一度敗給艾爾斯提帝國軍的格蘭，藉由露莉亞的力量又再度站了起來。之後更在露莉亞的引導下，共同召喚星晶獸巴哈姆特擊退了帝國軍。耗盡力量後失去意識的格蘭，在夢中憶起了孩提時代。那是他曾經擁有、父親自天空彼端寄來的家書。「我在星之島伊斯塔魯西亞等你」。寫有這一行字的信，正是他憧憬天空的契機。

格蘭一行人離開賽克汀瑟島後，踏上尋找星之島的旅程。但是因為卡塔莉娜不太會開小型騎空艇，一行人只得嘗試迫降在附近一座島上。雖然是幾近墜機的迫降，但是他們總算平安抵達了另一座島－波特普利茲群島的主島，也是祭祀著風之守護神迪亞馬特的艾茵加納島。就在此時一個經過草原的男人看到了他們殘破的騎空艇…

面對一心奪回露莉亞的帝國少將，格蘭一行人頓時陷入四面楚歌。此時現身幫助他們逃亡的是一名操舵士拉卡姆。為了能離開這座島，格蘭邀請拉卡姆以操舵士的身份加入他們的旅程，但是卻遭到拒絕。因為除了自年幼時就傾心的古老騎空艇格蘭賽法號以外，他都不想開。而數年前拉卡姆就不再飛上天空的原因…

像是感受到拉卡姆拯救波特普利茲的決心一般，格蘭賽法號頓時打破沈默一飛沖天。拉卡姆在強風中展現了優秀的操舵術，接連避開了迎面而來的巨石。靠他的技術格蘭一行人抵達了星晶獸迪亞馬特所在的黑色雲朵。突破萬難之後的格蘭所要面對的，是被帝國設計而失控的迪亞馬特。

成功拯救波特普利茲群島的危機之後，格蘭一行人再度踏上前往下一座島嶼的旅程。他們抵達的是利用岩漿高熱而讓鋼鐵業發達的國家巴爾茲公國。早一步在那兒等著他們的，是擔任任務仲介的雜貨商。而雜貨商所介紹的委託人，竟然是巴爾茲公國的特務官。

被薩卡大公驅動的機械魔物包圍著的格蘭一行人。在伊歐的呼喚下敵方出現了一瞬間的停頓，此時格蘭他們趁機逃了出去。但是因出口被堵失去退路的一行人，只好繼續往深處前進以尋找大公的線索。像是聽到某人的呼喚的露莉亞， 帶著一行人抵達的地點是隱藏在地下的秘密工廠。

在石牆圍繞的昏暗遺跡中，尋寶獵人瑪莉跟卡爾巴正在進行探索。在此同時要前往奧古斯提列島的格蘭一行人正為了補給而停泊在一座島上。而就在這個時候，雜貨商榭洛對他們提起一個調查遺跡的委託。

格蘭賽法號所抵達的地方，是格蘭他們新的目的地奧古斯提列島。原本水資源豐富的美麗島嶼奧古斯提，格蘭他們卻在海岸線上看到漂流上岸的某種黏塊。因觀光客稀少而覺得奇怪的格蘭一行人，此時聽到了一個在叫他們的聲音。那是拉卡姆的舊識傭兵尤金。

為了尋找被艾爾斯提帝國抓走的露莉亞，格蘭奔馳在奧古斯提的街道上另一方面遭到壓制的騎空艇港口，伯梅倫正打算帶著露莉亞離開。看著街上的任帝國的暴行所傷，露莉亞感到難過與自責。在一旁的伯梅倫又火上加油似的說她是為破壞而生的道具，讓露莉亞感到更加痛苦…

自奧古斯提一戰之後，露莉亞關起自己的內心陷入沉睡。為了讓她甦醒，格蘭一行人在神秘女性蘿賽塔的帶領下，前往被世界遺忘的島嶼─魯曼西群島。那是一座巨木構成的原始森林。在令人失去方向感的森林中，只見蘿賽塔毫不遲疑的往內部前進…

在奧古斯提列島的首都米薩雷亞，尤金正帶著傭兵對抗失控的利維坦。而在此同時，帶著甦醒的露莉亞回到奧古斯提的格蘭一行人，驚訝於城市所陷入的慘狀。尤金雖然已經決定要撤退，但是卻被格蘭所阻止，因為露莉亞感應到利維坦為持續淨化大海已經要耗盡力氣。

這裡是封閉真島賽克汀瑟。一個倒在森林深處的藍髮少女，和發現她的另一名少女。這就是吉塔跟露莉亞的第一次相遇。不久之後的某天，露莉亞在格蘭賽法號的甲板上看著日記，想起這段往事。