留在答錄機的一名男子的聲音，讓黑傑克想起兒時的回憶，當時他與母親遭遇到未爆彈意外，黑傑克接受本間丈太郎醫師的手術後撿回一條命，母親卻過世了，而他的父親竟然在此時丟下他們母子。相隔21年後，父親出現要求黑傑克為他現在的妻子動整型手術，要把她變成這世上最美的女人。

黑傑克醫生從父親間影三那裡回來後，立刻就遭遇到未爆彈的意外，雖然警方並沒有挖到他的遺體但是種種跡象顯示黑傑克已經死了，皮諾可雖然不願意相信，但是老闆先前就受黑傑克所託要讓皮諾可被人收養，傷心的皮諾可也不得不接受這樣的命運…。

黑傑克為了調查在本間醫師醫院中發現的相片，和皮諾可來到北歐找克羅傑爾博士，沒想到克羅傑爾卻在兩個月前車禍變成植物人，而該院的迪文副理事長還要提供高額費用，請黑傑克假扮成院長公開為一個癌末的母親動手術…。

黑傑克和皮諾可這次來到修達因綜合醫院，拿著那張相片要問修達因博士21年前的事，以及他提到的關於""黑色計劃""的事，正巧在這裡遇到木實女醫師，並且因此為她的病患特里頓進行手術，讓他免於被切斷手臂裝上機械手臂的遺憾…。

黑傑克為了追知道黑色計劃的修達因博士，急著趕往英國，不料機場人員表示要再確認他的身份不能馬上讓他出境，結果就在此時黑傑克遇到曾經看過他動刀的西川醫師，這位女醫師表示可以帶黑傑克前往英國，並且是搭乘由白拍子醫師開發的空中醫院…。

黑傑克在中東的某個小國家，被一名醉漢指認為殺人兇手，刑警不分青紅皂白逮捕他還對他刑求，幸好一名日本人蟻谷出面作證，把黑傑克從黑牢裡救出來，黑傑克想酬謝他蟻谷都不收，於是他們約定好如果蟻谷生病或受傷時黑傑克絕對會醫好他，沒想到後來蟻谷被那個神秘組織的殺手追殺…。

一名病患在65年前的礦坑爆炸事件中受傷，從此失去意識身體也無法動彈，但是神奇的是65年來他竟然沒有老化還保有少年的樣子，他的家屬原本打算放棄要請奇利柯醫師讓他往生，後來在西川醫師的努力下，要請黑傑克醫生為他動手術…。

在修達因博士的指引下，黑傑克帶著皮諾可為了找知道所有秘密的男子喬治博士來到紐約，沒想到在這裡遇到我的恩師本間醫師禁止我醫治的-謎樣的心臟病""本間血腫""的病患，不過同時那個秘密組織狙擊了黑傑克…。

黑傑克受到紅蜥蜴的槍擊，幸好母親的遺物項鍊的墜子救了他一命，隨後他決定要救比爾的母親凱薩琳女士，於是他先訂好一個最高級的人工心臟，沒想到他為凱薩琳女士動手術之後發現她原來就是人工心臟，而且是超科技的人工心臟…。

在巴特院長的指引下黑傑克來到加拿大，尋找他要找的關鍵人物喬治博士，沒想到才剛找到喬治博士可能的住處就被一名女子以槍相對，原來她是喬治博士的女兒由莉，而她是為了預防哥哥奇利可來讓父親安樂死，因為他們的父親喬治博士也罹患神秘的絕症Phoenix病(鳳凰病)…。

知道所有秘密的男子喬治博士，因為罹患無法醫治的絕症-Phoenix病(鳳凰病)氣絕身亡，黑傑克只好帶著皮諾可前往位於北極圈的研究室，想在那裡找出一些線索，沒想到紅蜥蜴為了爭一口氣追殺到這裡，最後竟然是黑傑克救了她一命…。

在紅蜥蜴告知的線索之下，黑傑克與皮諾可來到非洲要找一位庫瑪博士，因為他可能知道Phoenix病(鳳凰病)的秘密，不過沒想到一到加彭共和國他們被水患困住，幸好遇到寫樂父子才有地方住不過也因為這樣的機緣，黑傑克拜託寫樂父親帶皮諾可回日本…。

黑傑克醫生與皮諾可進入叢林後，遇到了瑪麗之後好不容易找到了克瑪醫生，克瑪醫生在得知黑傑克是間影三的兒子後，說出""黑色計劃""(noir project)的事，隨後又在自己受傷後說出關於Phoenix病(鳳凰病)，以及恐怖病毒的真相…。

黑傑克接到父親病危的通知急忙趕過去，迎接他的是父親的現任妻子，也是黑傑克為她動整容手術的蓮花，蓮花很恨黑傑克把自己整成和他母親一樣的臉派人殺他，幸好紅蜥蜴及時出現救了他不過幕後黑手竟然派人緊接在後抓走黑傑克…。

黑傑克原本終於要帶皮諾可回日本，沒想到卻在機場被請到""空中醫院""上，原來是有個罹患Phoenix病(鳳凰病)的病患要黑傑克醫治而且委託人是蓮花，更讓人意外的是病患竟然是他的父親全滿德，然而更大的危機就要出現了…。

原本要到""空中醫院""醫治全滿德的黑傑克，以及皮諾可，白拍子，西川等人，沒想到卻因為在癌症放射線的照射下BOP病毒更加進化蔓延到皮諾可及西川身上，另一方面美國空軍基地為了怕病毒擴散竟然發射飛彈要讓""空中醫院""徹底消失…。