BABY STAND（嬰兒 替身）」字樣給他們看，結果只是讓他們誤會更深。被逼到絕境的花京院決定使用強硬的手段，卻被波魯那雷夫的手刀劈中，昏了過去。不久，承太郎他們在惡夢中睜開眼睛，因為發現全部的真相而感到戰慄！